LXL04_021283 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_021283

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 126534919-126536288 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

798 bp · LXL04_021283|LXL04_021283|OH1004|cDNA

ATGGGTGATCATTTCGTCTTTCTGGTTGATCGGTTGCTCACCGAATCCACTTTAGAGGCTGCAATCGAAAGCAGAAACCCTTCATATCCTTTATCCCCCGCCATCGACACCATGATTGATTGTTCTTCTCATATGGATCCTCAAACTCCTTTCACCCCAAGGAAAATGGTGGAATGCAGAATATGCCAGGATGAGGATTTTGATTCGACTATGGAGACTCCTTGCTCTTGTTGTGGTAGCTTGAAGTATGCTCATCGCCG...

CDS

下载 CDS FASTA

798 bp · LXL04_021283|LXL04_021283|OH1004|CDS

ATGGGTGATCATTTCGTCTTTCTGGTTGATCGGTTGCTCACCGAATCCACTTTAGAGGCTGCAATCGAAAGCAGAAACCCTTCATATCCTTTATCCCCCGCCATCGACACCATGATTGATTGTTCTTCTCATATGGATCCTCAAACTCCTTTCACCCCAAGGAAAATGGTGGAATGCAGAATATGCCAGGATGAGGATTTTGATTCGACTATGGAGACTCCTTGCTCTTGTTGTGGTAGCTTGAAGTATGCTCATCGCCG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

265 aa · LXL04_021283|LXL04_021283|OH1004|PROTEIN

MGDHFVFLVDRLLTESTLEAAIESRNPSYPLSPAIDTMIDCSSHMDPQTPFTPRKMVECRICQDEDFDSTMETPCSCCGSLKYAHRRCVQRWCNEKGDIICEICHQQFRPGYTAPPPVFRLGGIPANLRGHWQIARRDINADPRIITVVSSDHNLLDQEYDEYADSTARSILCFRSVAVIFMIVLILRHTLPIFAYGGANYSLPVFLLLLIRTSGFILPIYLILRAMTALVHRRRHLVSNGSTSSFSSSDEEAGPIAIQG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_021283`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`LXL04_021283`
位置	Chr04:126534919-126536288 (-)
描述	Similar to MARCHF3: E3 ubiquitin-protein ligase MARCHF3
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_021283` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0000209 protein polyubiquitination 生物过程 GO:0002495 antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class II 生物过程 GO:0006897 endocytosis 生物过程 GO:0006955 immune response 生物过程 GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 GO:0005764 lysosome 细胞组分 GO:0005765 lysosomal membrane 细胞组分 GO:0005768 endosome 细胞组分 GO:0031901 early endosome membrane 细胞组分 GO:0031902 late endosome membrane 细胞组分 GO:0004842 ubiquitin-protein transferase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用	bta:520348 hsa:115123 mmu:320253 rno:364878 xla:495072 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

溶酶体／液泡0.310

排名 1 · LXL04_021283 · OH-1004

细胞膜0.304

排名 2 · LXL04_021283 · OH-1004

细胞质0.192

排名 3 · LXL04_021283 · OH-1004

内质网0.188

排名 4 · LXL04_021283 · OH-1004

细胞核0.137

排名 5 · LXL04_021283 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12906.14RINGv59-104 aa

PF12428.14DUF3675110-227 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_021283	`PF12906.14`	RINGv	59	104	1.8e-11	44.7
LXL04_021283	`PF12428.14`	DUF3675	110	227	5.2e-38	130.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情