LXL04_018800 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_018800

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 18431899-18434888 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1320 bp · LXL04_018800|LXL04_018800|OH1004|cDNA

ATGGAGGATGATGATTCTACGATTGCGTCGGAAGCCAACAATAAAGAATCCATGGAAGTGGAAGTTGCTCCGGCTCTCATCTCCGTTCATCCTGCTCAGGACTCCGTCGCTGTCGCCGTTGGCTCTGAGCTTCGTGTATTTAATCTCCGAGAAGGTTGCCCTGTAACTTTAGGAGCTGACTCAAATGAAGCATGTCATCATAAGGAATCTATCAGAGCAATTCGCTATGGTGCAAAAGGTAAACTCTTCGTGTCTGCTGG...

CDS

下载 CDS FASTA

1320 bp · LXL04_018800|LXL04_018800|OH1004|CDS

ATGGAGGATGATGATTCTACGATTGCGTCGGAAGCCAACAATAAAGAATCCATGGAAGTGGAAGTTGCTCCGGCTCTCATCTCCGTTCATCCTGCTCAGGACTCCGTCGCTGTCGCCGTTGGCTCTGAGCTTCGTGTATTTAATCTCCGAGAAGGTTGCCCTGTAACTTTAGGAGCTGACTCAAATGAAGCATGTCATCATAAGGAATCTATCAGAGCAATTCGCTATGGTGCAAAAGGTAAACTCTTCGTGTCTGCTGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

439 aa · LXL04_018800|LXL04_018800|OH1004|PROTEIN

MEDDDSTIASEANNKESMEVEVAPALISVHPAQDSVAVAVGSELRVFNLREGCPVTLGADSNEACHHKESIRAIRYGAKGKLFVSAGDDKVVKIWATDSWRCIYSVPTEKKVSAVAISDNGQFVCYADKFGVVWVVELDELNENQTPVQKKGSPLLAHYCSIITSLEFSPDGQFIVTADRDFKIRVSMFPKKPIDGAHEIQSYCLGHTEFVSSLAFIYNQEFPQGYLVSGSGDSTVRLWDFTSGLLLHTCEVGSEVGEQQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_018800`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`LXL04_018800`
位置	Chr04:18431899-18434888 (+)
描述	Similar to wdr4: tRNA (guanine-N(7)-)-methyltransferase non-catalytic subunit wdr4
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_018800` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006400 tRNA modification 生物过程 GO:0006974 DNA damage response 生物过程 GO:0106004 tRNA (guanine-N7)-methylation 生物过程 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005694 chromosome 细胞组分 GO:0005829 cytosol 细胞组分 GO:0043527 tRNA methyltransferase complex 细胞组分 GO:0106143 tRNA (m7G46) methyltransferase complex 细胞组分 GO:0008047 enzyme activator activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用	bta:508051 ddi:DDB_G0281061 xla:380200 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.590

排名 1 · LXL04_018800 · OH-1004

细胞质0.449

排名 2 · LXL04_018800 · OH-1004

线粒体0.062

排名 3 · LXL04_018800 · OH-1004

细胞膜0.052

排名 4 · LXL04_018800 · OH-1004

内质网0.050

排名 5 · LXL04_018800 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23098.2Beta-prop_NOL10_N11-125 aa

PF24796.2WDR5517-125 aa

PF23381.2Beta-prop_IFT122_1st30-258 aa

PF24807.2WD40_CDC20-Fz33-257 aa

PF25174.2Beta-prop_THOC343-251 aa

PF24817.2WD40_WDHD1_1st43-138 aa

PF25168.2Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd43-191 aa

PF24814.2WD40_Prp1965-255 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_018800	`PF23098.2`	Beta-prop_NOL10_N	11	125	7.8e-06	26.0
LXL04_018800	`PF24796.2`	WDR55	17	125	1.3e-10	41.5
LXL04_018800	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	30	258	1.4e-20	74.5
LXL04_018800	`PF24807.2`	WD40_CDC20-Fz	33	257	4e-14	53.3
LXL04_018800	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	43	251	3e-22	79.6
LXL04_018800	`PF24817.2`	WD40_WDHD1_1st	43	138	1.4e-20	74.4
LXL04_018800	`PF25168.2`	Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd	43	191	2.1e-11	44.4
LXL04_018800	`PF24814.2`	WD40_Prp19	65	255	7.8e-15	55.4
LXL04_018800	`PF25172.2`	Beta-prop_WDR3_2nd	65	127	1.8e-11	44.6
LXL04_018800	`PF30361.1`	TRM82_WD	66	147	5e-34	118.6
LXL04_018800	`PF24817.2`	WD40_WDHD1_1st	66	285	1.4e-20	74.4
LXL04_018800	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	66	127	6e-19	69.1
LXL04_018800	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	66	125	2.2e-18	67.3
LXL04_018800	`PF25391.2`	WD40_Gbeta	67	248	7.2e-06	25.9
LXL04_018800	`PF23414.2`	Beta-prop_EML_2	79	219	7.1e-16	59.1
LXL04_018800	`PF25047.1`	Beta-prop_TEP1_2nd	81	245	3.6e-10	40.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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