LXL04_021311 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_021311

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 127032242-127037617 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3702 bp · LXL04_021311|LXL04_021311|OH1004|cDNA

ATGCTACACACCAAAAGTGATTTGGTACAAAACCAAGCCCTATCTAACAATCCACCGTCTATCAGCAccccgaccaccaccaccagtcAACCACCACACCATCCTCACCGTTACCGTCACCGCCGCGACCTTCTACTGATCACATACAGGCGCGCCCTTGATAAAACCTCATATCCACAAACGTTTACGGTGATGAAGGACATACCACGTCCGTCTTCGTATGGCTCCGTGTACGTGCCTCCGCACCATCGCCTCGGCAC...

CDS

下载 CDS FASTA

3702 bp · LXL04_021311|LXL04_021311|OH1004|CDS

ATGCTACACACCAAAAGTGATTTGGTACAAAACCAAGCCCTATCTAACAATCCACCGTCTATCAGCACCCCGACCACCACCACCAGTCAACCACCACACCATCCTCACCGTTACCGTCACCGCCGCGACCTTCTACTGATCACATACAGGCGCGCCCTTGATAAAACCTCATATCCACAAACGTTTACGGTGATGAAGGACATACCACGTCCGTCTTCGTATGGCTCCGTGTACGTGCCTCCGCACCATCGCCTCGGCAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1233 aa · LXL04_021311|LXL04_021311|OH1004|PROTEIN

MLHTKSDLVQNQALSNNPPSISTPTTTTSQPPHHPHRYRHRRDLLLITYRRALDKTSYPQTFTVMKDIPRPSSYGSVYVPPHHRLGTVVTAAPSPSPNISSTPHAVLDNTNSFVSSSQSNNANRFTVPYPYLPPPQISKSHIDNVLQEGPHGQFVFPIQPGVSTSDIDSWKWRLTTLLNSKDKQELISREKKDRRDYEQISALASSMGLHSQMYAKVLVISKVPLPNYRFDLDDKRPQREVALPEGLQNRVDAHLKEYLS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_021311`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_021311

位置 Chr04:127032242-127037617 (-)

描述 Similar to At2g01130: DExH-box ATP-dependent RNA helicase DExH5, mitochondrial

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g01130`	线粒体DExH-盒ATP依赖性RNA解旋酶DExH5。	暂无已核实直接文献
`At1g48650`	DExH-box ATP依赖性RNA解旋酶DExH3。	暂无已核实直接文献
`At2g35920`	DExH-盒ATP依赖性RNA解旋酶DExH1。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_021311 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0001503 ossification 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006359 regulation of transcription by RNA polymerase III 生物过程

GO:0007283 spermatogenesis 生物过程

GO:0009615 response to virus 生物过程

GO:0010628 positive regulation of gene expression 生物过程

GO:0017148 negative regulation of translation 生物过程

GO:0030154 cell differentiation 生物过程

GO:0031442 positive regulation of mRNA 3'-end processing 生物过程

GO:0032206 positive regulation of telomere maintenance 生物过程

GO:0034605 cellular response to heat 生物过程

GO:0034644 cellular response to UV 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G48650

ath:AT2G01130

ath:AT2G35920

bta:509583

mmu:72162

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.571

排名 1 · LXL04_021311 · OH-1004

细胞核0.418

排名 2 · LXL04_021311 · OH-1004

线粒体0.065

排名 3 · LXL04_021311 · OH-1004

细胞膜0.048

排名 4 · LXL04_021311 · OH-1004

内质网0.047

排名 5 · LXL04_021311 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF27261.1DEXH1_3_5_N168-239 aa

PF00270.36DEAD339-493 aa

PF00271.38Helicase_C602-728 aa

PF04408.30WHD_HA2792-820 aa

PF21010.3HA2_C821-880 aa

PF07717.23OB_NTP_bind947-1029 aa

PF26026.1RNA_hel_CTD1037-1093 aa

PF00035.33dsrm1155-1216 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_021311	`PF27261.1`	DEXH1_3_5_N	168	239	4.7e-35	120.3
LXL04_021311	`PF00270.36`	DEAD	339	493	1.5e-11	45.0
LXL04_021311	`PF00271.38`	Helicase_C	602	728	1.6e-12	48.4
LXL04_021311	`PF04408.30`	WHD_HA2	792	820	9e-08	32.7
LXL04_021311	`PF21010.3`	HA2_C	821	880	2.8e-15	57.3
LXL04_021311	`PF07717.23`	OB_NTP_bind	947	1029	4.3e-18	66.0
LXL04_021311	`PF26026.1`	RNA_hel_CTD	1037	1093	2.7e-21	75.8
LXL04_021311	`PF00035.33`	dsrm	1155	1216	3e-09	38.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4IM84`	拟南芥	DExH-box ATP-dependent RNA helicase DExH5, mitochondrial	65.128%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`F4HYJ7`	拟南芥	DExH-box ATP-dependent RNA helicase DExH3	64.646%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`F4ILR7`	拟南芥	DExH-box ATP-dependent RNA helicase DExH1	46.357%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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