LXL04_021186 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_021186

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 123788488-123790655 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

828 bp · LXL04_021186|LXL04_021186|OH1004|cDNA

ATGGAAAGGGATTTTATGGGTTTGAATTCGAAAGATTCAGTGGTGGTGGTCAAGGAAGAAGCTGTTGAAGGATGCAAAGAATCAGATGGTTTCAATGGCTCTAAAAACCGTCAATCTGGTGAACTTCAGAAAAGCTTTGGTGTAAGTACGCAAGGTGGCACTCATTTTACAATGGCTGGTTATCCCATGCAACAGAATGCGGTGCCAATTTCCATGAGTCATCCCTTCTTCCGGGCCCCATTTGGATCTGCTCCAATCAA...

CDS

下载 CDS FASTA

828 bp · LXL04_021186|LXL04_021186|OH1004|CDS

ATGGAAAGGGATTTTATGGGTTTGAATTCGAAAGATTCAGTGGTGGTGGTCAAGGAAGAAGCTGTTGAAGGATGCAAAGAATCAGATGGTTTCAATGGCTCTAAAAACCGTCAATCTGGTGAACTTCAGAAAAGCTTTGGTGTAAGTACGCAAGGTGGCACTCATTTTACAATGGCTGGTTATCCCATGCAACAGAATGCGGTGCCAATTTCCATGAGTCATCCCTTCTTCCGGGCCCCATTTGGATCTGCTCCAATCAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

275 aa · LXL04_021186|LXL04_021186|OH1004|PROTEIN

MERDFMGLNSKDSVVVVKEEAVEGCKESDGFNGSKNRQSGELQKSFGVSTQGGTHFTMAGYPMQQNAVPISMSHPFFRAPFGSAPIKQQHAVNVIPPNASFLAGTTEPWYSSKTSCAPSQLTIFYGGMVNVYDDISPEKAQAIMFLAGNGVSVSTPTPRTQAQAQVAPTLSPINVQPCSAISSPMSVSSHPVGGPTNKDDGVKTVTPPTKVDSPRVINSLEKVMQSAVPQARKASLARFLEKRKERVMGSGPYNKISSDC...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_021186`
TK1151 ID	TkA03G585620
OH-1004 ID	LXL04_021186
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	41.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 82.243 / OH-1004 40.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_021186

位置 Chr04:123788488-123790655 (+)

描述 Similar to TIFY6B: Protein TIFY 6B

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g17860`	茉莉酸反应的阻遏物。	The JAZ family of repressors is the missing link in jasmonate signalling.2007 · DOI: 10.1038/nature06006
`At1g48500`	茉莉酸反应的抑制因子。	暂无已核实直接文献
`At1g70700`	茉莉酸反应的阻遏物。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os09g0401300`	茉莉酸反应的阻遏物。	暂无已核实直接文献
`Os08g0428400`	茉莉酸反应的阻遏物。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_021186 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0009611 response to wounding 生物过程

GO:0009753 response to jasmonic acid 生物过程

GO:0009861 jasmonic acid and ethylene-dependent systemic resistance 生物过程

GO:0009867 jasmonic acid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0031347 regulation of defense response 生物过程

GO:2000022 regulation of jasmonic acid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0042802 identical protein binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G48500

ath:AT1G70700

ath:AT3G17860

dosa:Os08g0428400

dosa:Os09g0401300

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.922

排名 1 · LXL04_021186 · OH-1004

细胞质0.148

排名 2 · LXL04_021186 · OH-1004

细胞膜0.061

排名 3 · LXL04_021186 · OH-1004

内质网0.037

排名 4 · LXL04_021186 · OH-1004

质体0.017

排名 5 · LXL04_021186 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF06200.20tify117-148 aa

PF09425.16Jas_motif229-253 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_021186	`PF06200.20`	tify	117	148	3.4e-17	62.2
LXL04_021186	`PF09425.16`	Jas_motif	229	253	5e-13	49.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LVI4`	拟南芥	Protein TIFY 6B	34.706%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q58G47`	拟南芥	Protein TIFY 6A	36.842%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q8W4J8`	拟南芥	Protein TIFY 7	33.948%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q6ES51`	水稻	Protein TIFY 6b	39.894%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q6ZJU3`	水稻	Protein TIFY 6a	37.705%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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