LXL04_021319 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_021319

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 127299796-127302857 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2376 bp · LXL04_021319|LXL04_021319|OH1004|cDNA

ATGGTTAAAAATGGATCAGTGGATGTGGAGAGAGTGTTCATAGGAGGAGGATGCAACCGAATTGTTAACAATGTTTCCTGGGGTGCCTGCGGTTTAGTTTCTTTCGGCTCTCAAAATGCCGTCTCCATTTTTTGTCCGAAGGCTGCGAAGATATTAACTACACTACCAGGGCATAAGGCTTCAGTGAACTGTACTCATTGGCTTCCAAGCAGCAAGTTCGCATTTCAAGCTACCAGTTGGGAGAAGCATTATCTACTCTC...

CDS

下载 CDS FASTA

2376 bp · LXL04_021319|LXL04_021319|OH1004|CDS

ATGGTTAAAAATGGATCAGTGGATGTGGAGAGAGTGTTCATAGGAGGAGGATGCAACCGAATTGTTAACAATGTTTCCTGGGGTGCCTGCGGTTTAGTTTCTTTCGGCTCTCAAAATGCCGTCTCCATTTTTTGTCCGAAGGCTGCGAAGATATTAACTACACTACCAGGGCATAAGGCTTCAGTGAACTGTACTCATTGGCTTCCAAGCAGCAAGTTCGCATTTCAAGCTACCAGTTGGGAGAAGCATTATCTACTCTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

791 aa · LXL04_021319|LXL04_021319|OH1004|PROTEIN

MVKNGSVDVERVFIGGGCNRIVNNVSWGACGLVSFGSQNAVSIFCPKAAKILTTLPGHKASVNCTHWLPSSKFAFQATSWEKHYLLSGDAEGAIILWEFSPAEDKWSNVSQLLQSHKKGVTCITAFLTSQTEAIIASTSSDCVVNIWKIVLPSSGSDCTITCLDSLSTGLKPMVTLSLAELPGNPAHFILAMGGLDNKVHLYCGDSTGKFVRACELKGHTDWIRSLDFSLPIETNNLLLVSSSQDKGIRIWKLSLCDLDK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_021319`
TK1151 ID	TkA05G380210
OH-1004 ID	LXL04_021319
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	93.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.373 / OH-1004 99.747 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_021319

位置 Chr04:127299796-127302857 (-)

描述 Similar to ELP2: Elongator complex protein 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g49540`	延伸子复合物的组分，是mcm5U（5-甲氧羰基甲基尿苷）、mcm5s2U（5-甲氧羰基甲基-2-硫代尿苷）及ncm5U（5-氨甲酰甲基尿苷）等多种tRNA修饰所必需的（基于相似性推测）。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_021319 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0002098 tRNA wobble uridine modification 生物过程

GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006368 transcription elongation by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0006979 response to oxidative stress 生物过程

GO:0008284 positive regulation of cell population proliferation 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0031349 positive regulation of defense response 生物过程

GO:0031538 negative regulation of anthocyanin metabolic process 生物过程

GO:0043248 proteasome assembly 生物过程

GO:0046425 regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G49540

ddi:DDB_G0275651

mmu:58523

xtr:548516

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.654

排名 1 · LXL04_021319 · OH-1004

细胞质0.425

排名 2 · LXL04_021319 · OH-1004

线粒体0.038

排名 3 · LXL04_021319 · OH-1004

细胞膜0.034

排名 4 · LXL04_021319 · OH-1004

内质网0.032

排名 5 · LXL04_021319 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25175.2Beta-prop_WDR522-148 aa

PF24807.2WD40_CDC20-Fz23-149 aa

PF24814.2WD40_Prp1933-253 aa

PF25172.2Beta-prop_WDR3_2nd36-260 aa

PF25173.2Beta-prop_WDR3_1st37-149 aa

PF25047.1Beta-prop_TEP1_2nd80-253 aa

PF25175.2Beta-prop_WDR581-255 aa

PF25175.2Beta-prop_WDR5189-382 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_021319	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	22	148	5.8e-49	167.7
LXL04_021319	`PF24807.2`	WD40_CDC20-Fz	23	149	9.6e-31	107.9
LXL04_021319	`PF24814.2`	WD40_Prp19	33	253	1.4e-36	126.8
LXL04_021319	`PF25172.2`	Beta-prop_WDR3_2nd	36	260	8.2e-23	81.8
LXL04_021319	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	37	149	4.1e-41	141.4
LXL04_021319	`PF25047.1`	Beta-prop_TEP1_2nd	80	253	4.1e-19	69.5
LXL04_021319	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	81	255	5.8e-49	167.7
LXL04_021319	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	189	382	5.8e-49	167.7
LXL04_021319	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	189	284	1.4e-45	156.2
LXL04_021319	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	189	254	4.1e-41	141.4
LXL04_021319	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	190	286	1.4e-48	166.4
LXL04_021319	`PF00400.39`	WD40	215	251	3.3e-49	164.0
LXL04_021319	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	288	479	1.4e-45	156.2
LXL04_021319	`PF24105.2`	Beta-prop_CAF1B_HIR1	295	428	5.3e-19	69.2
LXL04_021319	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	360	488	1.4e-48	166.4
LXL04_021319	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	362	476	5.8e-49	167.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4I1S7`	拟南芥	Elongator complex protein 2	64.234%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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