LXL04_019596 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_019596

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 34828334-34835145 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1639 bp · LXL04_019596|LXL04_019596|OH1004|cDNA

ATGGCTTCCACCACGCTTCATTCACCGTTATCTCACACTCAGTCGCCGGCGGTTACTCGGACCAGTGCCTCTCTTCGCCAGATCACCGGCAATTCGTTGACGTGGAGCCGCGCGTTTGCTCCCGACCGCCTTCTTTCCGCCGTCTCCCATTCTTCTCTTAGAGATAGTTTCAATTTCGACTCTAGAAGTAAAGGTACCTCTAATTTTGATGAAGGAGTGAGAGGGTCTGTGAAGCCATTGATAACATGTGCTAGTGGGAC...

CDS

下载 CDS FASTA

1404 bp · LXL04_019596|LXL04_019596|OH1004|CDS

ATGGCTTCCACCACGCTTCATTCACCGTTATCTCACACTCAGTCGCCGGCGGTTACTCGGACCAGTGCCTCTCTTCGCCAGATCACCGGCAATTCGTTGACGTGGAGCCGCGCGTTTGCTCCCGACCGCCTTCTTTCCGCCGTCTCCCATTCTTCTCTTAGAGATAGTTTCAATTTCGACTCTAGAAGTAAAGGTACCTCTAATTTTGATGAAGGAGTGAGAGGGTCTGTGAAGCCATTGATAACATGTGCTAGTGGGAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

467 aa · LXL04_019596|LXL04_019596|OH1004|PROTEIN

MASTTLHSPLSHTQSPAVTRTSASLRQITGNSLTWSRAFAPDRLLSAVSHSSLRDSFNFDSRSKGTSNFDEGVRGSVKPLITCASGTEPVAAANLAPGTPVRPTSIMVIGATGTLGRQVVRRALDEGYDVRCLVRPRPAPADFLRDWGATVVNGDLTKPETIPATLVGVHTIIDCATGRPEEPIKTVDWEGKVALIQCAKAMGIQKYVFFSIHNCDKHPEVPLMEIKYCTEKFLQDSGVNHVVIRLCGFMQGLIGQYAVP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_019596`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_019596

位置 Chr04:34828334-34835145 (+)

描述 Similar to HCF244: Protein HIGH CHLOROPHYLL FLUORESCENCE PHENOTYPE 244, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g35250`	与HCF173共同参与光系统Ⅱ（PSII）的生物发生，尤其通过促进psbA mRNA翻译起始时的核糖体装载及其稳定性，支持反应中心D1蛋白的合成。	ONE-HELIX PROTEIN2 (OHP2) Is Required for the Stability of OHP1 and Assembly Factor HCF244 and Is Functionally Linked to PSII Biogenesis.2018 · DOI: 10.1104/pp.18.00540 OHP1, OHP2, and HCF244 Form a Transient Functional Complex with the Photosystem II Reaction Center.2019 · DOI: 10.1104/pp.18.01231 Exploring the Link between Photosystem II Assembly and Translation of the Chloroplast psbA mRNA.2020 · DOI: 10.3390/plants9020152

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_019596 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0010207 photosystem II assembly 生物过程

GO:0015979 photosynthesis 生物过程

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009523 photosystem II 细胞组分

GO:0009534 chloroplast thylakoid 细胞组分

GO:0009535 chloroplast thylakoid membrane 细胞组分

GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分

GO:0042651 thylakoid membrane 细胞组分

GO:0003743 translation initiation factor activity 分子功能

GO:0016491 oxidoreductase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G35250

syn:slr0399

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.975

排名 1 · LXL04_019596 · OH-1004

线粒体0.035

排名 2 · LXL04_019596 · OH-1004

细胞质0.021

排名 3 · LXL04_019596 · OH-1004

细胞核0.020

排名 4 · LXL04_019596 · OH-1004

细胞膜0.013

排名 5 · LXL04_019596 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF05368.20NmrA105-354 aa

PF01370.28Epimerase106-211 aa

PF13460.13NAD_binding_10110-259 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_019596	`PF05368.20`	NmrA	105	354	8.6e-27	95.2
LXL04_019596	`PF01370.28`	Epimerase	106	211	5.1e-10	39.9
LXL04_019596	`PF13460.13`	NAD_binding_10	110	259	2e-16	61.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O65502`	拟南芥	Protein HIGH CHLOROPHYLL FLUORESCENCE PHENOTYPE 244, chloroplastic	86.919%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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