LXL04_018202 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_018202

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 8576141-8580165 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1686 bp · LXL04_018202|LXL04_018202|OH1004|cDNA

ATGTCGTTCGTTGTGGGGTTGATAATCGGGATTACGATTGGGTTTGCCCTAATTGTTGGATTTGTTCGATCGGAGAATGGTCGATCGAAGCGTCGTTCTGCACTTGCAACAACGGTTGCCGCACTTGCAAGGATGACTCGTGAAGATTCAAAAAAGTTGCTCACAAACGAGTATTATCCTTCGTGGGTTGTTTTCTCACAGAAACAAAAGTTAAGTTTGGCTTGGCTTAATTCTCATCTTACAAAGATCTGGCCCTATGT...

CDS

下载 CDS FASTA

1686 bp · LXL04_018202|LXL04_018202|OH1004|CDS

ATGTCGTTCGTTGTGGGGTTGATAATCGGGATTACGATTGGGTTTGCCCTAATTGTTGGATTTGTTCGATCGGAGAATGGTCGATCGAAGCGTCGTTCTGCACTTGCAACAACGGTTGCCGCACTTGCAAGGATGACTCGTGAAGATTCAAAAAAGTTGCTCACAAACGAGTATTATCCTTCGTGGGTTGTTTTCTCACAGAAACAAAAGTTAAGTTTGGCTTGGCTTAATTCTCATCTTACAAAGATCTGGCCCTATGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

561 aa · LXL04_018202|LXL04_018202|OH1004|PROTEIN

MSFVVGLIIGITIGFALIVGFVRSENGRSKRRSALATTVAALARMTREDSKKLLTNEYYPSWVVFSQKQKLSLAWLNSHLTKIWPYVDEAASELIKANVEPVLEQYRPIILSSLTFSKLTLGTVAPQFTGVCVIEDESDGITLELEMNWDGNPSIVLDVKTRLGVGLPVQVKDISFTGVFRLIFKPLVNEFPCFGAVSFSLRKKTKMDFTLKVIGSAIPGVADALESTIHDAVEDSITWPVRKVIPILPGDYSDLELKPM...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_018202`
TK1151 ID	TkA08G020470
OH-1004 ID	LXL04_018202
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	97.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 98.619 / OH-1004 63.458 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_018202

位置 Chr04:8576141-8580165 (-)

描述 Similar to SYT5: Synaptotagmin-5

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g05500`	可能参与膜运输。	暂无已核实直接文献
`At5g11100`	可能参与膜运输。	暂无已核实直接文献
`At3g61050`	可能参与膜运输（通过相似性推测）。	暂无已核实直接文献
`At2g20990`	在冰冻和渗透胁迫期间维持质膜完整性中起重要作用。	Arabidopsis synaptotagmin 1 is required for the maintenance of plasma membrane integrity and cell viability.2008 · DOI: 10.1105/tpc.108.063859 Calcium-dependent freezing tolerance in Arabidopsis involves membrane resealing via synaptotagmin SYT1.2008 · DOI: 10.1105/tpc.108.062679 Arabidopsis synaptotagmin SYTA regulates endocytosis and virus movement protein cell-to-cell transport.2010 · DOI: 10.1073/pnas.0909080107 Arabidopsis synaptotagmin SYT1, a type I signal-anchor protein, requires tandem C2 domains for delivery to the plasma membrane.2010 · DOI: 10.1074/jbc.m109.084046
`At1g20080`	可能在调节非常规蛋白质从细胞质到细胞外基质的运输中发挥重要作用。	Golgi apparatus-localized synaptotagmin 2 is required for unconventional secretion in Arabidopsis.2011 · DOI: 10.1371/journal.pone.0026477

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018202 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006612 protein targeting to membrane 生物过程

GO:0006869 lipid transport 生物过程

GO:0006897 endocytosis 生物过程

GO:0007029 endoplasmic reticulum organization 生物过程

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009612 response to mechanical stimulus 生物过程

GO:0009615 response to virus 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009958 positive gravitropism 生物过程

GO:0032456 endocytic recycling 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G05500

ath:AT2G20990

ath:AT3G61050

ath:AT5G11100

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.455

排名 1 · LXL04_018202 · OH-1004

细胞质0.207

排名 2 · LXL04_018202 · OH-1004

内质网0.193

排名 3 · LXL04_018202 · OH-1004

高尔基体0.151

排名 4 · LXL04_018202 · OH-1004

溶酶体／液泡0.136

排名 5 · LXL04_018202 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25669.2SMP_MUG190-like72-137 aa

PF17047.12SMP_LBD74-247 aa

PF00168.37C2261-365 aa

PF00168.37C2436-531 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_018202	`PF25669.2`	SMP_MUG190-like	72	137	8.5e-07	29.4
LXL04_018202	`PF17047.12`	SMP_LBD	74	247	1.7e-13	51.2
LXL04_018202	`PF00168.37`	C2	261	365	1.3e-54	183.5
LXL04_018202	`PF00168.37`	C2	436	531	1.3e-54	183.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8L706`	拟南芥	Synaptotagmin-5	72.807%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`A0JJX5`	拟南芥	Synaptotagmin-4	64.912%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LEX1`	拟南芥	Calcium-dependent lipid-binding protein	41.218%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SKR2`	拟南芥	Synaptotagmin-1	30.864%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`B6ETT4`	拟南芥	Synaptotagmin-2	29.965%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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