LXL04_019347 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_019347

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 29406695-29423226 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

13725 bp · LXL04_019347|LXL04_019347|OH1004|cDNA

ATGAGCAGCAGCAGAATAAGAAACTTCCGTCGTCGATCAGAGGACGACGACAATGAGGATGAAGATAAAGAAAAAACAACCACCCCTgccgccaccaccaccatcagCAAAAAACAACAATCAAAGCCTGCCACAGCCACTCCAAAACCTAAGAAACCTAGTCTCCTTAGCTTTGCCGATGACGAATCTACGGACTTCATTACTCCAATCACTCGAAGCGCCCTTCTAATCCAATTAAACAACCTACCAATTATTGACGA...

CDS

下载 CDS FASTA

13725 bp · LXL04_019347|LXL04_019347|OH1004|CDS

ATGAGCAGCAGCAGAATAAGAAACTTCCGTCGTCGATCAGAGGACGACGACAATGAGGATGAAGATAAAGAAAAAACAACCACCCCTGCCGCCACCACCACCATCAGCAAAAAACAACAATCAAAGCCTGCCACAGCCACTCCAAAACCTAAGAAACCTAGTCTCCTTAGCTTTGCCGATGACGAATCTACGGACTTCATTACTCCAATCACTCGAAGCGCCCTTCTAATCCAATTAAACAACCTACCAATTATTGACGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

4574 aa · LXL04_019347|LXL04_019347|OH1004|PROTEIN

MSSSRIRNFRRRSEDDDNEDEDKEKTTTPAATTTISKKQQSKPATATPKPKKPSLLSFADDESTDFITPITRSALLIQLNNLPIIDDSLTNTKEGDEESDRDETMNRLGSIRLGGKIGKGGNLGGGVIPDQAMIDAIRAKRERLRQSRGAALDFIALDGGSNHGEAEGLSDEEPEFQGRIALIGEKGDAKKGVFEDVVDVSNATFRKENVGNDSDDGVEDEEDEEDKMWEEEQFRKGLGKRIDEGVAVRGVNSSTIPTIV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_019347`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_019347

位置 Chr04:29406695-29423226 (+)

描述 Similar to ILP1: Transcriptional repressor ILP1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g08550`	转录阻遏蛋白通过控制 A 型细胞周期蛋白表达来调节核内复制。	Increased level of polyploidy1, a conserved repressor of CYCLINA2 transcription, controls endoreduplication in Arabidopsis.2006 · DOI: 10.1105/tpc.106.043869

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_019347 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0042023 DNA endoreduplication 生物过程

GO:0045892 negative regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0003677 DNA binding 分子功能

GO:0030371 translation repressor activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G08550

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.664

排名 1 · LXL04_019347 · OH-1004

细胞质0.426

排名 2 · LXL04_019347 · OH-1004

线粒体0.030

排名 3 · LXL04_019347 · OH-1004

细胞膜0.022

排名 4 · LXL04_019347 · OH-1004

内质网0.021

排名 5 · LXL04_019347 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF15458.12NTR2127-242 aa

PF15458.12NTR2460-661 aa

PF15458.12NTR2816-936 aa

PF15458.12NTR21153-1351 aa

PF15377.12DUF46041438-1503 aa

PF15458.12NTR21570-1776 aa

PF15458.12NTR21989-2190 aa

PF15458.12NTR22456-2591 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_019347	`PF15458.12`	NTR2	127	242	7e-67	226.2
LXL04_019347	`PF15458.12`	NTR2	460	661	7e-67	226.2
LXL04_019347	`PF15458.12`	NTR2	816	936	7e-67	226.2
LXL04_019347	`PF15458.12`	NTR2	1153	1351	7e-67	226.2
LXL04_019347	`PF15377.12`	DUF4604	1438	1503	7.9e-11	43.4
LXL04_019347	`PF15458.12`	NTR2	1570	1776	7e-67	226.2
LXL04_019347	`PF15458.12`	NTR2	1989	2190	7e-67	226.2
LXL04_019347	`PF15458.12`	NTR2	2456	2591	7e-67	226.2
LXL04_019347	`PF15458.12`	NTR2	2808	3010	7e-67	226.2
LXL04_019347	`PF15377.12`	DUF4604	3093	3158	7.9e-11	43.4
LXL04_019347	`PF15458.12`	NTR2	3226	3427	7e-67	226.2
LXL04_019347	`PF15458.12`	NTR2	3693	3830	7e-67	226.2
LXL04_019347	`PF15458.12`	NTR2	4045	4161	7e-67	226.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FNN3`	拟南芥	Transcriptional repressor ILP1	44.868%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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