LXL04_019285 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_019285

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 28141935-28145588 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1692 bp · LXL04_019285|LXL04_019285|OH1004|cDNA

ATGGGGTTAGGCTTACTAACTTCACCAGCTCTTCGATCATCTTCATCTAGGTTTGTATCAGCAAACGCTAGATGCATTCTCATCAGAACCATCTTCTCTACACACGAGCTCAGCAAACCAGTAGCTCTCAGTTCAGAGGTTGAATTGGGCGTTGGTAAATTAGCTGGAGCTAACCTATTCATCTCCGGTAATAGGCCTATGCGTCTGTTCAAGGCGGAGAAGTCGCAGAGACCAAATTCTTCTATCCTAGTGGCATTACT...

CDS

下载 CDS FASTA

1692 bp · LXL04_019285|LXL04_019285|OH1004|CDS

ATGGGGTTAGGCTTACTAACTTCACCAGCTCTTCGATCATCTTCATCTAGGTTTGTATCAGCAAACGCTAGATGCATTCTCATCAGAACCATCTTCTCTACACACGAGCTCAGCAAACCAGTAGCTCTCAGTTCAGAGGTTGAATTGGGCGTTGGTAAATTAGCTGGAGCTAACCTATTCATCTCCGGTAATAGGCCTATGCGTCTGTTCAAGGCGGAGAAGTCGCAGAGACCAAATTCTTCTATCCTAGTGGCATTACT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

563 aa · LXL04_019285|LXL04_019285|OH1004|PROTEIN

MGLGLLTSPALRSSSSRFVSANARCILIRTIFSTHELSKPVALSSEVELGVGKLAGANLFISGNRPMRLFKAEKSQRPNSSILVALLPALFLGLNSTPAMAEDSSSETDLGGLTKIEDGSVVSNIHTSKWRIFTDNGRDLFLQGKLEDAERLFVGALEEAKEGFGERDPHVASACNNLAELYRVKKAFDKAEPLYLEAISILEESYGHDDIRVGAALHNLGQFYLIQNELDRARACYERALKIKKRVLGENHAEYAETMY...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_019285`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`LXL04_019285`
位置	Chr04:28141935-28145588 (+)
描述	Similar to Klc3: Kinesin light chain 3
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_019285` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0007018 microtubule-based movement 生物过程 GO:0007283 spermatogenesis 生物过程 GO:0007286 spermatid development 生物过程 GO:0009116 nucleoside metabolic process 生物过程 GO:0120317 sperm mitochondrial sheath assembly 生物过程 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 GO:0005739 mitochondrion 细胞组分 GO:0005871 kinesin complex 细胞组分 GO:0005874 microtubule 细胞组分 GO:0031514 motile cilium 细胞组分 GO:0035253 ciliary rootlet 细胞组分 GO:0003777 microtubule motor activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用	hsa:89953 rno:171549 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.873

排名 1 · LXL04_019285 · OH-1004

线粒体0.133

排名 2 · LXL04_019285 · OH-1004

细胞质0.045

排名 3 · LXL04_019285 · OH-1004

细胞核0.038

排名 4 · LXL04_019285 · OH-1004

过氧化物酶体0.021

排名 5 · LXL04_019285 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13432.13TPR_16135-199 aa

PF13424.13TPR_12136-204 aa

PF24885.2TPR_NPHP3136-247 aa

PF13374.13TPR_10171-210 aa

PF13424.13TPR_12174-245 aa

PF13424.13TPR_12214-288 aa

PF17874.8TPR_MalT214-471 aa

PF13374.13TPR_10215-253 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_019285	`PF13432.13`	TPR_16	135	199	1.3e-08	35.8
LXL04_019285	`PF13424.13`	TPR_12	136	204	6.3e-38	129.5
LXL04_019285	`PF24885.2`	TPR_NPHP3	136	247	2.6e-18	67.0
LXL04_019285	`PF13374.13`	TPR_10	171	210	1.3e-33	114.7
LXL04_019285	`PF13424.13`	TPR_12	174	245	6.3e-38	129.5
LXL04_019285	`PF13424.13`	TPR_12	214	288	6.3e-38	129.5
LXL04_019285	`PF17874.8`	TPR_MalT	214	471	1.1e-15	58.5
LXL04_019285	`PF13374.13`	TPR_10	215	253	1.3e-33	114.7
LXL04_019285	`PF07719.24`	TPR_2	215	244	2.4e-12	46.6
LXL04_019285	`PF00515.35`	TPR_1	216	244	1.2e-13	51.0
LXL04_019285	`PF13181.13`	TPR_8	216	245	1.9e-11	43.8
LXL04_019285	`PF13424.13`	TPR_12	341	395	6.3e-38	129.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

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