LXL04_019164 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_019164

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 25114581-25123408 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2649 bp · LXL04_019164|LXL04_019164|OH1004|cDNA

ATGGTTCCCAGAAACAACCAAGCAACGTTAACTTGGAAGAAAATTCCGGGTCTTGAACCCCTAAAATACGAAGAAAATGACCTCCTATGGCGTAGATGTGGTGGCAGCGGTGTCAATGGTGGCCCTGTTCGTTCTTATGGCATTGATTGTTTCGCTTCCGTTTCAATGACAGAGAATAAGAGAGTTGCAGCAACGATAGAACTCACACCCACGGCAGCGCAGCTTATGAAACACCCGCTGGCTATTGTGGCTTTGGTGCC...

CDS

下载 CDS FASTA

2649 bp · LXL04_019164|LXL04_019164|OH1004|CDS

ATGGTTCCCAGAAACAACCAAGCAACGTTAACTTGGAAGAAAATTCCGGGTCTTGAACCCCTAAAATACGAAGAAAATGACCTCCTATGGCGTAGATGTGGTGGCAGCGGTGTCAATGGTGGCCCTGTTCGTTCTTATGGCATTGATTGTTTCGCTTCCGTTTCAATGACAGAGAATAAGAGAGTTGCAGCAACGATAGAACTCACACCCACGGCAGCGCAGCTTATGAAACACCCGCTGGCTATTGTGGCTTTGGTGCC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

882 aa · LXL04_019164|LXL04_019164|OH1004|PROTEIN

MVPRNNQATLTWKKIPGLEPLKYEENDLLWRRCGGSGVNGGPVRSYGIDCFASVSMTENKRVAATIELTPTAAQLMKHPLAIVALVPKEAAVFAAGAVAGAAAKTVTAPLDRIKLIMQTHGLRAGQETAKKSIGFIEAVVSIVKEEGVKGYWKGNLAQVLRILPYSAVQLFAYESYKKLFRGKDGELSVVGRLAAGASAGMTSTFVTYPLDVLRLRMAVDPGYQTMTNVVVRMLKEEGFGSFYRGLVPSLISIAPYVAVN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_019164`
TK1151 ID	TkA05G024800
OH-1004 ID	LXL04_019164
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	91.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_019164

位置 Chr04:25114581-25123408 (+)

描述 Similar to RUS5: Protein root UVB sensitive 5

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g01510`	根部蛋白UVB敏感5。	暂无已核实直接文献
`At3g51870`	转运腺嘌呤核苷酸。	暂无已核实直接文献
`At5g01500`	专门转运腺嘌呤核苷酸。	Identification, expression, and functional analyses of a thylakoid ATP/ADP carrier from Arabidopsis.2007 · DOI: 10.1074/jbc.m609130200

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_019164 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006839 mitochondrial transport 生物过程

GO:0009624 response to nematode 生物过程

GO:0010117 photoprotection 生物过程

GO:0010206 photosystem II repair 生物过程

GO:0015866 ADP transport 生物过程

GO:0015867 ATP transport 生物过程

GO:0034599 cellular response to oxidative stress 生物过程

GO:0051503 adenine nucleotide transport 生物过程

GO:0071277 cellular response to calcium ion 生物过程

GO:1990544 mitochondrial ATP transmembrane transport 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005743 mitochondrial inner membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G51870

ath:AT5G01500

ath:AT5G01510

mmu:229731

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.584

排名 1 · LXL04_019164 · OH-1004

线粒体0.348

排名 2 · LXL04_019164 · OH-1004

细胞质0.032

排名 3 · LXL04_019164 · OH-1004

过氧化物酶体0.022

排名 4 · LXL04_019164 · OH-1004

细胞核0.020

排名 5 · LXL04_019164 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00153.33Mito_carr91-183 aa

PF00153.33Mito_carr186-273 aa

PF00153.33Mito_carr281-363 aa

PF04884.21UVB_sens_prot495-732 aa

PF24160.2UVB_sens_C737-873 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_019164	`PF00153.33`	Mito_carr	91	183	6.7e-73	241.2
LXL04_019164	`PF00153.33`	Mito_carr	186	273	6.7e-73	241.2
LXL04_019164	`PF00153.33`	Mito_carr	281	363	6.7e-73	241.2
LXL04_019164	`PF04884.21`	UVB_sens_prot	495	732	1.1e-64	219.1
LXL04_019164	`PF24160.2`	UVB_sens_C	737	873	2.4e-07	31.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`B6IDH3`	拟南芥	Protein root UVB sensitive 5	56.324%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`O65023`	拟南芥	Probable envelope ADP,ATP carrier protein, chloroplastic	63.990%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9M024`	拟南芥	Thylakoid ADP,ATP carrier protein, chloroplastic	73.394%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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