LXL04_021383 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_021383

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 128566744-128567907 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

702 bp · LXL04_021383|LXL04_021383|OH1004|cDNA

ATGGATATCTTCTCGTACTTCACCTCAGAAATCAATACAGAGAACAGGATGGATTTTGATGACGACGATTTCGAAGATGCTGAAACAGGAACCGCTCTTTCTTCGATTGCGGATGCATTTGAGGAATTATCCGATTTGATAAAAAAGGATAAGAGTAATGGAGCTTCATTTGAGCTGCGGTTGAAGCCTTTTTGCGATGCCTGTTCTCTAGTCTCTGTACTATTTGGTTCCCTTGGCATCGCTTTCAAATTTGCCGAGAT...

CDS

下载 CDS FASTA

702 bp · LXL04_021383|LXL04_021383|OH1004|CDS

ATGGATATCTTCTCGTACTTCACCTCAGAAATCAATACAGAGAACAGGATGGATTTTGATGACGACGATTTCGAAGATGCTGAAACAGGAACCGCTCTTTCTTCGATTGCGGATGCATTTGAGGAATTATCCGATTTGATAAAAAAGGATAAGAGTAATGGAGCTTCATTTGAGCTGCGGTTGAAGCCTTTTTGCGATGCCTGTTCTCTAGTCTCTGTACTATTTGGTTCCCTTGGCATCGCTTTCAAATTTGCCGAGAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

233 aa · LXL04_021383|LXL04_021383|OH1004|PROTEIN

MDIFSYFTSEINTENRMDFDDDDFEDAETGTALSSIADAFEELSDLIKKDKSNGASFELRLKPFCDACSLVSVLFGSLGIAFKFAEMEYTSKVRDLSDAASLYGTLSKVVDYDVKSDTVQSAESLTRKLRRVRQGLDLIRELFQNFLSTDEYSLKEAASTAYKQVCAPYHTWAVRTAVSAGMCALPTRDQLLLNLNESDESAESEMRRYIKASLPVINYIDNLYTSRGITLDW

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_021383`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_021383

位置 Chr04:128566744-128567907 (+)

描述 Similar to At4g39670: ACD11 homolog protein

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g39670`	ACD11同源蛋白。	暂无已核实直接文献
`At2g34690`	表现出选择性跨膜转运神经酰胺-1-磷酸（C1P）和植物神经酰胺-1-磷酸。	Knockout of Arabidopsis accelerated-cell-death11 encoding a sphingosine transfer protein causes activation of programmed cell death and defense.2002 · DOI: 10.1101/gad.218202 Human GLTP and mutant forms of ACD11 suppress cell death in the Arabidopsis acd11 mutant.2008 · DOI: 10.1111/j.1742-4658.2008.06584.x Identification of proteins interacting with Arabidopsis ACD11.2009 · DOI: 10.1016/j.jplph.2008.08.003 Arabidopsis accelerated cell death 11, ACD11, is a ceramide-1-phosphate transfer protein and intermediary regulator of phytoceramide levels.2014 · DOI: 10.1016/j.celrep.2013.12.023 Phosphatidylserine Stimulates Ceramide 1-Phosphate (C1P) Intermembrane Transfer by C1P Transfer Proteins.2017 · DOI: 10.1074/jbc.m116.760256

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_021383 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009751 response to salicylic acid 生物过程

GO:0010507 negative regulation of autophagy 生物过程

GO:0015031 protein transport 生物过程

GO:0032691 negative regulation of interleukin-1 beta production 生物过程

GO:0035621 ER to Golgi ceramide transport 生物过程

GO:0035627 ceramide transport 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0120009 intermembrane lipid transfer 生物过程

GO:1902389 ceramide 1-phosphate transport 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005640 nuclear outer membrane 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G34690

ath:AT4G39670

dre:492502

dre:791641

hsa:80772

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.635

排名 1 · LXL04_021383 · OH-1004

细胞核0.284

排名 2 · LXL04_021383 · OH-1004

细胞膜0.127

排名 3 · LXL04_021383 · OH-1004

高尔基体0.112

排名 4 · LXL04_021383 · OH-1004

内质网0.091

排名 5 · LXL04_021383 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08718.17GLTP60-196 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_021383	`PF08718.17`	GLTP	60	196	2.7e-37	128.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8L7U7`	拟南芥	ACD11 homolog protein	60.096%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`O64587`	拟南芥	Accelerated cell death 11	44.976%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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