LXL04_018526 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_018526

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 14271801-14276729 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

840 bp · LXL04_018526|LXL04_018526|OH1004|cDNA

ATGGGTTGGAGCACGTTAGTAATCGTATTAGTAGCAACAACAGTGACATTTACATCGGCGAGGAGAGGAGGGAATCCCGATGTGGCCGCACTTTCCGCCTTTCGCAAGGCCGTAAAGGATCCCAGTAAAGTACTTGAGACTTGGGATTCTGGTCTTACTGATGCATGTACCTGGATTCACATCAAATGCAGCCCAGATAACCACGTTATCCGTGTTTGGAGCACGTTAGTAATCGTATTAGCGGCGGCGTTTACATCGAC...

CDS

下载 CDS FASTA

840 bp · LXL04_018526|LXL04_018526|OH1004|CDS

ATGGGTTGGAGCACGTTAGTAATCGTATTAGTAGCAACAACAGTGACATTTACATCGGCGAGGAGAGGAGGGAATCCCGATGTGGCCGCACTTTCCGCCTTTCGCAAGGCCGTAAAGGATCCCAGTAAAGTACTTGAGACTTGGGATTCTGGTCTTACTGATGCATGTACCTGGATTCACATCAAATGCAGCCCAGATAACCACGTTATCCGTGTTTGGAGCACGTTAGTAATCGTATTAGCGGCGGCGTTTACATCGAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

279 aa · LXL04_018526|LXL04_018526|OH1004|PROTEIN

MGWSTLVIVLVATTVTFTSARRGGNPDVAALSAFRKAVKDPSKVLETWDSGLTDACTWIHIKCSPDNHVIRVWSTLVIVLAAAFTSTVSGNSEGDALYALRRSLSDPDNILQSWDPNLVSPCTWFHITCNQDNHVTRVDLGNSNLTGYLPTELGSLEHLQELYKNKLQGIIPKELGNLKSLVSLDLYENNLSGSIPASLGNLKALIFLRLNNNQLSGRIPRELKGATNLKVVDVSHNNLCGTFPTTGPFAHIPLSNFENN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_018526`
TK1151 ID	TkA08G066500
OH-1004 ID	LXL04_018526
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	70.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_018526

位置 Chr04:14271801-14276729 (+)

描述 Similar to LRR1: Leucine-rich repeat protein 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g21090`	参与植物防御反应。	A novel simple extracellular leucine-rich repeat (eLRR) domain protein from rice (OsLRR1) enters the endosomal pathway and interacts with the hypersensitive-induced reaction protein 1 (OsHIR1).2009 · DOI: 10.1111/j.1365-3040.2009.02039.x
`At3g43740`	可能参与植物防御反应。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0809300`	参与植物防御反应。	A novel simple extracellular leucine-rich repeat (eLRR) domain protein from rice (OsLRR1) enters the endosomal pathway and interacts with the hypersensitive-induced reaction protein 1 (OsHIR1).2009 · DOI: 10.1111/j.1365-3040.2009.02039.x
`UniProt: B8ABC2`	参与植物防御反应。	暂无已核实直接文献
`Os08g0174700`	LRR 受体激酶参与防御反应。	Engineering OsBAK1 gene as a molecular tool to improve rice architecture for high yield.2009 · DOI: 10.1111/j.1467-7652.2009.00444.x A subset of OsSERK genes, including OsBAK1, affects normal growth and leaf development of rice.2011 · DOI: 10.1007/s10059-011-0178-4

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018526 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0009742 brassinosteroid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0031901 early endosome membrane 细胞组分

GO:0031902 late endosome membrane 细胞组分

GO:0004672 protein kinase activity 分子功能

GO:0004675 transmembrane receptor protein serine/threonine kinase activity 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0015026 coreceptor activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G43740

ath:AT5G21090

dosa:Os01g0809300

dosa:Os08g0174700

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.364

排名 1 · LXL04_018526 · OH-1004

细胞外0.297

排名 2 · LXL04_018526 · OH-1004

内质网0.119

排名 3 · LXL04_018526 · OH-1004

细胞质0.102

排名 4 · LXL04_018526 · OH-1004

溶酶体／液泡0.073

排名 5 · LXL04_018526 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08263.18LRRNT_225-64 aa

PF08263.18LRRNT_291-130 aa

PF23598.2LRR_14144-233 aa

PF13855.13LRR_8164-215 aa

PF12799.14LRR_4204-242 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_018526	`PF08263.18`	LRRNT_2	25	64	2.9e-22	79.4
LXL04_018526	`PF08263.18`	LRRNT_2	91	130	2.9e-22	79.4
LXL04_018526	`PF23598.2`	LRR_14	144	233	1e-07	31.8
LXL04_018526	`PF13855.13`	LRR_8	164	215	1.1e-08	35.4
LXL04_018526	`PF12799.14`	LRR_4	204	242	9.5e-10	39.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FPJ5`	拟南芥	Leucine-rich repeat protein 1	73.529%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q6NQP4`	拟南芥	Leucine-rich repeat protein 2	71.078%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q5VQP7`	水稻	Leucine-rich repeat protein 1	72.632%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`B8ABC2`	水稻	Leucine-rich repeat protein 1	72.632%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q6Z4U4`	水稻	LRR receptor kinase BAK1	57.214%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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