LXL04_018896 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_018896

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 19798110-19799763 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

735 bp · LXL04_018896|LXL04_018896|OH1004|cDNA

ATGGCGGAGATGGCGGTCGGCGGCGACGTTCCAACGAATAACACCATATACATCAACAATCTGAACGAGAAAACAAAACTTGATGAGTTAAAGAAATCGCTGCAAGCTGTGTTCTCGCAATTTGGCAAAATCCTGGAGATACTTGCGTTTAAAACCCTAAAACACAAGGGTCAAGCGTGGGTTGTTTTTGAGGACGTTTCATCCGCCACCAGTGCCCTCAAGCAGATGCAGGGCTTTCCATTCTACGACAAACCTATGAG...

CDS

下载 CDS FASTA

735 bp · LXL04_018896|LXL04_018896|OH1004|CDS

ATGGCGGAGATGGCGGTCGGCGGCGACGTTCCAACGAATAACACCATATACATCAACAATCTGAACGAGAAAACAAAACTTGATGAGTTAAAGAAATCGCTGCAAGCTGTGTTCTCGCAATTTGGCAAAATCCTGGAGATACTTGCGTTTAAAACCCTAAAACACAAGGGTCAAGCGTGGGTTGTTTTTGAGGACGTTTCATCCGCCACCAGTGCCCTCAAGCAGATGCAGGGCTTTCCATTCTACGACAAACCTATGAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

244 aa · LXL04_018896|LXL04_018896|OH1004|PROTEIN

MAEMAVGGDVPTNNTIYINNLNEKTKLDELKKSLQAVFSQFGKILEILAFKTLKHKGQAWVVFEDVSSATSALKQMQGFPFYDKPMRIQYAKTKSDVIAKSDGTFVPRERRKRHEEKGKKRKGQHDGNQAAVVNQGYAGAYGGPPPLSQLPYMGGGAKSGMPEAPAPPNSILFVQKLPHQTSSMMLQMLFGQHQGFKEVRMVEAKPGIAFIEYGDEMQATVAMHSLQGFKINPDSPMLITYAKK

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_018896`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_018896

位置 Chr04:19798110-19799763 (-)

描述 Similar to U1A: U1 small nuclear ribonucleoprotein A

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g47580`	参与核前mRNA剪接（通过相似性推测）。	暂无已核实直接文献
`At2g30260`	参与细胞核预mRNA剪接。	暂无已核实直接文献
`At1g06960`	参与细胞核预mRNA剪接。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os05g0154800`	参与细胞核预mRNA剪接。	暂无已核实直接文献
`UniProt: A2Y0J7`	参与细胞核预mRNA剪接。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018896 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000354 cis assembly of pre-catalytic spliceosome 生物过程

GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome 生物过程

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0008380 RNA splicing 生物过程

GO:0009631 cold acclimation 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

GO:0005681 spliceosomal complex 细胞组分

GO:0005685 U1 snRNP 细胞组分

GO:0005686 U2 snRNP 细胞组分

GO:0005730 nucleolus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G06960

ath:AT2G30260

ath:AT2G47580

dosa:Os05g0154800

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.845

排名 1 · LXL04_018896 · OH-1004

细胞质0.354

排名 2 · LXL04_018896 · OH-1004

细胞膜0.043

排名 3 · LXL04_018896 · OH-1004

线粒体0.027

排名 4 · LXL04_018896 · OH-1004

内质网0.025

排名 5 · LXL04_018896 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00076.29RRM_116-86 aa

PF13893.13RRM_5153-232 aa

PF00076.29RRM_1172-232 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_018896	`PF00076.29`	RRM_1	16	86	3.9e-23	81.8
LXL04_018896	`PF13893.13`	RRM_5	153	232	7.7e-12	45.7
LXL04_018896	`PF00076.29`	RRM_1	172	232	3.9e-23	81.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q39244`	拟南芥	U1 small nuclear ribonucleoprotein A	71.074%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`O22922`	拟南芥	U2 small nuclear ribonucleoprotein B''	53.333%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8H1S6`	拟南芥	U2 small nuclear ribonucleoprotein B'' 2	50.628%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q0DKM4`	水稻	U1 small nuclear ribonucleoprotein A	69.880%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`A2Y0J7`	水稻	U1 small nuclear ribonucleoprotein A	69.880%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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