LXL04_019033 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_019033

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 22397432-22402957 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3246 bp · LXL04_019033|LXL04_019033|OH1004|cDNA

ATGGAAGGTGTGGCAGAAGTTCTACTTCCATTTTCAATAGAAAGGTTGCTCGAAGAGATATGTCTCCAGAAGGGTCTAGAGATGCCGGACGTTGCTGCTCGGAAGACTCTTTCGAGAATCAGCGAAGAGTCTGCCATTGATGTAATGAAAAGAGTAAGTTCGACTAGAACACCGATATATAACTTGAGTGGATACATTGTTCATTTGGTGAACAGACACGGATCAGTGGCTTCTACTTCTGCTCGCGGTGATGTTGAGAG...

CDS

下载 CDS FASTA

3246 bp · LXL04_019033|LXL04_019033|OH1004|CDS

ATGGAAGGTGTGGCAGAAGTTCTACTTCCATTTTCAATAGAAAGGTTGCTCGAAGAGATATGTCTCCAGAAGGGTCTAGAGATGCCGGACGTTGCTGCTCGGAAGACTCTTTCGAGAATCAGCGAAGAGTCTGCCATTGATGTAATGAAAAGAGTAAGTTCGACTAGAACACCGATATATAACTTGAGTGGATACATTGTTCATTTGGTGAACAGACACGGATCAGTGGCTTCTACTTCTGCTCGCGGTGATGTTGAGAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1081 aa · LXL04_019033|LXL04_019033|OH1004|PROTEIN

MEGVAEVLLPFSIERLLEEICLQKGLEMPDVAARKTLSRISEESAIDVMKRVSSTRTPIYNLSGYIVHLVNRHGSVASTSARGDVESMRLSSPYPSSPSSSASSTPRRTAYYDSPSSKQFFESPCSCKSASPVIPQYRAPTNGSHGSPVQEHTSSFSCSSLKGALPNYWPSVDQPTTSPTSSSKGTNPNHVSQRYSGPENSSQTDSPSYYISDQALVLSGLEFRRLFMVHSYIGSKKLEDALSLKDAVEIDSMKTMTMFE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_019033`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_019033

位置 Chr04:22397432-22402957 (+)

描述 Similar to RDR3: Probable RNA-dependent RNA polymerase 3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g19910`	可能参与RNA沉默途径，并且对小干扰RNA（siRNA）的生成是必需的。	暂无已核实直接文献
`At2g19930`	可能参与RNA沉默途径，并且对小干扰RNA（siRNA）的生成是必需的。	暂无已核实直接文献
`At2g19920`	可能参与RNA沉默途径，并且对小干扰RNA（siRNA）的生成是必需的。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0197900`	可能参与RNA沉默途径，并且对小干扰RNA（siRNA）的生成是必需的。	暂无已核实直接文献
`Os01g0198000`	可能参与RNA沉默途径，并且对小干扰RNA（siRNA）的生成是必需的。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_019033 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0030422 siRNA processing 生物过程

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0031380 nuclear RNA-directed RNA polymerase complex 细胞组分

GO:0003723 RNA binding 分子功能

GO:0003968 RNA-directed RNA polymerase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G19910

ath:AT2G19920

ath:AT2G19930

dosa:Os01g0197900

dosa:Os01g0198000

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.763

排名 1 · LXL04_019033 · OH-1004

细胞质0.243

排名 2 · LXL04_019033 · OH-1004

细胞膜0.055

排名 3 · LXL04_019033 · OH-1004

线粒体0.032

排名 4 · LXL04_019033 · OH-1004

内质网0.029

排名 5 · LXL04_019033 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF26249.14HB_RdRP3_N6-76 aa

PF26252.1RdRP_helical219-285 aa

PF05183.18RdRP304-933 aa

PF26253.1RdRP_head982-1061 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_019033	`PF26249.1`	4HB_RdRP3_N	6	76	6.1e-10	39.9
LXL04_019033	`PF26252.1`	RdRP_helical	219	285	6.2e-08	33.3
LXL04_019033	`PF05183.18`	RdRP	304	933	4e-102	343.5
LXL04_019033	`PF26253.1`	RdRP_head	982	1061	2.5e-13	51.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O82190`	拟南芥	Probable RNA-dependent RNA polymerase 3	41.743%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`O82188`	拟南芥	Probable RNA-dependent RNA polymerase 5	47.381%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`O82189`	拟南芥	Probable RNA-dependent RNA polymerase 4	45.620%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q5QMN5`	水稻	Probable RNA-dependent RNA polymerase 3	38.079%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q5QMN4`	水稻	Probable RNA-dependent RNA polymerase 4	38.185%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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