LXL04_018330 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_018330

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 11734035-11740142 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3357 bp · LXL04_018330|LXL04_018330|OH1004|cDNA

ATGATTCACGTGTATGCAAAAAACGGTTACAACAAAGAAGCATTGGCGGCTTTCAAAAACATGCTAACTGAAGATATTACAATCGATCAACATCTTCTTTGTAGTACATTTTCTGCTTGTGGACCTTTTAAAGCATACAACACAGGAAAATACTTTCATTCATTTATTACAAAGTTGGGATTTGAACAACATGTTTCTGTCATCAATGCACTTACAGACATGTACTGTAAACTAGGAGACATGGATAGTGGTTCAAGATT...

CDS

下载 CDS FASTA

3357 bp · LXL04_018330|LXL04_018330|OH1004|CDS

ATGATTCACGTGTATGCAAAAAACGGTTACAACAAAGAAGCATTGGCGGCTTTCAAAAACATGCTAACTGAAGATATTACAATCGATCAACATCTTCTTTGTAGTACATTTTCTGCTTGTGGACCTTTTAAAGCATACAACACAGGAAAATACTTTCATTCATTTATTACAAAGTTGGGATTTGAACAACATGTTTCTGTCATCAATGCACTTACAGACATGTACTGTAAACTAGGAGACATGGATAGTGGTTCAAGATT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1118 aa · LXL04_018330|LXL04_018330|OH1004|PROTEIN

MIHVYAKNGYNKEALAAFKNMLTEDITIDQHLLCSTFSACGPFKAYNTGKYFHSFITKLGFEQHVSVINALTDMYCKLGDMDSGSRFLNINSTGTNTITSIISYTSLIDGYVESDQIEKAFTIFIELKRQKVEPNEFTFSSLIKSCANHATLEQGVQLHALVLKHNLDQDPFVSSIIVDISGKLKETEIFIKNIPFEPNNYAWCSFLASCRKYNDKERGVLASKHLKILDPQNSGAHILLSNIYAKEQEWEHVRGVRKTM...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_018330`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_018330

位置 Chr04:11734035-11740142 (-)

描述 Similar to PCMP-H42: Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g13650

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g13650`	含五重复肽基序蛋白 At4g13650。	暂无已核实直接文献
`At4g33170`	含五肽重复序列的蛋白 At4g33170。	暂无已核实直接文献
`At3g02010`	推定含有五重复肽重复的蛋白质 At2g01510。	暂无已核实直接文献
`At4g14850`	作为类异戊二烯生物合成的调节因子。	Lovastatin insensitive 1, a Novel pentatricopeptide repeat protein, is a potential regulatory factor of isoprenoid biosynthesis in Arabidopsis.2007 · DOI: 10.1093/pcp/pcm005
`At2g27610`	含五聚蛋白重复序列蛋白 At2g27610。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018330 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009451 RNA modification 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G13650

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.504

排名 1 · LXL04_018330 · OH-1004

细胞质0.269

排名 2 · LXL04_018330 · OH-1004

质体0.104

排名 3 · LXL04_018330 · OH-1004

细胞核0.088

排名 4 · LXL04_018330 · OH-1004

过氧化物酶体0.045

排名 5 · LXL04_018330 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13041.13PPR_2100-148 aa

PF13812.13PPR_3100-148 aa

PF01535.27PPR102-130 aa

PF20431.5E_motif213-275 aa

PF14432.13DYW_deaminase311-399 aa

PF13041.13PPR_2503-550 aa

PF01535.27PPR505-530 aa

PF13041.13PPR_2604-640 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_018330	`PF13041.13`	PPR_2	100	148	3e-74	245.7
LXL04_018330	`PF13812.13`	PPR_3	100	148	8.4e-32	109.8
LXL04_018330	`PF01535.27`	PPR	102	130	9e-65	211.2
LXL04_018330	`PF20431.5`	E_motif	213	275	9.9e-43	145.0
LXL04_018330	`PF14432.13`	DYW_deaminase	311	399	3.4e-67	223.0
LXL04_018330	`PF13041.13`	PPR_2	503	550	3e-74	245.7
LXL04_018330	`PF01535.27`	PPR	505	530	9e-65	211.2
LXL04_018330	`PF13041.13`	PPR_2	604	640	3e-74	245.7
LXL04_018330	`PF12854.14`	PPR_1	604	631	3.4e-36	123.4
LXL04_018330	`PF01535.27`	PPR	606	635	9e-65	211.2
LXL04_018330	`PF13812.13`	PPR_3	709	758	8.4e-32	109.8
LXL04_018330	`PF13041.13`	PPR_2	710	758	3e-74	245.7
LXL04_018330	`PF01535.27`	PPR	712	740	9e-65	211.2
LXL04_018330	`PF29070.1`	MSC6_N	806	908	6.7e-16	59.1
LXL04_018330	`PF13041.13`	PPR_2	811	858	3e-74	245.7
LXL04_018330	`PF13812.13`	PPR_3	811	857	8.4e-32	109.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SVP7`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g13650	36.788%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SMZ2`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g33170	37.130%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9S7F4`	拟南芥	Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At2g01510	36.707%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q0WSH6`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g14850	36.257%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9ZUW3`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g27610	35.270%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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