LXL04_018281 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_018281

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 10265932-10267296 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1281 bp · LXL04_018281|LXL04_018281|OH1004|cDNA

ATGGAAAGAGGGATTCAGCCTCCTTTGGTGGATACAACAGCTTGTTTATGTAGAGTAGACGTCGGTCTGAAAACCGTCGCCGGAGCAAAAAGATTCGTACCCGGTTCAAAGCTCTGTCTCCAGCCCGACATCAAAGCATCAATCCACCCAACCAGACAAAAACCACCGCGCGACAGAACCCGCAACCAATCCCCTCTCCTGCCCGGACTGCCCGACGACCTCGCAATCGCCTGCTTAATCCGCGTCCCAAGAATCGACCA...

CDS

下载 CDS FASTA

1281 bp · LXL04_018281|LXL04_018281|OH1004|CDS

ATGGAAAGAGGGATTCAGCCTCCTTTGGTGGATACAACAGCTTGTTTATGTAGAGTAGACGTCGGTCTGAAAACCGTCGCCGGAGCAAAAAGATTCGTACCCGGTTCAAAGCTCTGTCTCCAGCCCGACATCAAAGCATCAATCCACCCAACCAGACAAAAACCACCGCGCGACAGAACCCGCAACCAATCCCCTCTCCTGCCCGGACTGCCCGACGACCTCGCAATCGCCTGCTTAATCCGCGTCCCAAGAATCGACCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

426 aa · LXL04_018281|LXL04_018281|OH1004|PROTEIN

MERGIQPPLVDTTACLCRVDVGLKTVAGAKRFVPGSKLCLQPDIKASIHPTRQKPPRDRTRNQSPLLPGLPDDLAIACLIRVPRIDHRKLRLVCKRWYRLLAGNFFYSLRKNLEISEEWVYVMKRDKDRKMHWHGFDPMNHLWQPLPPVPKEYTEAEGFGCAVLSGCHLYLFGGKDPIKGSMRRVVYYSARTNKWHRAPDMLRRRHFFGSCVINNCLYVAGGENEGVHRSLRSVEVYDPSKNRWCFVADMSTAMVPFIGV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_018281`
TK1151 ID	TkA08G016630
OH-1004 ID	LXL04_018281
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	97.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 98.693 / OH-1004 71.596 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_018281

位置 Chr04:10265932-10267296 (+)

描述 Similar to At1g55270: F-box/kelch-repeat protein At1g55270

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g55270`	F-box/kelch重复蛋白At1g55270。	暂无已核实直接文献
`At1g30090`	F-box/kelch重复蛋白 At1g30090。	暂无已核实直接文献
`At1g22040`	F-box/kelch重复蛋白At1g22040。	暂无已核实直接文献
`At2g24540`	SCF（ASK- cullin-F-box）E3泛素连接酶复合体的组分，可能介导靶蛋白的泛素化及随后的蛋白酶体降解（通过相似性）。	暂无已核实直接文献
`At1g27420`	推测的F-box/kelch重复蛋白 At1g27420。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018281 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009585 red, far-red light phototransduction 生物过程

GO:0010017 red or far-red light signaling pathway 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:2000762 regulation of phenylpropanoid metabolic process 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G22040

ath:AT1G27420

ath:AT1G30090

ath:AT1G55270

ath:AT2G24540

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.681

排名 1 · LXL04_018281 · OH-1004

细胞质0.231

排名 2 · LXL04_018281 · OH-1004

细胞膜0.085

排名 3 · LXL04_018281 · OH-1004

内质网0.044

排名 4 · LXL04_018281 · OH-1004

质体0.035

排名 5 · LXL04_018281 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00646.39F-box68-104 aa

PF24681.2Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC7130-293 aa

PF13964.13Beta-prop_Calicin142-265 aa

PF25210.2Kelch_FKB95155-335 aa

PF01344.32Kelch_1161-201 aa

PF24981.2Beta-prop_ATRN-LZTR1169-247 aa

PF24981.2Beta-prop_ATRN-LZTR1169-252 aa

PF01344.32Kelch_1204-251 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_018281	`PF00646.39`	F-box	68	104	3.2e-07	30.7
LXL04_018281	`PF24681.2`	Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC7	130	293	5.7e-12	46.1
LXL04_018281	`PF13964.13`	Beta-prop_Calicin	142	265	7.7e-14	52.1
LXL04_018281	`PF25210.2`	Kelch_FKB95	155	335	4.9e-20	73.0
LXL04_018281	`PF01344.32`	Kelch_1	161	201	1.9e-28	98.3
LXL04_018281	`PF24981.2`	Beta-prop_ATRN-LZTR1	169	247	6.1e-08	33.0
LXL04_018281	`PF24981.2`	Beta-prop_ATRN-LZTR1	169	252	6.1e-08	33.0
LXL04_018281	`PF01344.32`	Kelch_1	204	251	1.9e-28	98.3
LXL04_018281	`PF07646.22`	Kelch_2	210	250	1.5e-10	41.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q93W93`	拟南芥	F-box/kelch-repeat protein At1g55270	71.564%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9C6Z0`	拟南芥	F-box/kelch-repeat protein At1g30090	28.803%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9LM55`	拟南芥	F-box/kelch-repeat protein At1g22040	28.375%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q8LAW2`	拟南芥	F-box protein AFR	24.047%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9FZJ3`	拟南芥	Putative F-box/kelch-repeat protein At1g27420	27.562%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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