LXL04_019069 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_019069

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 23075034-23078171 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2808 bp · LXL04_019069|LXL04_019069|OH1004|cDNA

ATGAGAATCGCCGAGATCTCTTCGCCGGATCTCCGCCAGACGCAGTCACAGGATCCGAAATCAGATGTACTTTGCAAACTAGATGCTTTAACAACTGAAATCGAACGCCACTCGCCGGAGTCTCCTTTGAAGGAGTCTGTCCCCGCTGCTCTCCGCCACGGACTGAATCAACTAACTTCACTCGCACCATTCCAGAACTCCGTGAAGCTGCAGATATGGAAGTTGAGTTACCGTTTATGGAACGCATGCGTTGATCTCTT...

CDS

下载 CDS FASTA

2808 bp · LXL04_019069|LXL04_019069|OH1004|CDS

ATGAGAATCGCCGAGATCTCTTCGCCGGATCTCCGCCAGACGCAGTCACAGGATCCGAAATCAGATGTACTTTGCAAACTAGATGCTTTAACAACTGAAATCGAACGCCACTCGCCGGAGTCTCCTTTGAAGGAGTCTGTCCCCGCTGCTCTCCGCCACGGACTGAATCAACTAACTTCACTCGCACCATTCCAGAACTCCGTGAAGCTGCAGATATGGAAGTTGAGTTACCGTTTATGGAACGCATGCGTTGATCTCTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

935 aa · LXL04_019069|LXL04_019069|OH1004|PROTEIN

MRIAEISSPDLRQTQSQDPKSDVLCKLDALTTEIERHSPESPLKESVPAALRHGLNQLTSLAPFQNSVKLQIWKLSYRLWNACVDLFNFVRSSSSKITEEHAKLRQCCADLLFLAIDVSGVPSPYFKCASFFYKTGIIWHELHKYDLASNCFEKATDLTSKVEITNVSDRDERRLLLDLNLARSKTAWEVSDRNLAINLLNRSKRVLFGIGENYMALANQYTNFGKLLLSKNEVSAVNEALKLMNEALELCEQGLRNVKK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_019069`
TK1151 ID	TkA05G016140
OH-1004 ID	LXL04_019069
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	96.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_019069

位置 Chr04:23075034-23078171 (-)

描述 Similar to ZIP4: TPR repeat-containing protein ZIP4

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g48390`	减数分裂染色体分离所需。	Zip4/Spo22 is required for class I CO formation but not for synapsis completion in Arabidopsis thaliana.2007 · DOI: 10.1371/journal.pgen.0030083 Homologous chromosome pairing is completed in crossover defective atzip4 mutant.2008 · DOI: 10.1016/j.bbrc.2008.03.036

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: A2WXU2`	需要形成交叉互换、同源染色体的完整联会以及减数分裂期间二价体的形成。	暂无已核实直接文献
`Os01g0890900`	需要形成交叉互换、同源染色体的完整联会以及减数分裂期间二价体的形成。	ZIP4 in homologous chromosome synapsis and crossover formation in rice meiosis.2012 · DOI: 10.1242/jcs.090993

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_019069 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000712 resolution of meiotic recombination intermediates 生物过程

GO:0006311 meiotic gene conversion 生物过程

GO:0007060 male meiosis chromosome segregation 生物过程

GO:0007129 homologous chromosome pairing at meiosis 生物过程

GO:0007130 synaptonemal complex assembly 生物过程

GO:0007131 reciprocal meiotic recombination 生物过程

GO:0007140 male meiotic nuclear division 生物过程

GO:0007143 female meiotic nuclear division 生物过程

GO:0071139 resolution of DNA recombination intermediates 生物过程

GO:0090173 regulation of synaptonemal complex assembly 生物过程

GO:0000801 central element 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G48390

dosa:Os01g0890800

dosa:Os01g0890900

hsa:56159

osa:4324913

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.733

排名 1 · LXL04_019069 · OH-1004

细胞质0.305

排名 2 · LXL04_019069 · OH-1004

线粒体0.038

排名 3 · LXL04_019069 · OH-1004

细胞膜0.027

排名 4 · LXL04_019069 · OH-1004

内质网0.023

排名 5 · LXL04_019069 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08631.17SPO22186-459 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_019069	`PF08631.17`	SPO22	186	459	6.1e-41	141.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`B0M1H3`	拟南芥	TPR repeat-containing protein ZIP4	56.270%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`A2WXU2`	水稻	TPR repeat-containing protein ZIP4	41.238%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q5N829`	水稻	TPR repeat-containing protein ZIP4	41.133%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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