LXL04_018376 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_018376

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 12264378-12268340 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2715 bp · LXL04_018376|LXL04_018376|OH1004|cDNA

ATGGCATTGACAGAGAAGGACGTTGGTGGAGGGAAAGAGAAGGGTAAAGTTGAAGATAACGGTTTCCTGAAAGCAACAGAACCCTCCTTAAGTATCAGCAATTCTACAACTTCCACTACTCCAATAGAAAAGAGTTATGAAGGGAAAGATGCACTTGGTTATGCCAATGTTCTTCGTTCCAGAAACAAATTCGTGGAAGCTCTTGCTATTTATGAAAGTATACTAGAGAAAGATAAAACCAATGTTGAGGCCCATATTGG...

CDS

下载 CDS FASTA

2715 bp · LXL04_018376|LXL04_018376|OH1004|CDS

ATGGCATTGACAGAGAAGGACGTTGGTGGAGGGAAAGAGAAGGGTAAAGTTGAAGATAACGGTTTCCTGAAAGCAACAGAACCCTCCTTAAGTATCAGCAATTCTACAACTTCCACTACTCCAATAGAAAAGAGTTATGAAGGGAAAGATGCACTTGGTTATGCCAATGTTCTTCGTTCCAGAAACAAATTCGTGGAAGCTCTTGCTATTTATGAAAGTATACTAGAGAAAGATAAAACCAATGTTGAGGCCCATATTGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

904 aa · LXL04_018376|LXL04_018376|OH1004|PROTEIN

MALTEKDVGGGKEKGKVEDNGFLKATEPSLSISNSTTSTTPIEKSYEGKDALGYANVLRSRNKFVEALAIYESILEKDKTNVEAHIGKGICLQMQNMGRQSFESFSEAVKLDPQNACALTHCGILYKDEGRLVEAAESYRKALEADSSYKPAAECLSIVLTDIGTSLKLAGNTQDGIQKYYDAIKIDSHYAPAYYNLGVVYSEMMQYDTALNCYEKAALERPMYAEAYCNMGVIYKNRGDLESAIACYERCLAVSPNFEI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_018376`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_018376

位置 Chr04:12264378-12268340 (+)

描述 Similar to SPY: Probable UDP-N-acetylglucosamine--peptide N-acetylglucosaminyltransferase SPINDLY

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g11540`	可能的O-链接N-乙酰氨基葡萄糖转移酶（OGT），参与各种过程，如赤霉素（GA）信号通路和昼夜节律。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os08g0559300`	可能的O-连接N-乙酰葡萄糖胺转移酶（OGT），参与赤霉素（GA）信号通路等多种过程。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018376 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009736 cytokinin-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009740 gibberellic acid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0009908 flower development 生物过程

GO:0009938 negative regulation of gibberellic acid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0030154 cell differentiation 生物过程

GO:0036066 protein O-linked glycosylation via fucose 生物过程

GO:0048511 rhythmic process 生物过程

GO:2000377 regulation of reactive oxygen species metabolic process 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0016262 protein N-acetylglucosaminyltransferase activity 分子功能

GO:0046922 peptide-O-fucosyltransferase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G11540

dosa:Os08g0559300

sly:543775

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.699

排名 1 · LXL04_018376 · OH-1004

细胞核0.310

排名 2 · LXL04_018376 · OH-1004

线粒体0.069

排名 3 · LXL04_018376 · OH-1004

细胞膜0.063

排名 4 · LXL04_018376 · OH-1004

过氧化物酶体0.055

排名 5 · LXL04_018376 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF29386.1CFAP70_mid_TPR62-152 aa

PF29407.1CFAP70_TPR_C164-246 aa

PF13414.13TPR_11175-203 aa

PF13431.13TPR_17180-211 aa

PF00515.35TPR_1191-217 aa

PF13181.13TPR_8191-218 aa

PF13371.13TPR_9201-260 aa

PF13414.13TPR_11206-237 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_018376	`PF29386.1`	CFAP70_mid_TPR	62	152	1.8e-15	58.1
LXL04_018376	`PF29407.1`	CFAP70_TPR_C	164	246	2e-12	47.9
LXL04_018376	`PF13414.13`	TPR_11	175	203	1.5e-44	150.1
LXL04_018376	`PF13431.13`	TPR_17	180	211	3.5e-35	118.0
LXL04_018376	`PF00515.35`	TPR_1	191	217	3.4e-67	220.4
LXL04_018376	`PF13181.13`	TPR_8	191	218	3.7e-44	145.8
LXL04_018376	`PF13371.13`	TPR_9	201	260	3.3e-17	63.0
LXL04_018376	`PF13414.13`	TPR_11	206	237	1.5e-44	150.1
LXL04_018376	`PF10373.16`	EST1_DNA_bind	210	277	1.5e-13	51.6
LXL04_018376	`PF00515.35`	TPR_1	225	258	3.4e-67	220.4
LXL04_018376	`PF07719.24`	TPR_2	225	257	2.5e-48	158.9
LXL04_018376	`PF13181.13`	TPR_8	225	257	3.7e-44	145.8
LXL04_018376	`PF13424.13`	TPR_12	225	293	4.2e-35	120.5
LXL04_018376	`PF00515.35`	TPR_1	300	333	3.4e-67	220.4
LXL04_018376	`PF00515.35`	TPR_1	334	367	3.4e-67	220.4
LXL04_018376	`PF07719.24`	TPR_2	334	366	2.5e-48	158.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q96301`	拟南芥	Probable UDP-N-acetylglucosamine--peptide N-acetylglucosaminyltransferase SPINDLY	80.247%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q6YZI0`	水稻	Probable UDP-N-acetylglucosamine--peptide N-acetylglucosaminyltransferase SPINDLY	80.167%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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