LXL04_018132 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_018132

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 7051568-7052066 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

255 bp · LXL04_018132|LXL04_018132|OH1004|cDNA

ATGTATAGCAGGAATTATGACCACTACATCGACCGAAGGTTTGCGATATACTGCAACACGAAACCGATCCCGACTACGCAGCCTCATTGGTGCTTGAATCAAGAACCTGAGAAGGAGTCGGTACCTGGCGAACACAAAGAAGCTTTAGTTGCTGCCGATTACATGCCCGATATCATTCTCAGAGAGCAAGGTGTAATCGACGTCGCCCGACATCCCGATTGTGTGACTCTAGTCATGAAGTTTAGCTTTAGATAA

CDS

下载 CDS FASTA

255 bp · LXL04_018132|LXL04_018132|OH1004|CDS

ATGTATAGCAGGAATTATGACCACTACATCGACCGAAGGTTTGCGATATACTGCAACACGAAACCGATCCCGACTACGCAGCCTCATTGGTGCTTGAATCAAGAACCTGAGAAGGAGTCGGTACCTGGCGAACACAAAGAAGCTTTAGTTGCTGCCGATTACATGCCCGATATCATTCTCAGAGAGCAAGGTGTAATCGACGTCGCCCGACATCCCGATTGTGTGACTCTAGTCATGAAGTTTAGCTTTAGATAA

蛋白

下载蛋白 FASTA

84 aa · LXL04_018132|LXL04_018132|OH1004|PROTEIN

MYSRNYDHYIDRRFAIYCNTKPIPTTQPHWCLNQEPEKESVPGEHKEALVAADYMPDIILREQGVIDVARHPDCVTLVMKFSFR

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_018132`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_018132

位置 Chr04:7051568-7052066 (+)

描述 Similar to DXR: 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g62790`	质体非甲羟戊酸途径中的异戊二烯类生物合成酶，催化NADPH依赖的1-脱氧-D-木酮糖5-磷酸（DXP）重排及还原，生成2-C-甲基-D-赤藓醇4-磷酸（MEP）。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0106900`	质体非甲羟戊酸途径中的异戊二烯类生物合成酶，催化NADPH依赖的1-脱氧-D-木酮糖5-磷酸（DXP）重排及还原，生成2-C-甲基-D-赤藓醇4-磷酸（MEP）。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018132 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0008299 isoprenoid biosynthetic process 生物过程

GO:0019288 isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway 生物过程

GO:0051484 isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway involved in terpenoid biosynthetic process 生物过程

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分

GO:0030145 manganese ion binding 分子功能

GO:0030604 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate reductoisomerase activity 分子功能

GO:0070402 NADPH binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G62790

dosa:Os01g0106900

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.386

排名 1 · LXL04_018132 · OH-1004

细胞质0.381

排名 2 · LXL04_018132 · OH-1004

线粒体0.181

排名 3 · LXL04_018132 · OH-1004

细胞外0.080

排名 4 · LXL04_018132 · OH-1004

细胞膜0.078

排名 5 · LXL04_018132 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

没有找到该查询的结果。

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9XFS9`	拟南芥	1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase, chloroplastic	60.000%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q8W250`	水稻	1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase, chloroplastic	62.500%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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