LXL04_021291 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_021291

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 126720079-126732897 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3126 bp · LXL04_021291|LXL04_021291|OH1004|cDNA

atgcctcccaagatgaccccagctgcgattcgacagatgatcgccaccgaggtggccggggctgttgccgacgaggtgagccgagccgtatccgaggccatcccggagatcatcacggcgatccgtgagcagctcgagactgtgatAGACGAGCGGGTGATGGCTGCCATTGGAGCGacacagcagcatcaccagcgagggttctcctacaaggagttctcagcgtgctctcctcctctgttCCAGGGGAGCACTgaccc...

CDS

下载 CDS FASTA

3126 bp · LXL04_021291|LXL04_021291|OH1004|CDS

ATGCCTCCCAAGATGACCCCAGCTGCGATTCGACAGATGATCGCCACCGAGGTGGCCGGGGCTGTTGCCGACGAGGTGAGCCGAGCCGTATCCGAGGCCATCCCGGAGATCATCACGGCGATCCGTGAGCAGCTCGAGACTGTGATAGACGAGCGGGTGATGGCTGCCATTGGAGCGACACAGCAGCATCACCAGCGAGGGTTCTCCTACAAGGAGTTCTCAGCGTGCTCTCCTCCTCTGTTCCAGGGGAGCACTGACCC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1041 aa · LXL04_021291|LXL04_021291|OH1004|PROTEIN

MPPKMTPAAIRQMIATEVAGAVADEVSRAVSEAIPEIITAIREQLETVIDERVMAAIGATQQHHQRGFSYKEFSACSPPLFQGSTDPITCMRWVSDVEGAFLTIISSAKDWWTTWTKAMTNPEISEMPWEDFVTRFRTQYVPQVEMDRLAREFLTMEQTTESIPELNRKFNEMALFCPQYAADEGMKMARYTQMLRTDIREFVVAYPRTSLAELMDAARRREMEVEMQVQKRKAAQALIPASAGSKKGKTSDRHTELGSG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_021291`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_021291

位置 Chr04:126720079-126732897 (-)

描述 Similar to CALS9: Callose synthase 9

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g07160`	参与孢子体和配子体的发育。	Dual function of Arabidopsis glucan synthase-like genes GSL8 and GSL10 in male gametophyte development and plant growth.2008 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2008.03462.x
`At2g36850`	参与孢子体和配子体的发育。	Dual function of Arabidopsis glucan synthase-like genes GSL8 and GSL10 in male gametophyte development and plant growth.2008 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2008.03462.x Dysregulation of cell-to-cell connectivity and stomatal patterning by loss-of-function mutation in Arabidopsis chorus (glucan synthase-like 8).2010 · DOI: 10.1242/dev.049197
`At5g13000`	参与胞质分裂过程中形成细胞板的胼胝质合成。	暂无已核实直接文献
`At2g31960`	参与胞质分裂过程中形成细胞板的胼胝质合成。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_021291 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006075 (1->3)-beta-D-glucan biosynthetic process 生物过程

GO:0008360 regulation of cell shape 生物过程

GO:0009555 pollen development 生物过程

GO:0009556 microsporogenesis 生物过程

GO:0009846 pollen germination 生物过程

GO:0048589 developmental growth 生物过程

GO:0051592 response to calcium ion 生物过程

GO:0052543 callose deposition in cell wall 生物过程

GO:0055047 generative cell mitosis 生物过程

GO:0071555 cell wall organization 生物过程

GO:0080092 regulation of pollen tube growth 生物过程

GO:2000767 positive regulation of cytoplasmic translation 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G31960

ath:AT2G36850

ath:AT3G07160

ath:AT5G13000

sce:YNL255C

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.490

排名 1 · LXL04_021291 · OH-1004

细胞质0.345

排名 2 · LXL04_021291 · OH-1004

线粒体0.096

排名 3 · LXL04_021291 · OH-1004

细胞膜0.096

排名 4 · LXL04_021291 · OH-1004

内质网0.054

排名 5 · LXL04_021291 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF19259.5Ty3_capsid105-220 aa

PF00098.29zf-CCHC276-290 aa

PF00098.29zf-CCHC295-311 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_021291	`PF19259.5`	Ty3_capsid	105	220	7.7e-07	29.4
LXL04_021291	`PF00098.29`	zf-CCHC	276	290	5.8e-10	39.5
LXL04_021291	`PF00098.29`	zf-CCHC	295	311	5.8e-10	39.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SFU6`	拟南芥	Callose synthase 9	53.725%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9SJM0`	拟南芥	Callose synthase 10	39.662%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9LXT9`	拟南芥	Callose synthase 3	28.485%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9SL03`	拟南芥	Callose synthase 2	27.411%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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