基因详情
输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
基因概览
LXL04_019898
当前版本: OH-1004
染色体: Chr04
坐标: 43731262-43731981
链方向: -
类型: protein_coding
cDNA / CDS / 蛋白序列
cDNA
下载 cDNA FASTA720 bp · LXL04_019898|LXL04_019898|OH1004|cDNA
ATGGCCACGGAGCAGTACTTTGATGAAAGCGAACGTGAAAATAGCTTTAACAAAGATGATGAGAAACCATGGAAAAGCATCGATAAACCGGAGACCGGCGCTTCCGGTGGTTTTGACTGTAATATCTGTCTAGAATCTGTCCAAGATCCGGTAGTAACACTATGTGGCCACCTATACTGTTGGCCTTGTATTTATAAATGGATTCATCATCAAAATACTTCGTCGGAAAACCCAGAAAAGAAAGCTCCACAGTGCCCCGT...
CDS
下载 CDS FASTA720 bp · LXL04_019898|LXL04_019898|OH1004|CDS
ATGGCCACGGAGCAGTACTTTGATGAAAGCGAACGTGAAAATAGCTTTAACAAAGATGATGAGAAACCATGGAAAAGCATCGATAAACCGGAGACCGGCGCTTCCGGTGGTTTTGACTGTAATATCTGTCTAGAATCTGTCCAAGATCCGGTAGTAACACTATGTGGCCACCTATACTGTTGGCCTTGTATTTATAAATGGATTCATCATCAAAATACTTCGTCGGAAAACCCAGAAAAGAAAGCTCCACAGTGCCCCGT...
239 aa · LXL04_019898|LXL04_019898|OH1004|PROTEIN
MATEQYFDESERENSFNKDDEKPWKSIDKPETGASGGFDCNICLESVQDPVVTLCGHLYCWPCIYKWIHHQNTSSENPEKKAPQCPVCKSEVSQKTIVPLYGRGAPTPVTEQKTPSLEAVIPRRPPTPRHGVIDRPSSQVSRRGFHQRAPPPLAMPGRGGVDMTAGICPSPTIGMLGEMVSGRILGDLETPLFATPNSYNLAGVSTRRARRQATEADRSLSRIYTFLFCCIILCLLLFT
上下游序列下载
序列方向与下载说明
上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。
多版本 ID 对照
| 输入 ID | LXL04_019898 |
|---|---|
| 版本 | OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0 |
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004
展开后加载该基因的变异记录。
基因基本信息与功能注释
| 基因 ID | LXL04_019898 | ||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 位置 | Chr04:43731262-43731981 (-) | ||||||||||||
| 描述 | Similar to RMA1H1: E3 ubiquitin-protein ligase RMA1H1 | ||||||||||||
| 拟南芥 / 水稻参考基因与文献 |
拟南芥
水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。 | ||||||||||||
| 功能注释来源 | 查看注释来源功能注释来源：OH1004 · | ||||||||||||
| GO 注释（OH1004 来源） | GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程 GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程 GO:0009409 response to cold 生物过程 GO:0009414 response to water deprivation 生物过程 GO:0009611 response to wounding 生物过程 GO:0009617 response to bacterium 生物过程 GO:0009723 response to ethylene 生物过程 GO:0010507 negative regulation of autophagy 生物过程 GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程 GO:0030163 protein catabolic process 生物过程 GO:0031648 protein destabilization 生物过程 GO:0032527 protein exit from endoplasmic reticulum 生物过程 | ||||||||||||
| KEGG 基因交叉引用 | ath:AT4G03510 ath:AT4G27470 ath:AT4G28270 cann:107855034 rno:407784 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。 |
基因表达
查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。
数据来源与对应关系说明
表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。
亚细胞定位 Top 5
以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。
内质网0.446
细胞核0.285
细胞质0.223
细胞膜0.143
高尔基体0.142
LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果
预测功能结构域
结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
PF13639.13zf-RING_239-89 aaPF14634.13zf-RING_539-89 aaPF13920.13zf-C3HC4_339-94 aaPF24921.2RING_XB3-XBAT3140-93 aaPF00097.32zf-C3HC440-88 aaPF13445.13zf-RING_UBOX40-73 aaPF13923.13zf-C3HC4_240-72 aaPF15227.13zf-C3HC4_440-88 aa| 基因 ID | 结构域编号 | 结构域名称 | 起始 aa | 终止 aa | E 值 | 评分 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| LXL04_019898 | PF13639.13 | zf-RING_2 | 39 | 89 | 8.6e-09 | 36.2 |
| LXL04_019898 | PF14634.13 | zf-RING_5 | 39 | 89 | 3e-06 | 27.8 |
| LXL04_019898 | PF13920.13 | zf-C3HC4_3 | 39 | 94 | 7e-06 | 26.5 |
| LXL04_019898 | PF24921.2 | RING_XB3-XBAT31 | 40 | 93 | 5.1e-11 | 43.2 |
| LXL04_019898 | PF00097.32 | zf-C3HC4 | 40 | 88 | 2.8e-10 | 40.6 |
| LXL04_019898 | PF13445.13 | zf-RING_UBOX | 40 | 73 | 1.5e-09 | 38.4 |
| LXL04_019898 | PF13923.13 | zf-C3HC4_2 | 40 | 72 | 8.2e-08 | 32.6 |
| LXL04_019898 | PF15227.13 | zf-C3HC4_4 | 40 | 88 | 1.7e-06 | 28.7 |
拟南芥 / 水稻蛋白同源
仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。