LXL04_018325 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_018325

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 11649380-11652545 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1695 bp · LXL04_018325|LXL04_018325|OH1004|cDNA

ATGACACCAAAATGTGAGGCTCACAAATATCGCCACAATCCTTCAATCCTCTTTCTCTCTCAGGCCACGCGTGAAAGGAGCAGGCATGAGGCTTCTTCAAGCTCCAGCGTCTGTGTATGTGACTTCACAATGCTCAAAGCCTCAATCCAGAGGTATCCTTTTGATATCTGTGGAAGTATTCTGGAGAGGCGTATTTTGCAGTCCGCCATTAATGATTCTCTTCTCTCTCGAAGAATAGTACGACAACAAATTTCGTTAAC...

CDS

下载 CDS FASTA

1695 bp · LXL04_018325|LXL04_018325|OH1004|CDS

ATGACACCAAAATGTGAGGCTCACAAATATCGCCACAATCCTTCAATCCTCTTTCTCTCTCAGGCCACGCGTGAAAGGAGCAGGCATGAGGCTTCTTCAAGCTCCAGCGTCTGTGTATGTGACTTCACAATGCTCAAAGCCTCAATCCAGAGGTATCCTTTTGATATCTGTGGAAGTATTCTGGAGAGGCGTATTTTGCAGTCCGCCATTAATGATTCTCTTCTCTCTCGAAGAATAGTACGACAACAAATTTCGTTAAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

564 aa · LXL04_018325|LXL04_018325|OH1004|PROTEIN

MTPKCEAHKYRHNPSILFLSQATRERSRHEASSSSSVCVCDFTMLKASIQRYPFDICGSILERRILQSAINDSLLSRRIVRQQISLTRRTVKPVSATASSLEADASTLLTVEAENDVLKALSQIIDPDFGTDIVSCGFIKDLQVDDISGEVSFRLELTTPACPIKDLFEKQANEVVAALPWVKNVTVTMSAQPPKQIFSAQLPAGLQTISNIIAVSSCKGGVGKSTVAVNLAYTLAGMGARVGIFDADVYGPSLPTMVSP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_018325`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_018325

位置 Chr04:11649380-11652545 (-)

描述 Similar to HCF101: Fe-S cluster assembly factor HCF101, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g24430`	光系统 I 生物合成和组装所需。	A novel protein for photosystem I biogenesis.2004 · DOI: 10.1074/jbc.m309246200 The universally conserved HCF101 protein is involved in assembly of [4Fe-4S]-cluster-containing complexes in Arabidopsis thaliana chloroplasts.2004 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2003.01952.x

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0719700`	光系统 I (PSI) 生物合成和组装所需。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018325 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0016226 iron-sulfur cluster assembly 生物过程

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0016887 ATP hydrolysis activity 分子功能

GO:0046872 metal ion binding 分子功能

GO:0051536 iron-sulfur cluster binding 分子功能

GO:0051539 4 iron, 4 sulfur cluster binding 分子功能

GO:0140663 ATP-dependent FeS chaperone activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G24430

dosa:Os01g0719700

heo:C694_01035

hpj:jhp_0193

hpy:HP_0207

syn:slr0067

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.948

排名 1 · LXL04_018325 · OH-1004

线粒体0.086

排名 2 · LXL04_018325 · OH-1004

细胞质0.048

排名 3 · LXL04_018325 · OH-1004

细胞核0.029

排名 4 · LXL04_018325 · OH-1004

过氧化物酶体0.025

排名 5 · LXL04_018325 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01883.25FeS_assembly_P115-187 aa

PF10609.16ParA209-445 aa

PF13614.13AAA_31211-330 aa

PF09140.18MipZ212-358 aa

PF01656.30CbiA213-358 aa

PF06155.18GBBH-like_N480-542 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_018325	`PF01883.25`	FeS_assembly_P	115	187	9e-20	71.5
LXL04_018325	`PF10609.16`	ParA	209	445	3.1e-82	276.4
LXL04_018325	`PF13614.13`	AAA_31	211	330	3.2e-10	40.9
LXL04_018325	`PF09140.18`	MipZ	212	358	5.4e-07	29.9
LXL04_018325	`PF01656.30`	CbiA	213	358	6.4e-10	39.8
LXL04_018325	`PF06155.18`	GBBH-like_N	480	542	4.4e-08	34.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q6STH5`	拟南芥	Fe-S cluster assembly factor HCF101, chloroplastic	88.591%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q0JJS8`	水稻	Fe-S cluster assembly factor HCF101, chloroplastic	86.755%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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