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基因概览

LXL04_018444

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 13041174-13043192 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1386 bp · LXL04_018444|LXL04_018444|OH1004|cDNA

ATGGCTTGTAATGGGACCGGATGCCAGTCGGGGGGTTGCTATAAAGACAACGCCGGGGATGAAGAGGAAAAATTGTCGACGGAGAAGAAGTTAAACGGTGACAATTGTGGCGATGGTAATCACACTCGCCACCAGACGCTGTGCTTTAAATGTAAGGCATCCGAAGCCACAATCTTCACCGGCGGCGAAGGTGGCAGTCGATTCTGTGCTGATTGCTTCCGGAGCAACCTTTATGGAAAGTTTAAGCTTGCTGTTACTTC...

CDS

下载 CDS FASTA

1386 bp · LXL04_018444|LXL04_018444|OH1004|CDS

ATGGCTTGTAATGGGACCGGATGCCAGTCGGGGGGTTGCTATAAAGACAACGCCGGGGATGAAGAGGAAAAATTGTCGACGGAGAAGAAGTTAAACGGTGACAATTGTGGCGATGGTAATCACACTCGCCACCAGACGCTGTGCTTTAAATGTAAGGCATCCGAAGCCACAATCTTCACCGGCGGCGAAGGTGGCAGTCGATTCTGTGCTGATTGCTTCCGGAGCAACCTTTATGGAAAGTTTAAGCTTGCTGTTACTTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

461 aa · LXL04_018444|LXL04_018444|OH1004|PROTEIN

MACNGTGCQSGGCYKDNAGDEEEKLSTEKKLNGDNCGDGNHTRHQTLCFKCKASEATIFTGGEGGSRFCADCFRSNLYGKFKLAVTSHAMISPTDKVLVAFSGGTSSRVALQFVSEMQLKSQKNFDATAIRDRSLPVFGVGVAFIDESEIHPIITSTDFNQSIENIKEMVSNLSPPKKNLHLVPISNIYSTKTSDGKDKLKNLINTVNDATGKEDLVTHLRMLSLQKIAIENGYTKLVLGSCTSRIACHVLSATVKGQGY...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_018444`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_018444

位置 Chr04:13041174-13043192 (+)

描述 Similar to CTU2: Cytoplasmic tRNA 2-thiolation protein 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g35910`	在 tRNA 的摇摆位点（tRNA(Lys)、tRNA(Glu) 和 tRNA(Gln)）的 mcm(5)S(2)U 的 2-硫化中起核心作用。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: A2ZM73`	在 tRNA 的摇摆位点（tRNA(Lys)、tRNA(Glu) 和 tRNA(Gln)）的 mcm(5)S(2)U 的 2-硫化中起核心作用。	暂无已核实直接文献
`Os12g0588900`	在 tRNA 的摇摆位点（tRNA(Lys)、tRNA(Glu) 和 tRNA(Gln)）的 mcm(5)S(2)U 的 2-硫化中起核心作用。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018444 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0002098 tRNA wobble uridine modification 生物过程

GO:0002143 tRNA wobble position uridine thiolation 生物过程

GO:0010311 lateral root formation 生物过程

GO:0032447 protein urmylation 生物过程

GO:0034227 tRNA thio-modification 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0032991 protein-containing complex 细胞组分

GO:0000049 tRNA binding 分子功能

GO:0016779 nucleotidyltransferase activity 分子功能

GO:0016783 sulfurtransferase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G35910

dosa:Os12g0588900

dre:445166

hsa:348180

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.573

排名 1 · LXL04_018444 · OH-1004

细胞核0.406

排名 2 · LXL04_018444 · OH-1004

线粒体0.100

排名 3 · LXL04_018444 · OH-1004

细胞膜0.063

排名 4 · LXL04_018444 · OH-1004

内质网0.042

排名 5 · LXL04_018444 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

没有找到该查询的结果。

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O65628`	拟南芥	Cytoplasmic tRNA 2-thiolation protein 2	57.113%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`A2ZM73`	水稻	Cytoplasmic tRNA 2-thiolation protein 2	48.267%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q2QMW0`	水稻	Cytoplasmic tRNA 2-thiolation protein 2	48.020%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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