LXL04_021286 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_021286

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 126633894-126637808 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1914 bp · LXL04_021286|LXL04_021286|OH1004|cDNA

ATGGACAGATTCTCCGGTGGAGGTATGCATGGTGTCAGAGGTGAGAGAACTCCGTTGCTTAATAGGAGTAGTTTGAGAAGAGACGATCCATTGGCAAATGGCGAGCAGAATGATCTCGAGCTTGGAGATGCAGTGCCGGCTGCGAATGTGAGTTACGTCAGAGTTCTGTCTCTGGCAAAACCAGAGGCAGGAAGATTGATCATTGGTACTATCGCTTTGTTGATTGCATCCACATCAAGTATTCTGATTCCAAGATTTGG...

CDS

下载 CDS FASTA

1914 bp · LXL04_021286|LXL04_021286|OH1004|CDS

ATGGACAGATTCTCCGGTGGAGGTATGCATGGTGTCAGAGGTGAGAGAACTCCGTTGCTTAATAGGAGTAGTTTGAGAAGAGACGATCCATTGGCAAATGGCGAGCAGAATGATCTCGAGCTTGGAGATGCAGTGCCGGCTGCGAATGTGAGTTACGTCAGAGTTCTGTCTCTGGCAAAACCAGAGGCAGGAAGATTGATCATTGGTACTATCGCTTTGTTGATTGCATCCACATCAAGTATTCTGATTCCAAGATTTGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

637 aa · LXL04_021286|LXL04_021286|OH1004|PROTEIN

MDRFSGGGMHGVRGERTPLLNRSSLRRDDPLANGEQNDLELGDAVPAANVSYVRVLSLAKPEAGRLIIGTIALLIASTSSILIPRFGGTIIDIVSGDLQTPEQKSQAVSSVNRTILGILLIVIIGSICTATRAWLFSSASERIVAALRKNLFTHLINQEIAFFDVTRTGELLSRLSEDTQIIKNAATSNVSEILRNLSTAFIGLGFMFATSWKLTLLALVVVPGISIAVRQVGRYLREVSHKTQTAAAVASSIAEETFGA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_021286`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_021286

位置 Chr04:126633894-126637808 (-)

描述 Similar to ABCB25: ABC transporter B family member 25

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g39040`	可能涉及内化铝的重新分配。	Arabidopsis ALS1 encodes a root tip and stele localized half type ABC transporter required for root growth in an aluminum toxic environment.2007 · DOI: 10.1007/s00425-006-0452-4

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0755100`	金属转运蛋白参与将铝封存在液泡中，这是铝的细胞解毒所必需的。	A tonoplast-localized half-size ABC transporter is required for internal detoxification of aluminum in rice.2012 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2011.04837.x

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_021286 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006783 heme biosynthetic process 生物过程

GO:0006839 mitochondrial transport 生物过程

GO:0006935 chemotaxis 生物过程

GO:0006972 hyperosmotic response 生物过程

GO:0010044 response to aluminum ion 生物过程

GO:0034514 mitochondrial unfolded protein response 生物过程

GO:0055085 transmembrane transport 生物过程

GO:0070455 positive regulation of heme biosynthetic process 生物过程

GO:0090374 oligopeptide export from mitochondrion 生物过程

GO:0140982 detoxification of aluminum ion 生物过程

GO:0170037 export from the mitochondrion 生物过程

GO:1902602 aluminum ion transmembrane transport 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G39040

ddi:DDB_G0293416

dosa:Os03g0755100

hsa:23456

mmu:56199

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

溶酶体／液泡0.444

排名 1 · LXL04_021286 · OH-1004

细胞膜0.216

排名 2 · LXL04_021286 · OH-1004

细胞质0.156

排名 3 · LXL04_021286 · OH-1004

内质网0.149

排名 4 · LXL04_021286 · OH-1004

高尔基体0.122

排名 5 · LXL04_021286 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00664.29ABC_membrane66-343 aa

PF00005.34ABC_tran409-559 aa

PF02463.26SMC_N488-602 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_021286	`PF00664.29`	ABC_membrane	66	343	2.4e-62	211.8
LXL04_021286	`PF00005.34`	ABC_tran	409	559	5e-35	121.8
LXL04_021286	`PF02463.26`	SMC_N	488	602	1e-05	25.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q0WML0`	拟南芥	ABC transporter B family member 27	73.990%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9FNU2`	水稻	ABC transporter B family member 25	74.799%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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