LXL04_020684 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_020684

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 104833881-104836925 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1881 bp · LXL04_020684|LXL04_020684|OH1004|cDNA

ATGGCGCCTTCATACTTCCCATTAAGGTGGGAAAGCACAGGTGATCAATGGTGGTATGCCTCTCCAATCGATTTAGCAGCTGCTAATGGTCACTACGATTTGGTCAGAGAGCTTCTTCATTTCGACACAAACCTCCTCATCAAATTAACCTCCCTCCGCCGCATACGGCGGCTGGAGACGGTATGGGACGATGAAGATCAATTCAACGATGTTGCAAAAAACAGATCAAAAGTGGCAAGAAAACTACTTCTCGAAAGCGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1881 bp · LXL04_020684|LXL04_020684|OH1004|CDS

ATGGCGCCTTCATACTTCCCATTAAGGTGGGAAAGCACAGGTGATCAATGGTGGTATGCCTCTCCAATCGATTTAGCAGCTGCTAATGGTCACTACGATTTGGTCAGAGAGCTTCTTCATTTCGACACAAACCTCCTCATCAAATTAACCTCCCTCCGCCGCATACGGCGGCTGGAGACGGTATGGGACGATGAAGATCAATTCAACGATGTTGCAAAAAACAGATCAAAAGTGGCAAGAAAACTACTTCTCGAAAGCGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

626 aa · LXL04_020684|LXL04_020684|OH1004|PROTEIN

MAPSYFPLRWESTGDQWWYASPIDLAAANGHYDLVRELLHFDTNLLIKLTSLRRIRRLETVWDDEDQFNDVAKNRSKVARKLLLESEPRKGHGHNSLIRAGYGGWLLYTAASAGDVDFVKQLLKRDPLLVFGEGEYGVTDILYAAARGKNCEVFQVLFDFSLWSKGGEIGSVFKFEMMNRAVHAAARGGSLEILKELLEDCDDVLMYKDLQGSSLLHSACGRGQTEVVKYLLDSYDATGSTDTQGNTPLHIAAYNGHLKV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_020684`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`LXL04_020684`
位置	Chr04:104833881-104836925 (-)
描述	Similar to Mib1: E3 ubiquitin-protein ligase MIB1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_020684` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程 GO:0006897 endocytosis 生物过程 GO:0007219 Notch signaling pathway 生物过程 GO:0010803 regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway 生物过程 GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程 GO:0045807 positive regulation of endocytosis 生物过程 GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分 GO:0000151 ubiquitin ligase complex 细胞组分 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 GO:0005769 early endosome 细胞组分 GO:0005813 centrosome 细胞组分 GO:0005829 cytosol 细胞组分
KEGG 基因交叉引用	hsa:142678 hsa:57534 mmu:225164 mmu:76580 xla:444232 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.586

排名 1 · LXL04_020684 · OH-1004

细胞核0.258

排名 2 · LXL04_020684 · OH-1004

细胞质0.206

排名 3 · LXL04_020684 · OH-1004

内质网0.059

排名 4 · LXL04_020684 · OH-1004

质体0.057

排名 5 · LXL04_020684 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13637.13Ank_4182-232 aa

PF12796.14Ank_2183-266 aa

PF13857.13Ank_5239-284 aa

PF13637.13Ank_4241-265 aa

PF00023.37Ank244-266 aa

PF13606.13Ank_3245-267 aa

PF12796.14Ank_2304-366 aa

PF13857.13Ank_5320-368 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_020684	`PF13637.13`	Ank_4	182	232	3.4e-24	85.1
LXL04_020684	`PF12796.14`	Ank_2	183	266	1.8e-34	118.9
LXL04_020684	`PF13857.13`	Ank_5	239	284	2.3e-28	98.6
LXL04_020684	`PF13637.13`	Ank_4	241	265	3.4e-24	85.1
LXL04_020684	`PF00023.37`	Ank	244	266	1.7e-29	100.9
LXL04_020684	`PF13606.13`	Ank_3	245	267	1.9e-26	89.6
LXL04_020684	`PF12796.14`	Ank_2	304	366	1.8e-34	118.9
LXL04_020684	`PF13857.13`	Ank_5	320	368	2.3e-28	98.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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