LXL04_019064 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_019064

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 22941686-22944661 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2556 bp · LXL04_019064|LXL04_019064|OH1004|cDNA

ATGGAGATGGTCGAGCAGAACAACATCAACCTTTACATTCTAATACTATTGTGCATTTTAAACCATATATTATGTGCACAATCCATTCCATCAGAAagcaaaaacatcaaaataaacAAAGAGATGTTAATACACAGGGGGATCATTCTAGACATGGAGTCATGGATAGGGAAGTCCATTCATAGGTGCATTACCATGGCGATATCAGATTTTTATGCTCTTAATCACAATTACAAAACAAGGATAGTTGTTCACACCAG...

CDS

下载 CDS FASTA

2556 bp · LXL04_019064|LXL04_019064|OH1004|CDS

ATGGAGATGGTCGAGCAGAACAACATCAACCTTTACATTCTAATACTATTGTGCATTTTAAACCATATATTATGTGCACAATCCATTCCATCAGAAAGCAAAAACATCAAAATAAACAAAGAGATGTTAATACACAGGGGGATCATTCTAGACATGGAGTCATGGATAGGGAAGTCCATTCATAGGTGCATTACCATGGCGATATCAGATTTTTATGCTCTTAATCACAATTACAAAACAAGGATAGTTGTTCACACCAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

851 aa · LXL04_019064|LXL04_019064|OH1004|PROTEIN

MEMVEQNNINLYILILLCILNHILCAQSIPSESKNIKINKEMLIHRGIILDMESWIGKSIHRCITMAISDFYALNHNYKTRIVVHTRDSKGDLVNALSYAVDDLLKNVKVQAIIGPETHLQSNLLSVFADKENVPIFSFASSSSMNYPYLFKIKGDESTMAESIAALVESYKWRNVIFMYENTDDGREILPYLAKSFQEKNIHISYTSPISTTATRDDVTKELQTLMNFHTSIIIVHMSPLLASKVFLKAKDLRMDKEEY...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_019064`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_019064

位置 Chr04:22941686-22944661 (-)

描述 Similar to GLR1.2: Glutamate receptor 1.2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g48400`	谷氨酸门控受体，可能作为非选择性阳离子通道发挥作用。	暂无已核实直接文献
`At2g29120`	谷氨酸门控受体，可能作为非选择性阳离子通道发挥作用。	暂无已核实直接文献
`At3g07520`	谷氨酸门控受体，可能作为非选择性阳离子通道发挥作用。	Arabidopsis thaliana glutamate receptor ion channel function demonstrated by ion pore transplantation.2008 · DOI: 10.1016/j.jmb.2008.06.076
`At5g48410`	谷氨酸门控受体，可能作为非选择性阳离子通道发挥作用。	暂无已核实直接文献
`At5g27100`	谷氨酸门控受体，可能作为非选择性阳离子通道发挥作用。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_019064 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006816 calcium ion transport 生物过程

GO:0006874 intracellular calcium ion homeostasis 生物过程

GO:0009416 response to light stimulus 生物过程

GO:0019722 calcium-mediated signaling 生物过程

GO:0030003 intracellular monoatomic cation homeostasis 生物过程

GO:0071230 cellular response to amino acid stimulus 生物过程

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0005261 monoatomic cation channel activity 分子功能

GO:0005262 calcium channel activity 分子功能

GO:0008066 glutamate receptor activity 分子功能

GO:0015276 ligand-gated monoatomic ion channel activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G29120

ath:AT3G07520

ath:AT5G27100

ath:AT5G48400

ath:AT5G48410

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.831

排名 1 · LXL04_019064 · OH-1004

内质网0.074

排名 2 · LXL04_019064 · OH-1004

细胞质0.066

排名 3 · LXL04_019064 · OH-1004

溶酶体／液泡0.033

排名 4 · LXL04_019064 · OH-1004

细胞核0.030

排名 5 · LXL04_019064 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13458.13Peripla_BP_656-369 aa

PF01094.35ANF_receptor63-384 aa

PF00497.26SBP_bac_3472-774 aa

PF10613.15Lig_chan-Glu_bd500-550 aa

PF00060.33Lig_chan566-806 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_019064	`PF13458.13`	Peripla_BP_6	56	369	5e-12	46.8
LXL04_019064	`PF01094.35`	ANF_receptor	63	384	1.2e-63	216.0
LXL04_019064	`PF00497.26`	SBP_bac_3	472	774	1e-12	48.6
LXL04_019064	`PF10613.15`	Lig_chan-Glu_bd	500	550	3.3e-06	27.9
LXL04_019064	`PF00060.33`	Lig_chan	566	806	7.6e-20	71.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LV72`	拟南芥	Glutamate receptor 1.2	34.934%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q8LGN0`	拟南芥	Glutamate receptor 2.7	35.662%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q8LGN1`	拟南芥	Glutamate receptor 1.4	36.181%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FH75`	拟南芥	Glutamate receptor 1.3	34.950%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`O04660`	拟南芥	Glutamate receptor 2.1	32.579%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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