LXL04_019656 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_019656

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 36074427-36076274 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1006 bp · LXL04_019656|LXL04_019656|OH1004|cDNA

TTTATGCTGAGGTGTCCTGATCCATCTTGTAGTGCAGCTGTTGGTCAAGACATGATTGTTTCCATGGCCTCACACGAAGATACATAGAAATATCAACGTTACTTTCTTATGTCATTTGTGGAAGACAATAGAAagACAAAATGGTGCCCTGCTCCTGGCTGTGACTATGCTGTTGACTTCATTGTTGGTGGTGGAACATTTGATGTTGCATGTGGCTGCTCGTATAGTTTTTGCTGGAATtatACCGAGGAAGCTCACCG...

CDS

下载 CDS FASTA

882 bp · LXL04_019656|LXL04_019656|OH1004|CDS

ATGTCATTTGTGGAAGACAATAGAAAGACAAAATGGTGCCCTGCTCCTGGCTGTGACTATGCTGTTGACTTCATTGTTGGTGGTGGAACATTTGATGTTGCATGTGGCTGCTCGTATAGTTTTTGCTGGAATTATACCGAGGAAGCTCACCGCCCGGTTGACTGTGACACTGTGTCAAAGTGGATAATGAAAAACAGTGCAGAATCTGAAAACATGAATTGGATTTTAGCCAATTCAAAACCATGTCCCAAATGCAAGCG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

293 aa · LXL04_019656|LXL04_019656|OH1004|PROTEIN

MSFVEDNRKTKWCPAPGCDYAVDFIVGGGTFDVACGCSYSFCWNYTEEAHRPVDCDTVSKWIMKNSAESENMNWILANSKPCPKCKRPIEKNQGCMHITCTPPCKFEFCWLCLCAWSDHDERTGGFYACNRYEAAKQEGVYDDTEKRREMAKNSLERYTHYYERWATNQSSRQKALADLQQMQSIHLEKRSDKQGQPESQLKFITEAWLQIVECRRVLKWTYAYGYYLPEREHGKRQFFEYLQGEAESGLKHLHQCAEKE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_019656`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_019656

位置 Chr04:36074427-36076274 (-)

描述暂无功能描述

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g65430`	可能作为 E3 泛素蛋白连接酶作用，或者作为 E3 复合物的一部分，从特定的 E2 泛素连接酶接受泛素，然后将其转移到底物。	暂无已核实直接文献
`At2g31510`	可能作为 E3 泛素蛋白连接酶作用，或者作为 E3 复合物的一部分，从特定的 E2 泛素连接酶接受泛素，然后将其转移到底物。	暂无已核实直接文献
`At1g05890`	可能作为 E3 泛素蛋白连接酶作用，或者作为 E3 复合物的一部分，从特定的 E2 泛素连接酶接受泛素，然后将其转移到底物。	暂无已核实直接文献
`At1g63760`	可能作为 E3 泛素蛋白连接酶作用，或者作为 E3 复合物的一部分，从特定的 E2 泛素连接酶接受泛素，然后将其转移到底物。	暂无已核实直接文献
`At2g31770`	可能作为 E3 泛素蛋白连接酶作用，或者作为 E3 复合物的一部分，从特定的 E2 泛素连接酶接受泛素，然后将其转移到底物。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_019656 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0000151 ubiquitin ligase complex 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0004842 ubiquitin-protein transferase activity 分子功能

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

GO:0031624 ubiquitin conjugating enzyme binding 分子功能

GO:0061630 ubiquitin protein ligase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G05890

ath:AT1G65430

ath:AT2G31510

ath:AT2G31770

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.484

排名 1 · LXL04_019656 · OH-1004

细胞核0.442

排名 2 · LXL04_019656 · OH-1004

线粒体0.073

排名 3 · LXL04_019656 · OH-1004

细胞膜0.069

排名 4 · LXL04_019656 · OH-1004

内质网0.043

排名 5 · LXL04_019656 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01485.28IBR2-55 aa

PF01485.28IBR72-119 aa

PF22191.3IBR_177-118 aa

PF22605.3IBR_278-117 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_019656	`PF01485.28`	IBR	2	55	2.2e-18	66.8
LXL04_019656	`PF01485.28`	IBR	72	119	2.2e-18	66.8
LXL04_019656	`PF22191.3`	IBR_1	77	118	2e-14	53.9
LXL04_019656	`PF22605.3`	IBR_2	78	117	1.2e-11	45.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8W468`	拟南芥	Probable E3 ubiquitin-protein ligase ARI8	83.516%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q84RR0`	拟南芥	Probable E3 ubiquitin-protein ligase ARI7	80.797%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8L829`	拟南芥	Probable E3 ubiquitin-protein ligase ARI5	75.725%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`P0C8K8`	拟南芥	Putative E3 ubiquitin-protein ligase ARI6	71.119%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SKC3`	拟南芥	Probable E3 ubiquitin-protein ligase ARI9	57.857%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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