LXL04_021657 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_021657

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 134333396-134352230 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

8856 bp · LXL04_021657|LXL04_021657|OH1004|cDNA

ATGCAAACGGCATGTTTATTTAAAGGCCCGTACGTGTCAAAATACCAATCATTTTCTCCGCCGTTTCTCTCTCCTCCTCCTCGTGGAGTACTCATCACGCCCAAAAGTAGAACCAGAAACACTACCACCAGTGGGAAGAGTTTTGTAATTAGGGCAATGCctgattcttcttcttcttcttcgccTGAAATCGATAACAATGGCGCGTTGCGTAAGTTCAAGCTGAACGAGTCGTCGTTTTTGGCTTCTCTGATGCCGAA...

CDS

下载 CDS FASTA

8856 bp · LXL04_021657|LXL04_021657|OH1004|CDS

ATGCAAACGGCATGTTTATTTAAAGGCCCGTACGTGTCAAAATACCAATCATTTTCTCCGCCGTTTCTCTCTCCTCCTCCTCGTGGAGTACTCATCACGCCCAAAAGTAGAACCAGAAACACTACCACCAGTGGGAAGAGTTTTGTAATTAGGGCAATGCCTGATTCTTCTTCTTCTTCTTCGCCTGAAATCGATAACAATGGCGCGTTGCGTAAGTTCAAGCTGAACGAGTCGTCGTTTTTGGCTTCTCTGATGCCGAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

2951 aa · LXL04_021657|LXL04_021657|OH1004|PROTEIN

MQTACLFKGPYVSKYQSFSPPFLSPPPRGVLITPKSRTRNTTTSGKSFVIRAMPDSSSSSSPEIDNNGALRKFKLNESSFLASLMPKKEIGADRFIEAHPEFDGRGVVIAIFGTYLTVFDYSLVLVISDNRNENRIYSGVDPAAAGLQVTTDGRPKVIDVIDCTGSGDIDTSTVVKADANNCIRGASGASLIINPSWKNPSGDWHVGYKLVYELLTDTLISRLKKERRKKWDEKNQEAIAVAVKQLEEFEKVAVQKQTKA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_021657`
TK1151 ID	TkA05G414340
OH-1004 ID	LXL04_021657
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	45.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_021657

位置 Chr04:134333396-134352230 (+)

描述 Similar to TPP2: Tripeptidyl-peptidase 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g20850`	蛋白酶体途径的丝氨酸蛋白酶，可能与 20S 蛋白酶体一起发挥作用，降解环境应激产生的氧化蛋白。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os02g0664300`	丝氨酸蛋白酶，可能在蛋白酶体途径中发挥功能。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_021657 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000209 protein polyubiquitination 生物过程

GO:0006508 proteolysis 生物过程

GO:0080144 intracellular amino acid homeostasis 生物过程

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005773 vacuole 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0016604 nuclear body 细胞组分

GO:0022626 cytosolic ribosome 细胞组分

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

GO:0004175 endopeptidase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G20850

dosa:Os02g0664300

hsa:7174

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.383

排名 1 · LXL04_021657 · OH-1004

线粒体0.223

排名 2 · LXL04_021657 · OH-1004

细胞核0.184

排名 3 · LXL04_021657 · OH-1004

过氧化物酶体0.153

排名 4 · LXL04_021657 · OH-1004

质体0.125

排名 5 · LXL04_021657 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00082.28Peptidase_S8344-591 aa

PF21223.4TPPII_Ig-like-1640-748 aa

PF21316.4TPPII_GBD768-852 aa

PF12580.15TPPII895-990 aa

PF03732.25PEG10_N-capsid1107-1178 aa

PF19259.5Ty3_capsid1124-1256 aa

PF13975.12gag-asp_proteas1413-1503 aa

PF13650.12Asp_protease_21413-1498 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_021657	`PF00082.28`	Peptidase_S8	344	591	7.7e-40	137.7
LXL04_021657	`PF21223.4`	TPPII_Ig-like-1	640	748	3.9e-23	82.7
LXL04_021657	`PF21316.4`	TPPII_GBD	768	852	4.2e-14	53.2
LXL04_021657	`PF12580.15`	TPPII	895	990	7.3e-60	202.4
LXL04_021657	`PF03732.25`	PEG10_N-capsid	1107	1178	2.5e-08	34.9
LXL04_021657	`PF19259.5`	Ty3_capsid	1124	1256	1.5e-11	44.8
LXL04_021657	`PF13975.12`	gag-asp_proteas	1413	1503	1.9e-07	32.3
LXL04_021657	`PF13650.12`	Asp_protease_2	1413	1498	4.7e-07	31.1
LXL04_021657	`PF08284.17`	RVP_2	1415	1504	5e-11	43.3
LXL04_021657	`PF30863.1`	PRO_PEG10-RTL1	1423	1521	5.3e-12	46.9
LXL04_021657	`PF00078.33`	RVT_1	1647	1807	7.1e-36	124.7
LXL04_021657	`PF17919.8`	RT_RNaseH_2	1869	1963	9.6e-30	103.3
LXL04_021657	`PF17917.8`	RT_RNaseH	1894	1993	8.2e-28	97.3
LXL04_021657	`PF17921.8`	Integrase_H2C2	2084	2137	1.2e-17	64.4
LXL04_021657	`PF00665.33`	rve	2161	2251	3.2e-06	28.0
LXL04_021657	`PF24626.2`	SH3_Tf2-1	2368	2432	4e-22	78.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4JVN6`	拟南芥	Tripeptidyl-peptidase 2	70.703%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q6ESI7`	水稻	Tripeptidyl-peptidase 2	68.167%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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