LXL04_018870 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_018870

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 19415780-19423520 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4377 bp · LXL04_018870|LXL04_018870|OH1004|cDNA

ATGATTTCTGTTGGGAGTAGAGATGGTAGGAAGGGGTTAAGTTTGAGGTATGGTGTTGAAGGTGGAGATATGGATTTAGAGGCTGAACTTGAAGAAGGAGAGGCCTGTTTTCAGAACAATAACGACGATGATTCCACAATTGACCCCGATGTTGCTCTCTCTTATATTGATGAGAAACTTCAAGATGTGTTGGGACATTTTCAGAAAGATTTTGAAGGTGGAGTTTCAGCTGAAAATTTGGGGGCAAAGTTTGGGGGATA...

CDS

下载 CDS FASTA

4377 bp · LXL04_018870|LXL04_018870|OH1004|CDS

ATGATTTCTGTTGGGAGTAGAGATGGTAGGAAGGGGTTAAGTTTGAGGTATGGTGTTGAAGGTGGAGATATGGATTTAGAGGCTGAACTTGAAGAAGGAGAGGCCTGTTTTCAGAACAATAACGACGATGATTCCACAATTGACCCCGATGTTGCTCTCTCTTATATTGATGAGAAACTTCAAGATGTGTTGGGACATTTTCAGAAAGATTTTGAAGGTGGAGTTTCAGCTGAAAATTTGGGGGCAAAGTTTGGGGGATA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1458 aa · LXL04_018870|LXL04_018870|OH1004|PROTEIN

MISVGSRDGRKGLSLRYGVEGGDMDLEAELEEGEACFQNNNDDDSTIDPDVALSYIDEKLQDVLGHFQKDFEGGVSAENLGAKFGGYGSFLPAYTRSPACPHPKTPPKIPTNNPSVSPNHMHIEGGRQSLVSISNISQSIKHGSVSTSGATTAPPPPPPPLKMNGKSKQEVHMLFNKNGGDKFASSNGQPVNNFANTCDPKSLKVRIKVGSDNLSTRKNAEIYSGLGLDVSPSSSLEASPVDSDDFCHMPNDSPHEESPT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_018870`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_018870

位置 Chr04:19415780-19423520 (+)

描述 Protein of unknown function

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

当前来源表未检出该物种的同源命中。

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0347300`	在GST拉下来实验中结合组蛋白H3K4me1、H3K4me2和H3K4me3。	暂无已核实直接文献
`Os07g0669800`	转录激活因子，作为籽粒大小的正调控因子。	暂无已核实直接文献
`Os05g0371100`	在GST拉下来实验中结合组蛋白H3K4me1、H3K4me2和H3K4me3。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018870 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0080113 regulation of seed growth 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

GO:0043565 sequence-specific DNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

dosa:Os03g0347300

dosa:Os05g0371100

dosa:Os07g0669800

osa:4344236

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.969

排名 1 · LXL04_018870 · OH-1004

细胞质0.075

排名 2 · LXL04_018870 · OH-1004

细胞膜0.041

排名 3 · LXL04_018870 · OH-1004

内质网0.021

排名 4 · LXL04_018870 · OH-1004

质体0.011

排名 5 · LXL04_018870 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF07496.22zf-CW587-632 aa

PF24756.2THD_CWZF3-5-71198-1457 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_018870	`PF07496.22`	zf-CW	587	632	1.3e-16	61.0
LXL04_018870	`PF24756.2`	THD_CWZF3-5-7	1198	1457	5.1e-76	256.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q0DRX6`	水稻	Cysteine-tryptophan domain-containing zinc finger protein 3	48.889%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`A0A0P0X9Z7`	水稻	Cysteine-tryptophan domain-containing zinc finger protein 7	50.000%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q0DIQ5`	水稻	Cysteine-tryptophan domain-containing zinc finger protein 5	39.245%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情