LXL04_019147 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_019147

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 24687999-24690035 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

960 bp · LXL04_019147|LXL04_019147|OH1004|cDNA

ATGGCCGCCGTGCTATCAAAAACTGGTCACCTCCGTCGTGCTTACCGACTCTTATCTTACACTCGGTCAACACTTCAACTCTCCAATGAAATTCCCAAATCACCTCTCCACCGACCTCTTCCTCAATCGGACTTAGGATCATTTACAAAGCTCCCTAGGTTTCTATCTACCAATGCGAACGCGGCTGGCGGTGACGCTAATACTCAAGCTGATTCAGCATTAAAAGCTACTTCATCAGATTCTCACTCTGATCAGGGAAA...

CDS

下载 CDS FASTA

960 bp · LXL04_019147|LXL04_019147|OH1004|CDS

ATGGCCGCCGTGCTATCAAAAACTGGTCACCTCCGTCGTGCTTACCGACTCTTATCTTACACTCGGTCAACACTTCAACTCTCCAATGAAATTCCCAAATCACCTCTCCACCGACCTCTTCCTCAATCGGACTTAGGATCATTTACAAAGCTCCCTAGGTTTCTATCTACCAATGCGAACGCGGCTGGCGGTGACGCTAATACTCAAGCTGATTCAGCATTAAAAGCTACTTCATCAGATTCTCACTCTGATCAGGGAAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

319 aa · LXL04_019147|LXL04_019147|OH1004|PROTEIN

MAAVLSKTGHLRRAYRLLSYTRSTLQLSNEIPKSPLHRPLPQSDLGSFTKLPRFLSTNANAAGGDANTQADSALKATSSDSHSDQGKQSGDSNQSSEQGKSVRGGPISWLSFLLLIASGAGVIFYYDQEKKRHIEDINTSSTAVKQGPSAGKAAIGGPFNLINHHGKSVTENDFKGKWTLIYFGFTHCPDICPDELQKLAAAIDKIKVKSGIEIVPVFISVDPERDTVEQVGEYVKEFHPKLIGLTGDPEEVKKAARAYR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_019147`
TK1151 ID	TkA05G023190
OH-1004 ID	LXL04_019147
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	99.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 92.929 / OH-1004 57.680 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_019147

位置 Chr04:24687999-24690035 (-)

描述 Similar to HCC1: Protein SCO1 homolog 1, mitochondrial

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g08950`	作为铜伴侣，将铜输送到细胞色素 c 氧化酶亚基 II（COX2）上的 Cu(A) 位点（通过相似性）。	HCC1, the Arabidopsis homologue of the yeast mitochondrial copper chaperone SCO1, is essential for embryonic development.2011 · DOI: 10.1093/jxb/erq269

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_019147 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006878 intracellular copper ion homeostasis 生物过程

GO:0006879 intracellular iron ion homeostasis 生物过程

GO:0006882 intracellular zinc ion homeostasis 生物过程

GO:0006955 immune response 生物过程

GO:0007005 mitochondrion organization 生物过程

GO:0009306 protein secretion 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0010467 gene expression 生物过程

GO:0010608 post-transcriptional regulation of gene expression 生物过程

GO:0016042 lipid catabolic process 生物过程

GO:0033617 mitochondrial respiratory chain complex IV assembly 生物过程

GO:0035264 multicellular organism growth 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G08950

bta:508586

hsa:6341

mmu:52892

spo:2539826

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.963

排名 1 · LXL04_019147 · OH-1004

细胞质0.077

排名 2 · LXL04_019147 · OH-1004

细胞核0.072

排名 3 · LXL04_019147 · OH-1004

细胞膜0.041

排名 4 · LXL04_019147 · OH-1004

内质网0.020

排名 5 · LXL04_019147 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02630.22SCO1-SenC150-308 aa

PF00578.28AhpC-TSA159-265 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_019147	`PF02630.22`	SCO1-SenC	150	308	8e-60	202.0
LXL04_019147	`PF00578.28`	AhpC-TSA	159	265	7.8e-08	33.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8VYP0`	拟南芥	Cytochrome c oxidase assembly factor HCC1	55.917%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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