LXL04_019314 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_019314

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 28692388-28695608 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1875 bp · LXL04_019314|LXL04_019314|OH1004|cDNA

ATGCTTCTCAAAGCATCACCGCCGGCGTTACCTATAAATTTCAAATTTAGCTTCAACACCGTCTCAAACTCGACATTACCTTCTTTCTGCAATTGCGGTGTTTCCGGCGAATTTGGGGTCGGTGGCACGAAATCTGGAAGAAGAGGGATAGTAGCGGTCGGAGCAGGATATACTAAGAGGCCACTGGAAACTCCAGGAGCGTATGAGCTTGTTGACGAGGACAGTGGGGATAAGTTTATCGTTTGGGGAGGAACTGATGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1875 bp · LXL04_019314|LXL04_019314|OH1004|CDS

ATGCTTCTCAAAGCATCACCGCCGGCGTTACCTATAAATTTCAAATTTAGCTTCAACACCGTCTCAAACTCGACATTACCTTCTTTCTGCAATTGCGGTGTTTCCGGCGAATTTGGGGTCGGTGGCACGAAATCTGGAAGAAGAGGGATAGTAGCGGTCGGAGCAGGATATACTAAGAGGCCACTGGAAACTCCAGGAGCGTATGAGCTTGTTGACGAGGACAGTGGGGATAAGTTTATCGTTTGGGGAGGAACTGATGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

624 aa · LXL04_019314|LXL04_019314|OH1004|PROTEIN

MLLKASPPALPINFKFSFNTVSNSTLPSFCNCGVSGEFGVGGTKSGRRGIVAVGAGYTKRPLETPGAYELVDEDSGDKFIVWGGTDDDDYQAPIPSKEVLHWEPSKKNNKDNINNLETNSTEGARMNNSDDGTTRPKVSSKGVKVSRSFDRLRAVKVRDPIRVSSSLEKDQHDNVQEETLSTKQNRSKSLKDDDVSKLDRELEAPSMNVSNKLRKSNAASDFFSRKSFKTLGCTDYMLQFLNSQLLAYPSHIQAMSFPHV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_019314`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_019314

位置 Chr04:28692388-28695608 (-)

描述 Similar to Os03g0108600: DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 50

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g06980`	可能参与对生物和非生物胁迫的抗性。	暂无已核实直接文献
`At4g09730`	DEAD-box ATP依赖的RNA解旋酶39。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0108600`	可能参与对生物和非生物胁迫的抗性。	暂无已核实直接文献
`Os01g0184500`	DEAD-box ATP依赖的RNA解旋酶39。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_019314 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000184 nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay 生物过程

GO:0006364 rRNA processing 生物过程

GO:0006968 cellular defense response 生物过程

GO:0050832 defense response to fungus 生物过程

GO:0071369 cellular response to ethylene stimulus 生物过程

GO:0071395 cellular response to jasmonic acid stimulus 生物过程

GO:0071446 cellular response to salicylic acid stimulus 生物过程

GO:0110102 ribulose bisphosphate carboxylase complex assembly 生物过程

GO:1901259 chloroplast rRNA processing 生物过程

GO:1902775 mitochondrial large ribosomal subunit assembly 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G06980

ath:AT4G09730

dosa:Os01g0184500

dosa:Os03g0108600

ecu:ECU08_1080

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.925

排名 1 · LXL04_019314 · OH-1004

细胞核0.056

排名 2 · LXL04_019314 · OH-1004

线粒体0.052

排名 3 · LXL04_019314 · OH-1004

细胞质0.025

排名 4 · LXL04_019314 · OH-1004

过氧化物酶体0.013

排名 5 · LXL04_019314 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00270.36DEAD251-421 aa

PF00271.38Helicase_C474-584 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_019314	`PF00270.36`	DEAD	251	421	5.8e-34	118.0
LXL04_019314	`PF00271.38`	Helicase_C	474	584	9.8e-25	87.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8GUG7`	拟南芥	DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 50	68.281%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q56X76`	拟南芥	DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 39	33.333%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q0DVX2`	水稻	DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 50	53.420%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q5VRY0`	水稻	DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 39	32.763%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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