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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_018977
当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 20870116-20872524 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1824 bp · LXL04_018977|LXL04_018977|OH1004|cDNA

ATGGGAGAATACAGTAAAGAAAGGTTAAATTCCGTCGTCATCAAGAAGCACCGAAATGGTCCAATCACAAGCAAGTCAAAGATCCAAGCATCCACCACCATGGAAACGCATCTTCACGAAAAGGTCCAATCCGGTACAGATTCAGCTGTCGTGAGTTCACGAACCCAATCACGCTGCGACATTTGTATGGAAGAAAACAACAACAGTTGCCAAACAGTTCGATCGAGAACCAAACTAATGAAGATCTTAATCGAAAGAAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1824 bp · LXL04_018977|LXL04_018977|OH1004|CDS

ATGGGAGAATACAGTAAAGAAAGGTTAAATTCCGTCGTCATCAAGAAGCACCGAAATGGTCCAATCACAAGCAAGTCAAAGATCCAAGCATCCACCACCATGGAAACGCATCTTCACGAAAAGGTCCAATCCGGTACAGATTCAGCTGTCGTGAGTTCACGAACCCAATCACGCTGCGACATTTGTATGGAAGAAAACAACAACAGTTGCCAAACAGTTCGATCGAGAACCAAACTAATGAAGATCTTAATCGAAAGAAA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

607 aa · LXL04_018977|LXL04_018977|OH1004|PROTEIN

MGEYSKERLNSVVIKKHRNGPITSKSKIQASTTMETHLHEKVQSGTDSAVVSSRTQSRCDICMEENNNSCQTVRSRTKLMKILIERKKPQEVQSIMKDLIDDGHIPTLVTYTTLLAALTLQKRFNSIPSLLSKVESNGLKPDSIFFNAIINAFSESGNIKEAMKMYKKMKDSGCKPTTSTLNTLIKGLGIIGKPEECLKLLEIMSIEEKVKPNDRTFNIITQAWCSKRNITEAWNVVDKMVVYGIKPDVVTYNTIAKAYA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_018977
TK1151 IDTkA05G006960
OH-1004 IDLXL04_018977
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)99.800
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_018977
位置Chr04:20870116-20872524 (+)
描述Similar to ATC401: Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g21222
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g21222 含五重复肽序列蛋白 At5g21222。 暂无已核实直接文献
At5g25630 含五重复肽的蛋白 At5g25630。 暂无已核实直接文献
At1g62930 含有五百四十肽重复的蛋白 At1g62930，叶绿体。 暂无已核实直接文献
At1g63130 含五十二肽重复的线粒体蛋白At1g63130。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
UniProt: Q76C99 降低与细胞质雄性不育(CMS)相关的线粒体基因ORF79的表达，该基因编码一种细胞毒性肽。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018977 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0009536 plastid 细胞组分
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
GO:0004672 protein kinase activity 分子功能
GO:0005524 ATP binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G62930
ath:AT5G21222
ath:AT5G25630
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.637
排名 1 · LXL04_018977 · OH-1004
线粒体0.245
排名 2 · LXL04_018977 · OH-1004
细胞核0.061
排名 3 · LXL04_018977 · OH-1004
细胞质0.028
排名 4 · LXL04_018977 · OH-1004
细胞膜0.011
排名 5 · LXL04_018977 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF29070.1MSC6_N77-168 aa
PF13812.13PPR_394-153 aa
PF13812.13PPR_3129-187 aa
PF23276.3TPR_24134-186 aa
PF12854.14PPR_1137-170 aa
PF13041.13PPR_2141-188 aa
PF01535.27PPR146-174 aa
PF17177.11PPR_long146-247 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_018977PF29070.1MSC6_N771681.4e-28100.8
LXL04_018977PF13812.13PPR_3941536.2e-61203.1
LXL04_018977PF13812.13PPR_31291876.2e-61203.1
LXL04_018977PF23276.3TPR_241341866.9e-29101.1
LXL04_018977PF12854.14PPR_11371702.3e-73242.3
LXL04_018977PF13041.13PPR_21411881.5e-87288.2
LXL04_018977PF01535.27PPR1461743.6e-61200.0
LXL04_018977PF17177.11PPR_long1462478.3e-34117.5
LXL04_018977PF29070.1MSC6_N1462371.4e-28100.8
LXL04_018977PF12854.14PPR_11732042.3e-73242.3
LXL04_018977PF13041.13PPR_21762251.5e-87288.2
LXL04_018977PF23276.3TPR_241842706.9e-29101.1
LXL04_018977PF12854.14PPR_12102412.3e-73242.3
LXL04_018977PF13041.13PPR_22122601.5e-87288.2
LXL04_018977PF17177.11PPR_long2293038.3e-34117.5
LXL04_018977PF13812.13PPR_32362856.2e-61203.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q8S9D1拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g2122262.931%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q8GZ63拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g2563055.814%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q9LQ14拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g62930, chloroplastic28.910%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q9CAN0拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g63130, mitochondrial27.115%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q76C99水稻Protein Rf1, mitochondrial28.037%Swiss-Prot低置信数据库同源证据

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