LXL04_020731 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_020731

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 107209894-107212473 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1287 bp · LXL04_020731|LXL04_020731|OH1004|cDNA

ATGGCAGGGGCGGCCTCTGCGCTGTTCCTCCTCGACATCAAAGGCCGTGTTCTGGTTTGGCGTGACTACCGTGGCGATGTCTCCGCAGTTCAGGCCGAGCGTTTCTTTTCTAAACTCATAGAAAAAGAGGGTGAACCAGATGCTCAAGATCCTGTTGTGTATGATAATGGTGTCACCTATATGTTCGTACAACACAACAATGTATATCTAATGACTGCATCCAGGCAGAACTGTAATGCCGCTAGCCTTCTCCTCTTTTT...

CDS

下载 CDS FASTA

1287 bp · LXL04_020731|LXL04_020731|OH1004|CDS

ATGGCAGGGGCGGCCTCTGCGCTGTTCCTCCTCGACATCAAAGGCCGTGTTCTGGTTTGGCGTGACTACCGTGGCGATGTCTCCGCAGTTCAGGCCGAGCGTTTCTTTTCTAAACTCATAGAAAAAGAGGGTGAACCAGATGCTCAAGATCCTGTTGTGTATGATAATGGTGTCACCTATATGTTCGTACAACACAACAATGTATATCTAATGACTGCATCCAGGCAGAACTGTAATGCCGCTAGCCTTCTCCTCTTTTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

428 aa · LXL04_020731|LXL04_020731|OH1004|PROTEIN

MAGAASALFLLDIKGRVLVWRDYRGDVSAVQAERFFSKLIEKEGEPDAQDPVVYDNGVTYMFVQHNNVYLMTASRQNCNAASLLLFLHRVVDVFKHYFEELEEESLRDNFVVVYELLDEMMDFGYPQYTEAKILSEFIKTDAYRMEVSQRPPMAVTNAVSWRSEGIRYKKNEVFLDVVESVNILVNSNGQIVRSEVVGALKMRTFLSGMPECKLGLNDRLLLEAQGRSTKGKAIDLDDIKFHQCVRLARFENDRTISFVP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_020731`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_020731

位置 Chr04:107209894-107212473 (-)

描述 Similar to AP1M2: AP-1 complex subunit mu-2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g60780`	网格蛋白相关衔接蛋白复合物 1 的亚基，在反式高尔基体网络和早期内体的蛋白质分选中发挥作用。	The AP-1 μ adaptin is required for KNOLLE localization at the cell plate to mediate cytokinesis in Arabidopsis.2013 · DOI: 10.1093/pcp/pct048 Arabidopsis μ-adaptin subunit AP1M of adaptor protein complex 1 mediates late secretory and vacuolar traffic and is required for growth.2013 · DOI: 10.1073/pnas.1300460110 HAPLESS13, the Arabidopsis μ1 adaptin, is essential for protein sorting at the trans-Golgi network/early endosome.2013 · DOI: 10.1104/pp.113.221051
`At1g10730`	网格蛋白相关衔接蛋白复合物 1 的亚基，在反式高尔基体网络和早期内体的蛋白质分选中发挥作用。	Arabidopsis μ-adaptin subunit AP1M of adaptor protein complex 1 mediates late secretory and vacuolar traffic and is required for growth.2013 · DOI: 10.1073/pnas.1300460110

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_020731 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006886 intracellular protein transport 生物过程

GO:0006892 post-Golgi vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0006896 Golgi to vacuole transport 生物过程

GO:0007034 vacuolar transport 生物过程

GO:0016192 vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0032438 melanosome organization 生物过程

GO:0035646 endosome to melanosome transport 生物过程

GO:0035653 clathrin-coated vesicle cargo loading, AP-1-mediated 生物过程

GO:0060155 platelet dense granule organization 生物过程

GO:0071280 cellular response to copper ion 生物过程

GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G10730

ath:AT1G60780

bta:504310

hsa:8907

rno:306332

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.554

排名 1 · LXL04_020731 · OH-1004

高尔基体0.403

排名 2 · LXL04_020731 · OH-1004

细胞膜0.212

排名 3 · LXL04_020731 · OH-1004

细胞核0.132

排名 4 · LXL04_020731 · OH-1004

内质网0.105

排名 5 · LXL04_020731 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01217.27Clat_adaptor_s7-131 aa

PF00928.27Adap_comp_sub159-426 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_020731	`PF01217.27`	Clat_adaptor_s	7	131	1.9e-07	31.9
LXL04_020731	`PF00928.27`	Adap_comp_sub	159	426	9.4e-96	320.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O22715`	拟南芥	AP-1 complex subunit mu-2	90.421%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SAC9`	拟南芥	AP-1 complex subunit mu-1	85.981%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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