LXL04_020949 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_020949

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 116200535-116203278 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2313 bp · LXL04_020949|LXL04_020949|OH1004|cDNA

ATGGTGCAGTACAACTTTAAGAAGATCACGCGAGTCCCAACGGGAAAAGACTTCGTCGACATCATCCTGAGCAGAACCCAAAGACAAACACCAACAGTCGTCCACAAAGGCTACGCCATAAACCGAATCCGCCAGTTTTACATGCGAAAAGTCAAATTCACCCAAACAAACTTCCACGAAAAGCTCTCCACCATCATCGACGAGTTCCCCAGACTCGACGACGTCCATCCTTTCTACGGCGACCTTCTCCACGTCCTCTA...

CDS

下载 CDS FASTA

2313 bp · LXL04_020949|LXL04_020949|OH1004|CDS

ATGGTGCAGTACAACTTTAAGAAGATCACGCGAGTCCCAACGGGAAAAGACTTCGTCGACATCATCCTGAGCAGAACCCAAAGACAAACACCAACAGTCGTCCACAAAGGCTACGCCATAAACCGAATCCGCCAGTTTTACATGCGAAAAGTCAAATTCACCCAAACAAACTTCCACGAAAAGCTCTCCACCATCATCGACGAGTTCCCCAGACTCGACGACGTCCATCCTTTCTACGGCGACCTTCTCCACGTCCTCTA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

770 aa · LXL04_020949|LXL04_020949|OH1004|PROTEIN

MVQYNFKKITRVPTGKDFVDIILSRTQRQTPTVVHKGYAINRIRQFYMRKVKFTQTNFHEKLSTIIDEFPRLDDVHPFYGDLLHVLYNKDHYKLALGQINTARNLISKIAKDYVKLLKYGDSLYRCKALKVAALGRMCTVTKRIGPSLAYLEQIRQHMARLPSIDPNTRTILICGYPNVGKSSFINKITRADVDVQPYAFTTKSLFVGHTDYKYLRYQVIDTPGILDRPFEDRNIIEMCSITALAHLRAAVLFFLDISGS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_020949`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_020949

位置 Chr04:116200535-116203278 (-)

描述 Similar to At1g50920: Nucleolar GTP-binding protein 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g50920`	参与60S核糖体亚基的生物合成。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_020949 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000463 maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) 生物过程

GO:0008156 negative regulation of DNA replication 生物过程

GO:0008285 negative regulation of cell population proliferation 生物过程

GO:0010972 negative regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle 生物过程

GO:0022408 negative regulation of cell-cell adhesion 生物过程

GO:0030336 negative regulation of cell migration 生物过程

GO:0031397 negative regulation of protein ubiquitination 生物过程

GO:0042254 ribosome biogenesis 生物过程

GO:0042273 ribosomal large subunit biogenesis 生物过程

GO:0050821 protein stabilization 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G50920

hsa:23560

mmu:69237

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.903

排名 1 · LXL04_020949 · OH-1004

细胞质0.149

排名 2 · LXL04_020949 · OH-1004

线粒体0.030

排名 3 · LXL04_020949 · OH-1004

细胞膜0.019

排名 4 · LXL04_020949 · OH-1004

内质网0.009

排名 5 · LXL04_020949 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF17835.7NOG1_N6-165 aa

PF02421.25FeoB_N170-319 aa

PF01926.30MMR_HSR1171-290 aa

PF06858.21NOG1236-292 aa

PF08155.17NOGCT409-462 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_020949	`PF17835.7`	NOG1_N	6	165	1.2e-59	201.8
LXL04_020949	`PF02421.25`	FeoB_N	170	319	1.6e-11	44.7
LXL04_020949	`PF01926.30`	MMR_HSR1	171	290	8.4e-19	68.5
LXL04_020949	`PF06858.21`	NOG1	236	292	6.8e-25	87.3
LXL04_020949	`PF08155.17`	NOGCT	409	462	7.1e-27	93.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9C6I8`	拟南芥	Nucleolar GTP-binding protein 1	76.444%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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