LXL04_021254 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_021254

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 125714494-125721319 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4437 bp · LXL04_021254|LXL04_021254|OH1004|cDNA

ATGGCAGATTGTCAATGTGAGACAACAATTTCTGAAACTTGTAACTATTGTGCTAACATTAAAGTTACACATAAAACCATCGATCATAAAATTTATCCCTCTGATTTAAACCCTGAACCTCCATCACCAAATTTCAATGGGCCGCGTCTTCAAGCAGTATCCGTACGCCATTCATCTGGCAGGAGCGATGAAGATGACGCAGATGATTCTGCGACAAACTTCTTCAGTCCCTACAGTCTTGACACGTCAGATCTGGATTC...

CDS

下载 CDS FASTA

4437 bp · LXL04_021254|LXL04_021254|OH1004|CDS

ATGGCAGATTGTCAATGTGAGACAACAATTTCTGAAACTTGTAACTATTGTGCTAACATTAAAGTTACACATAAAACCATCGATCATAAAATTTATCCCTCTGATTTAAACCCTGAACCTCCATCACCAAATTTCAATGGGCCGCGTCTTCAAGCAGTATCCGTACGCCATTCATCTGGCAGGAGCGATGAAGATGACGCAGATGATTCTGCGACAAACTTCTTCAGTCCCTACAGTCTTGACACGTCAGATCTGGATTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1478 aa · LXL04_021254|LXL04_021254|OH1004|PROTEIN

MADCQCETTISETCNYCANIKVTHKTIDHKIYPSDLNPEPPSPNFNGPRLQAVSVRHSSGRSDEDDADDSATNFFSPYSLDTSDLDSSSVSTKRDFNSFTSLNSSPSDSPSKIQEQQHISALKSHDHSQSYDDFSIFQQQCDNSSHSHKPLDFETNDLIWFPPPSHDQNDDDTNFFSYNDDDDDDETGEIVLSSSEPLKTVVQGHFRALVSQLLQSEFNSMEKWVDIVTSLAWQAAHYVKPDTSRGGSMDPGDYVKIKCI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_021254`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_021254

位置 Chr04:125714494-125721319 (+)

描述 Similar to FAB1C: Putative 1-phosphatidylinositol-3-phosphate 5-kinase FAB1C

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g71010`	PI(3,5)P2 调节复合物调节磷脂酰肌醇 3,5-二磷酸 (PtdIns(3,5)P2) 的合成和周转。	暂无已核实直接文献
`At3g14270`	PI(3,5)P2 调节复合物调节磷脂酰肌醇 3,5-二磷酸 (PtdIns(3,5)P2) 的合成和周转。	Arabidopsis FAB1/PIKfyve proteins are essential for development of viable pollen.2009 · DOI: 10.1104/pp.109.146159 Loss-of-function and gain-of-function mutations in FAB1A/B impair endomembrane homeostasis, conferring pleiotropic developmental abnormalities in Arabidopsis.2011 · DOI: 10.1104/pp.110.167981
`At4g33240`	PI(3,5)P2 调节复合物调节磷脂酰肌醇 3,5-二磷酸 (PtdIns(3,5)P2) 的合成和周转。	Arabidopsis FAB1/PIKfyve proteins are essential for development of viable pollen.2009 · DOI: 10.1104/pp.109.146159 Loss-of-function and gain-of-function mutations in FAB1A/B impair endomembrane homeostasis, conferring pleiotropic developmental abnormalities in Arabidopsis.2011 · DOI: 10.1104/pp.110.167981 Arabidopsis FAB1A/B is possibly involved in the recycling of auxin transporters.2011 · DOI: 10.4161/psb.6.4.15023
`At1g34260`	PI(3,5)P2 调节复合物调节磷脂酰肌醇 3,5-二磷酸 (PtdIns(3,5)P2) 的合成和周转。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_021254 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0007033 vacuole organization 生物过程

GO:0009555 pollen development 生物过程

GO:0010256 endomembrane system organization 生物过程

GO:0046854 phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process 生物过程

GO:0090332 stomatal closure 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005768 endosome 细胞组分

GO:0010008 endosome membrane 细胞组分

GO:0000285 1-phosphatidylinositol-3-phosphate 5-kinase activity 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G71010

ath:AT3G14270

ath:AT4G33240

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.389

排名 1 · LXL04_021254 · OH-1004

细胞核0.332

排名 2 · LXL04_021254 · OH-1004

细胞膜0.272

排名 3 · LXL04_021254 · OH-1004

质体0.070

排名 4 · LXL04_021254 · OH-1004

内质网0.066

排名 5 · LXL04_021254 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00118.30Cpn60_TCP1212-470 aa

PF01504.25PIP5K1193-1360 aa

PF01504.25PIP5K1357-1415 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_021254	`PF00118.30`	Cpn60_TCP1	212	470	9.9e-31	107.7
LXL04_021254	`PF01504.25`	PIP5K	1193	1360	4.3e-45	154.9
LXL04_021254	`PF01504.25`	PIP5K	1357	1415	4.3e-45	154.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SSJ8`	拟南芥	Putative 1-phosphatidylinositol-3-phosphate 5-kinase FAB1C	57.470%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LUM0`	拟南芥	1-phosphatidylinositol-3-phosphate 5-kinase FAB1B	47.170%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q0WUR5`	拟南芥	1-phosphatidylinositol-3-phosphate 5-kinase FAB1A	48.085%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9XID0`	拟南芥	Putative 1-phosphatidylinositol-3-phosphate 5-kinase FAB1D	53.521%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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