LXL04_018163 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_018163

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 7879873-7883423 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2217 bp · LXL04_018163|LXL04_018163|OH1004|cDNA

ATGGCCGGAGGGAGTAATAAGAAAAAAATCAATAAATCGAAAACTCGAAAACCCACCAAACAATCTTTGTTCGTGGAGGGTGGTTTGTTATCTGATTGGTCCCCTATCATCACTTCTCCTCCTTCCAGAGGAAAGAGTACTCATCCAATCGGTTCTGGGAATAAATTTAATGCATCTAAGAACAAATCTGCAGTGAAATATGAGATTGGTAGTACTTCTGGGGGTAAATCAAAAGCTACTCCCTCTACTTCGAGGATAGT...

CDS

下载 CDS FASTA

2217 bp · LXL04_018163|LXL04_018163|OH1004|CDS

ATGGCCGGAGGGAGTAATAAGAAAAAAATCAATAAATCGAAAACTCGAAAACCCACCAAACAATCTTTGTTCGTGGAGGGTGGTTTGTTATCTGATTGGTCCCCTATCATCACTTCTCCTCCTTCCAGAGGAAAGAGTACTCATCCAATCGGTTCTGGGAATAAATTTAATGCATCTAAGAACAAATCTGCAGTGAAATATGAGATTGGTAGTACTTCTGGGGGTAAATCAAAAGCTACTCCCTCTACTTCGAGGATAGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

738 aa · LXL04_018163|LXL04_018163|OH1004|PROTEIN

MAGGSNKKKINKSKTRKPTKQSLFVEGGLLSDWSPIITSPPSRGKSTHPIGSGNKFNASKNKSAVKYEIGSTSGGKSKATPSTSRIVDSRKPKANAFAYKYPQASSFTEEGGDGHNKFDKSNPIVLLDSKESKIIAYMDETPVSDSQTVKYTYDYGASFEVDDNDSPHTGLGFHDEEAEENPSFIEPSPVIEKQECSRFDSSSSHEMETDMMDDDGDGDGDGDDDSSSSPVTNSGFLSIGGMKLYTHDISDYEDDDNDDD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_018163`
TK1151 ID	TkA08G022980
OH-1004 ID	LXL04_018163
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	98.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_018163

位置 Chr04:7879873-7883423 (-)

描述 Similar to v1g244155: Zinc finger CCCH-type with G patch domain-containing protein

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g17070`	参与前mRNA剪接，尤其在晚期剪接事件中剪接体解离（通过相似性推测）。	Mutation of Arabidopsis spliceosomal timekeeper locus1 causes circadian clock defects.2012 · DOI: 10.1105/tpc.112.104828

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018163 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000122 negative regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0000390 spliceosomal complex disassembly 生物过程

GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0042752 regulation of circadian rhythm 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005730 nucleolus 细胞组分

GO:0016607 nuclear speck 细胞组分

GO:0031981 nuclear lumen 细胞组分

GO:0071008 U2-type post-mRNA release spliceosomal complex 细胞组分

GO:0000978 RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding 分子功能

GO:0001227 DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G17070

hsa:55105

mmu:67769

nve:5510508

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.810

排名 1 · LXL04_018163 · OH-1004

细胞质0.245

排名 2 · LXL04_018163 · OH-1004

细胞膜0.073

排名 3 · LXL04_018163 · OH-1004

内质网0.056

排名 4 · LXL04_018163 · OH-1004

质体0.018

排名 5 · LXL04_018163 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01424.29R3H437-495 aa

PF01585.29G-patch610-654 aa

PF12656.13G-patch_2612-655 aa

PF01585.29G-patch693-737 aa

PF12656.13G-patch_2695-737 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_018163	`PF01424.29`	R3H	437	495	1.4e-07	32.1
LXL04_018163	`PF01585.29`	G-patch	610	654	1.4e-30	105.7
LXL04_018163	`PF12656.13`	G-patch_2	612	655	6.2e-15	55.7
LXL04_018163	`PF01585.29`	G-patch	693	737	1.4e-30	105.7
LXL04_018163	`PF12656.13`	G-patch_2	695	737	6.2e-15	55.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SHG6`	拟南芥	Septin and tuftelin-interacting protein 1 homolog 1	38.636%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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