LXL04_019422 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_019422

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 31010985-31013626 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1074 bp · LXL04_019422|LXL04_019422|OH1004|cDNA

ATGGAGATTAATTTGAAGAATATAGCATTCGACCTTGATTTTCATCCTTCAAATCAGCTAGTTGCTGCTGGTTTAATCACTGGCAACCTTTTTGTATATCGATATGCTGAAGATTCTGAACCAAAAAGGGTGTTGAAGGTTCGTGCCCATGGTGAATCTTGTAGAGCTGCTAGATTCATCAATGAAGGACGTGTAATTCTCACGGGGTCTCCAGACTGTTCAATCCTGGCCACTGATATTGAAACAGGATCTCCAGTTGC...

CDS

下载 CDS FASTA

1074 bp · LXL04_019422|LXL04_019422|OH1004|CDS

ATGGAGATTAATTTGAAGAATATAGCATTCGACCTTGATTTTCATCCTTCAAATCAGCTAGTTGCTGCTGGTTTAATCACTGGCAACCTTTTTGTATATCGATATGCTGAAGATTCTGAACCAAAAAGGGTGTTGAAGGTTCGTGCCCATGGTGAATCTTGTAGAGCTGCTAGATTCATCAATGAAGGACGTGTAATTCTCACGGGGTCTCCAGACTGTTCAATCCTGGCCACTGATATTGAAACAGGATCTCCAGTTGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

357 aa · LXL04_019422|LXL04_019422|OH1004|PROTEIN

MEINLKNIAFDLDFHPSNQLVAAGLITGNLFVYRYAEDSEPKRVLKVRAHGESCRAARFINEGRVILTGSPDCSILATDIETGSPVARLENCHEKAVNRLVNLTETTVASGGDEGCIKVWDTRQQTCCNTFQVHEEYITDMTLEPDSMKLLGTSGDGTLSVCNLRSNKVQTQSEFSEDEPLSIVIMKNGRKVICGTESGTMLLYSWGFFKDCSDRFTGLSPNPVNTLLKLDEERVIAGTENGLISLVGILPNRIIQPIAE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_019422`
TK1151 ID	TkA05G050660
OH-1004 ID	LXL04_019422
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	98.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_019422

位置 Chr04:31010985-31013626 (+)

描述 Similar to WDR55: WD repeat-containing protein 55

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g34260`	雄性和雌性配子发生、种子发育以及早期胚胎和胚乳发育所需。	Arabidopsis WD repeat domain55 Interacts with DNA damaged binding protein1 and is required for apical patterning in the embryo.2012 · DOI: 10.1105/tpc.111.089425 The Arabidopsis DDB1 interacting protein WDR55 is required for vegetative development.2013 · DOI: 10.4161/psb.25347

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_019422 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006364 rRNA processing 生物过程

GO:0009553 embryo sac development 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0009855 determination of bilateral symmetry 生物过程

GO:0009960 endosperm development 生物过程

GO:0010197 polar nucleus fusion 生物过程

GO:0080186 developmental vegetative growth 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

GO:0005730 nucleolus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G34260

bta:508709

ddi:DDB_G0282573

hsa:54853

rno:307494

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.884

排名 1 · LXL04_019422 · OH-1004

细胞质0.206

排名 2 · LXL04_019422 · OH-1004

线粒体0.024

排名 3 · LXL04_019422 · OH-1004

细胞膜0.023

排名 4 · LXL04_019422 · OH-1004

内质网0.013

排名 5 · LXL04_019422 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF24796.2WDR552-295 aa

PF23414.2Beta-prop_EML_211-92 aa

PF25173.2Beta-prop_WDR3_1st12-161 aa

PF25175.2Beta-prop_WDR512-262 aa

PF24807.2WD40_CDC20-Fz12-169 aa

PF25391.2WD40_Gbeta14-179 aa

PF25171.2Beta-prop_WDR36-Utp21_1st16-120 aa

PF24817.2WD40_WDHD1_1st20-170 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_019422	`PF24796.2`	WDR55	2	295	3.3e-95	319.2
LXL04_019422	`PF23414.2`	Beta-prop_EML_2	11	92	1.4e-17	64.7
LXL04_019422	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	12	161	5.2e-28	98.7
LXL04_019422	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	12	262	2.3e-24	86.9
LXL04_019422	`PF24807.2`	WD40_CDC20-Fz	12	169	1.1e-19	71.6
LXL04_019422	`PF25391.2`	WD40_Gbeta	14	179	2.4e-12	47.3
LXL04_019422	`PF25171.2`	Beta-prop_WDR36-Utp21_1st	16	120	1.9e-12	47.9
LXL04_019422	`PF24817.2`	WD40_WDHD1_1st	20	170	7.2e-17	62.2
LXL04_019422	`PF25047.1`	Beta-prop_TEP1_2nd	42	167	1.9e-14	54.2
LXL04_019422	`PF25168.2`	Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd	44	169	5.6e-14	52.9
LXL04_019422	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	50	294	1.2e-28	100.6
LXL04_019422	`PF23098.2`	Beta-prop_NOL10_N	53	203	8.9e-08	32.4
LXL04_019422	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	59	204	4.4e-22	79.4
LXL04_019422	`PF24814.2`	WD40_Prp19	62	176	7.4e-20	71.9
LXL04_019422	`PF23393.3`	Beta-prop_WDR90_POC16_2nd	70	152	4.2e-09	36.8
LXL04_019422	`PF24805.2`	EIF3I	82	184	2.7e-14	53.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O80775`	拟南芥	WD repeat-containing protein 55	62.117%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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