LXL04_018437 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_018437

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 12938594-12939556 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

825 bp · LXL04_018437|LXL04_018437|OH1004|cDNA

ATGGCTGAGAGAGGCGGAGAACGCGGTGGATTCGGCAGGGGATTTGGTGACCGTGGCAGAGGCCGTGGTGGAGACCGTGGCAGAGGCCGCCGTCGTGGTCCTCGTCAAGCCGAAGAAGAAAAATGGGTTCCTTGCACCAAGCTCGGCCGTCTTGTGAAAGACGGTAGGATCACCAAACTCGAAGAAGTCTACCTTCACTCTCTTCCAATCAAGGAACACCAGATCATCGATCTGATCCTCCCTTCACTCAAGGACGAGGT...

CDS

下载 CDS FASTA

825 bp · LXL04_018437|LXL04_018437|OH1004|CDS

ATGGCTGAGAGAGGCGGAGAACGCGGTGGATTCGGCAGGGGATTTGGTGACCGTGGCAGAGGCCGTGGTGGAGACCGTGGCAGAGGCCGCCGTCGTGGTCCTCGTCAAGCCGAAGAAGAAAAATGGGTTCCTTGCACCAAGCTCGGCCGTCTTGTGAAAGACGGTAGGATCACCAAACTCGAAGAAGTCTACCTTCACTCTCTTCCAATCAAGGAACACCAGATCATCGATCTGATCCTCCCTTCACTCAAGGACGAGGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

274 aa · LXL04_018437|LXL04_018437|OH1004|PROTEIN

MAERGGERGGFGRGFGDRGRGRGGDRGRGRRRGPRQAEEEKWVPCTKLGRLVKDGRITKLEEVYLHSLPIKEHQIIDLILPSLKDEVMKIMPVQKQTRAGQRTRFKAFVVVGDSNGHVGLGVKCSKEVATAIRGAIILAKLSVIPVRRGYWGNKIGKPHTVPCKVTGKCGSVTVRLIPAPRGSGIVAARVPKKVLQMAGIDDVFTSSRGSTKTLGNFVKATFDCLLKTYGFLTPDFWRETRFSKSPFQEYTDLLAKPTTK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_018437`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_018437

位置 Chr04:12938594-12939556 (+)

描述 Similar to RPS2D: 40S ribosomal protein S2-4

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g57490`	小核糖体亚基蛋白 uS5w。	暂无已核实直接文献
`UniProt: Q93VB8`	小核糖体亚基蛋白 uS5y/uS5u/uS5v。	暂无已核实直接文献
`At1g58380`	小核糖体亚基蛋白 uS5z。	暂无已核实直接文献
`At2g41840`	核糖体的组分，核糖核蛋白复合体的一部分，负责细胞内蛋白质的合成。	AtMBD6, a methyl CpG binding domain protein, maintains gene silencing in Arabidopsis by interacting with RNA binding proteins.2017 · DOI: 10.1007/s12038-016-9658-1

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018437 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006412 translation 生物过程

GO:0031047 regulatory ncRNA-mediated gene silencing 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005730 nucleolus 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009505 plant-type cell wall 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0022626 cytosolic ribosome 细胞组分

GO:0022627 cytosolic small ribosomal subunit 细胞组分

GO:0003723 RNA binding 分子功能

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

GO:0003735 structural constituent of ribosome 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G58380

ath:AT1G58684

ath:AT1G58983

ath:AT1G59359

ath:AT2G41840

ath:AT3G57490

ipu:100304556

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.786

排名 1 · LXL04_018437 · OH-1004

细胞核0.257

排名 2 · LXL04_018437 · OH-1004

线粒体0.103

排名 3 · LXL04_018437 · OH-1004

内质网0.063

排名 4 · LXL04_018437 · OH-1004

细胞膜0.024

排名 5 · LXL04_018437 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00333.27Ribosomal_S583-147 aa

PF03719.22Ribosomal_S5_C167-238 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_018437	`PF00333.27`	Ribosomal_S5	83	147	2.5e-30	105.0
LXL04_018437	`PF03719.22`	Ribosomal_S5_C	167	238	8.7e-26	89.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SCM3`	拟南芥	Small ribosomal subunit protein uS5w	88.688%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q93VB8`	拟南芥	Small ribosomal subunit protein uS5y/uS5u/uS5v	84.388%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8L8Y0`	拟南芥	Small ribosomal subunit protein uS5z	84.388%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`P49688`	拟南芥	Small ribosomal subunit protein uS5x	83.122%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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