LXL04_020846 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_020846

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 110919346-110926018 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3555 bp · LXL04_020846|LXL04_020846|OH1004|cDNA

atggcgttagaagacttgGTGGAATATGAAGCAGCACGTGGTGAACTATATGAGGAAGTTTCTAGGGGCAGTTCCATAGAGGACATAAGAGCAAGGCTAACTAAAAAAGATGATACAAATACAAGTTCCAAAAAAGATACTGACATAcataagaaaaaaaatacacAAGGAGAGACAAAAACAAAGGTTCAAAAGCAGCAGGAAACAAGAACTTACTCTGTTCACAGCATTCAAAGAAAGAAGAGGGACCTAATGCAACT...

CDS

下载 CDS FASTA

3555 bp · LXL04_020846|LXL04_020846|OH1004|CDS

ATGGCGTTAGAAGACTTGGTGGAATATGAAGCAGCACGTGGTGAACTATATGAGGAAGTTTCTAGGGGCAGTTCCATAGAGGACATAAGAGCAAGGCTAACTAAAAAAGATGATACAAATACAAGTTCCAAAAAAGATACTGACATACATAAGAAAAAAAATACACAAGGAGAGACAAAAACAAAGGTTCAAAAGCAGCAGGAAACAAGAACTTACTCTGTTCACAGCATTCAAAGAAAGAAGAGGGACCTAATGCAACT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1184 aa · LXL04_020846|LXL04_020846|OH1004|PROTEIN

MALEDLVEYEAARGELYEEVSRGSSIEDIRARLTKKDDTNTSSKKDTDIHKKKNTQGETKTKVQKQQETRTYSVHSIQRKKRDLMQLLNKHIPVSVKSVEDETSMTPKTLSAVELFSKAIEEQSGIDIVNKKTFRVADEELLVLVTKASSKIKVHLATGFKEPLTLHWALSKKAGEWLANTLAPPENLLPQGSTSLATSADTPFSTISIDGSTNTIQSLEIEIGEGSYVGMPFVMFSGNNWIKNNGSDFYIEFSAPKKAI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_020846`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_020846

位置 Chr04:110919346-110926018 (-)

描述 Similar to R1: Alpha-glucan water dikinase, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g10760`	介导磷酸盐并入类淀粉 α-葡聚糖，主要位于葡萄糖单元的 C-6 位置。	The Arabidopsis sex1 mutant is defective in the R1 protein, a general regulator of starch degradation in plants, and not in the chloroplast hexose transporter.2001 · DOI: 10.1105/tpc.010091
`At4g24450`	介导磷酸基的掺入到α-葡聚糖中，主要在葡萄糖单元的C-6位置。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os12g0297500`	介导磷酸盐掺入淀粉样磷酸-α-葡聚糖中，主要位于葡萄糖单元的 C-3 位置。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_020846 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0005982 starch metabolic process 生物过程

GO:0005983 starch catabolic process 生物过程

GO:0009610 response to symbiotic fungus 生物过程

GO:0009631 cold acclimation 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分

GO:0009941 chloroplast envelope 细胞组分

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

GO:0004673 protein histidine kinase activity 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0046872 metal ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ag:CAA70725

ath:AT1G10760

ath:AT4G24450

dosa:Os12g0297500

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.420

排名 1 · LXL04_020846 · OH-1004

内质网0.157

排名 2 · LXL04_020846 · OH-1004

质体0.157

排名 3 · LXL04_020846 · OH-1004

高尔基体0.139

排名 4 · LXL04_020846 · OH-1004

细胞核0.133

排名 5 · LXL04_020846 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23229.3DUF70676-36 aa

PF23166.2Ig_N_CWD1131-253 aa

PF22973.3GWD1_pHisD727-839 aa

PF01326.25PPDK_N981-1183 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_020846	`PF23229.3`	DUF7067	6	36	1.6e-07	31.7
LXL04_020846	`PF23166.2`	Ig_N_CWD1	131	253	1.2e-22	81.1
LXL04_020846	`PF22973.3`	GWD1_pHisD	727	839	1.3e-53	180.2
LXL04_020846	`PF01326.25`	PPDK_N	981	1183	2.2e-25	90.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SAC6`	拟南芥	Alpha-glucan water dikinase 1, chloroplastic	70.954%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9STV0`	拟南芥	Alpha-glucan water dikinase 2	49.494%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q2QTC2`	水稻	Phosphoglucan, water dikinase, chloroplastic	28.480%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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