LXL04_020685 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_020685

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 104894729-104896195 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1467 bp · LXL04_020685|LXL04_020685|OH1004|cDNA

ATGCCAAGAACAACAGTGAAACAAATCTTCAATCTTCGATCTTATGCCTATTATCGCCCAATTCCACTCCAATTCACCACAAATGCACTCGCCAACCAAGAAAAATTTAATCTTGTTATTTCAAAAGTTCAATCCGGAACTGGAAGGACCGATAATGAAATATTCAAGTCTCTAATTCACGATCAATCTTGTACCACCATACCCATCTCTGACAACCTTATATCCCACCTATTACACCGATTCAAAGACGACTGGAAGTC...

CDS

下载 CDS FASTA

1467 bp · LXL04_020685|LXL04_020685|OH1004|CDS

ATGCCAAGAACAACAGTGAAACAAATCTTCAATCTTCGATCTTATGCCTATTATCGCCCAATTCCACTCCAATTCACCACAAATGCACTCGCCAACCAAGAAAAATTTAATCTTGTTATTTCAAAAGTTCAATCCGGAACTGGAAGGACCGATAATGAAATATTCAAGTCTCTAATTCACGATCAATCTTGTACCACCATACCCATCTCTGACAACCTTATATCCCACCTATTACACCGATTCAAAGACGACTGGAAGTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

488 aa · LXL04_020685|LXL04_020685|OH1004|PROTEIN

MPRTTVKQIFNLRSYAYYRPIPLQFTTNALANQEKFNLVISKVQSGTGRTDNEIFKSLIHDQSCTTIPISDNLISHLLHRFKDDWKSSLAIFKWAESQKGHTPLPNSYAIILDTLGKSKQIEKMMSLLTQTPHHDVTLTSISKVMRRLCGAGKWQKAVKIFDDLNTFGLQKNTESMNLLLDTLCKENKVEQARKIFLELKSCIPPTPHTFNIFIHGWCKVNRVEEAHWTIQEMKGYGFSPSVITYSTIIKSYCQNHNFDN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_020685`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_020685

位置 Chr04:104894729-104896195 (-)

描述 Similar to At3g04130: Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g04130, mitochondrial

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g04130`	含有五三肽重复的蛋白 At3g04130，线粒体。	暂无已核实直接文献
`At3g22670`	含五节重复序列蛋白At3g22670，线粒体。	暂无已核实直接文献
`At1g74900`	线粒体nad1转录本第1个内含子反式剪接所必需；该转录本编码线粒体膜呼吸链NADH脱氢酶（复合体Ⅰ）的ND1亚基。	The pentatricopeptide repeat gene OTP43 is required for trans-splicing of the mitochondrial nad1 Intron 1 in Arabidopsis thaliana.2007 · DOI: 10.1105/tpc.107.054841
`At5g43820`	推测含五聚重复序列蛋白 At5g43820。	暂无已核实直接文献
`At1g20300`	含五肽重复的蛋白 At1g20300，线粒体。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_020685 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0008380 RNA splicing 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0003723 RNA binding 分子功能

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G74900

ath:AT3G04130

ath:AT3G22670

ath:AT5G43820

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.880

排名 1 · LXL04_020685 · OH-1004

质体0.051

排名 2 · LXL04_020685 · OH-1004

细胞核0.048

排名 3 · LXL04_020685 · OH-1004

细胞质0.032

排名 4 · LXL04_020685 · OH-1004

细胞膜0.011

排名 5 · LXL04_020685 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF29070.1MSC6_N140-266 aa

PF13041.13PPR_2172-214 aa

PF12854.14PPR_1202-227 aa

PF13041.13PPR_2207-254 aa

PF01535.27PPR209-238 aa

PF17177.11PPR_long223-330 aa

PF13812.13PPR_3231-284 aa

PF12854.14PPR_1237-269 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_020685	`PF29070.1`	MSC6_N	140	266	2.6e-19	70.3
LXL04_020685	`PF13041.13`	PPR_2	172	214	2.5e-57	191.5
LXL04_020685	`PF12854.14`	PPR_1	202	227	1.3e-51	172.7
LXL04_020685	`PF13041.13`	PPR_2	207	254	2.5e-57	191.5
LXL04_020685	`PF01535.27`	PPR	209	238	9.7e-45	148.5
LXL04_020685	`PF17177.11`	PPR_long	223	330	7.3e-17	62.2
LXL04_020685	`PF13812.13`	PPR_3	231	284	2.4e-28	98.7
LXL04_020685	`PF12854.14`	PPR_1	237	269	1.3e-51	172.7
LXL04_020685	`PF13041.13`	PPR_2	240	285	2.5e-57	191.5
LXL04_020685	`PF23276.3`	TPR_24	241	335	2.7e-14	53.9
LXL04_020685	`PF01535.27`	PPR	243	273	9.7e-45	148.5
LXL04_020685	`PF13812.13`	PPR_3	263	322	2.4e-28	98.7
LXL04_020685	`PF13041.13`	PPR_2	275	312	2.5e-57	191.5
LXL04_020685	`PF12854.14`	PPR_1	307	336	1.3e-51	172.7
LXL04_020685	`PF13041.13`	PPR_2	310	336	2.5e-57	191.5
LXL04_020685	`PF17177.11`	PPR_long	315	401	7.3e-17	62.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9M8W9`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g04130, mitochondrial	51.316%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LUJ4`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g22670, mitochondrial	37.857%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9S7R4`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g74900, mitochondrial	28.607%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`P0C8R0`	拟南芥	Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At5g43820	27.387%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9LN22`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g20300, mitochondrial	27.461%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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