LXL04_017960 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_017960

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 4299634-4306177 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3644 bp · LXL04_017960|LXL04_017960|OH1004|cDNA

GCATAAACACATAGTTTACACACACACAAAACCCTTTCCGATCAAAAATGTCAGTGGAGACGAAATTCAGCGTGATGTGCAGTCTATTCAACTGGATTCAGAAGTCAAAGTCTTCAACAAAAAAACGATCCAAGTTTCGGAAATTCCTCGACACGTATTGTAAACCCACGGATTACTTCGCTGCTGTCAGATTAATCCTCCCCAACCTCGACAGAGAGCGAGGATCTTACGGTTTGAAGGAGTCGGTGCTCGCCACTTGT...

CDS

下载 CDS FASTA

3597 bp · LXL04_017960|LXL04_017960|OH1004|CDS

ATGTCAGTGGAGACGAAATTCAGCGTGATGTGCAGTCTATTCAACTGGATTCAGAAGTCAAAGTCTTCAACAAAAAAACGATCCAAGTTTCGGAAATTCCTCGACACGTATTGTAAACCCACGGATTACTTCGCTGCTGTCAGATTAATCCTCCCCAACCTCGACAGAGAGCGAGGATCTTACGGTTTGAAGGAGTCGGTGCTCGCCACTTGTATCATCGACGCCCTCGGAATGTCCAGAGAATCTCCCGACGCTCTTCG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1198 aa · LXL04_017960|LXL04_017960|OH1004|PROTEIN

MSVETKFSVMCSLFNWIQKSKSSTKKRSKFRKFLDTYCKPTDYFAAVRLILPNLDRERGSYGLKESVLATCIIDALGMSRESPDALRLINWRKGGAKTGVNVGNFSLVASEVLQRRQGMISGGLTIKELNDLLDRLASSENRTEKTSILADLIKKTNAQEMKWIVMIILKDLKLGISEKSIFHEFHPDAEDLFNVTCDLKLVCERLRDRNQRHKRQDIEVGKAVRPQLALRVANAASAWKKLQGKEVVIECKFDGDRIQI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_017960`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_017960

位置 Chr04:4299634-4306177 (+)

描述 Similar to LIG4: DNA ligase 4

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g57160`	DNA 连接酶参与 DNA 非同源末端连接。	The Arabidopsis AtLIG4 gene is required for the repair of DNA damage, but not for the integration of Agrobacterium T-DNA.2003 · DOI: 10.1093/nar/gkg458

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os04g0606450`	DNA 连接酶参与 DNA 非同源末端连接 (NHEJ)；双链断裂 (DSB) 修复所需。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_017960 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000012 single strand break repair 生物过程

GO:0006284 base-excision repair 生物过程

GO:0006297 nucleotide-excision repair, DNA gap filling 生物过程

GO:0006302 double-strand break repair 生物过程

GO:0006303 double-strand break repair via nonhomologous end joining 生物过程

GO:0006310 DNA recombination 生物过程

GO:0006974 DNA damage response 生物过程

GO:0008283 cell population proliferation 生物过程

GO:0010165 response to X-ray 生物过程

GO:0010212 response to ionizing radiation 生物过程

GO:0010332 response to gamma radiation 生物过程

GO:0035019 somatic stem cell population maintenance 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G57160

hsa:3981

pon:100173511

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.934

排名 1 · LXL04_017960 · OH-1004

细胞质0.141

排名 2 · LXL04_017960 · OH-1004

线粒体0.026

排名 3 · LXL04_017960 · OH-1004

细胞膜0.025

排名 4 · LXL04_017960 · OH-1004

内质网0.011

排名 5 · LXL04_017960 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04675.20DNA_ligase_A_N6-186 aa

PF01068.27DNA_ligase_A_M226-441 aa

PF04679.22DNA_ligase_A_C465-584 aa

PF00533.34BRCT654-725 aa

PF16589.13BRCT_2655-735 aa

PF12738.14PTCB-BRCT669-714 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_017960	`PF04675.20`	DNA_ligase_A_N	6	186	4.1e-40	138.5
LXL04_017960	`PF01068.27`	DNA_ligase_A_M	226	441	6.5e-43	147.5
LXL04_017960	`PF04679.22`	DNA_ligase_A_C	465	584	1.4e-12	48.6
LXL04_017960	`PF00533.34`	BRCT	654	725	4.1e-13	50.0
LXL04_017960	`PF16589.13`	BRCT_2	655	735	2.5e-18	66.9
LXL04_017960	`PF12738.14`	PTCB-BRCT	669	714	5e-10	40.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LL84`	拟南芥	DNA ligase 4	59.311%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q7X7E9`	水稻	Putative DNA ligase 4	61.517%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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