LXL04_018805 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_018805

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 18474421-18482790 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4002 bp · LXL04_018805|LXL04_018805|OH1004|cDNA

TTGGTCGTTAGGGTTTGTAACCTCTCTATCTCGACTACTCAGCGGAACAAAGAGCAAACGCCGCCGTTCGTCGGAGTAGCTGATCCGAGTGAAAAAATGGCGGACACCAAAGCAGTCACAATTCGAACAAGGAAGTTCATGACAAACAGGCTTCTATCCAGGAAACAATTCGTCATTGATGTGCTCCATCCAGGAAGGCCCAATGTCTCCAAGGCTGAACTCAAGGAGAAGTTGGCTAGGATGTATGAGGTGAAAGATCC...

CDS

下载 CDS FASTA

4002 bp · LXL04_018805|LXL04_018805|OH1004|CDS

TTGGTCGTTAGGGTTTGTAACCTCTCTATCTCGACTACTCAGCGGAACAAAGAGCAAACGCCGCCGTTCGTCGGAGTAGCTGATCCGAGTGAAAAAATGGCGGACACCAAAGCAGTCACAATTCGAACAAGGAAGTTCATGACAAACAGGCTTCTATCCAGGAAACAATTCGTCATTGATGTGCTCCATCCAGGAAGGCCCAATGTCTCCAAGGCTGAACTCAAGGAGAAGTTGGCTAGGATGTATGAGGTGAAAGATCC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1333 aa · LXL04_018805|LXL04_018805|OH1004|PROTEIN

MVVRVCNLSISTTQRNKEQTPPFVGVADPSEKMADTKAVTIRTRKFMTNRLLSRKQFVIDVLHPGRPNVSKAELKEKLARMYEVKDPNGIFVFKFRTHFGGGKSTGFGLIYDSVENAKKYEPKYRLVRNGLDTKVEKSRKQLKERKNRAKKIRDQGWRCCQEEEMSFKTLLVLLNPENIRINTKQKPKKLLILSPPSLQSPIHIPSALFQHIDGLKSSSISTINRSFFTSLPVMLLSSTELSNSEKAVSDITLENCDAVD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_018805`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_018805

位置 Chr04:18474421-18482790 (-)

描述 Similar to IDM1: Increased DNA methylation 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g14980`	组蛋白 H3 乙酰转移酶，在缺乏组蛋白 H3K4 二甲基化或三甲基化的染色质位点结合甲基化 DNA，并催化 H3K18 和 H3K23 乙酰化。	A histone acetyltransferase regulates active DNA demethylation in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1126/science.1219416 Antisilencing role of the RNA-directed DNA methylation pathway and a histone acetyltransferase in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1073/pnas.1208557109 Regulation of active DNA demethylation by an α-crystallin domain protein in Arabidopsis.2014 · DOI: 10.1016/j.molcel.2014.06.008
`At5g28060`	小核糖体亚基蛋白 eS24y。	暂无已核实直接文献
`At3g04920`	小核糖体亚基蛋白 eS24z。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018805 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0002181 cytoplasmic translation 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006412 translation 生物过程

GO:0080188 gene silencing by siRNA-directed DNA methylation 生物过程

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005730 nucleolus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009505 plant-type cell wall 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G04920

ath:AT3G14980

ath:AT5G28060

ddi:DDB_G0275473

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.958

排名 1 · LXL04_018805 · OH-1004

细胞质0.082

排名 2 · LXL04_018805 · OH-1004

细胞膜0.029

排名 3 · LXL04_018805 · OH-1004

内质网0.016

排名 4 · LXL04_018805 · OH-1004

质体0.013

排名 5 · LXL04_018805 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01282.26Ribosomal_S24e39-130 aa

PF22970.3DUF7028641-699 aa

PF16135.11TDBD850-906 aa

PF23209.2IDM1_C1082-1221 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_018805	`PF01282.26`	Ribosomal_S24e	39	130	7.7e-38	129.2
LXL04_018805	`PF22970.3`	DUF7028	641	699	4.8e-06	27.1
LXL04_018805	`PF16135.11`	TDBD	850	906	3.5e-10	40.4
LXL04_018805	`PF23209.2`	IDM1_C	1082	1221	3.1e-59	199.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4IXE7`	拟南芥	Increased DNA methylation 1	37.236%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q8LC83`	拟南芥	Small ribosomal subunit protein eS24y	88.430%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9SS17`	拟南芥	Small ribosomal subunit protein eS24z	90.909%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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