LXL04_017958 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_017958

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 4291862-4293802 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1440 bp · LXL04_017958|LXL04_017958|OH1004|cDNA

ATGGCTTCCACCATACCCTCAGGCAATGGCACCGTCGCGGTAGCATTAAAATCGGAGACAGAATCTGCGACTACTGCCATCGCCGTCTCAGAAGCGGCTCTTGGCACCGAGATGGAGCCGCCGGGTAAAAATCCCCTGGCTACCGATTCCGCTCTATCGGAGGAGAAGAAGTGGCCTGGATGGCCTGGGGACTGCGTTTTCCGACTCATTGTGCCGGTGCTTAAAGTCGGGAGTATAATTGGCCGGAAAGGAGATATAAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1440 bp · LXL04_017958|LXL04_017958|OH1004|CDS

ATGGCTTCCACCATACCCTCAGGCAATGGCACCGTCGCGGTAGCATTAAAATCGGAGACAGAATCTGCGACTACTGCCATCGCCGTCTCAGAAGCGGCTCTTGGCACCGAGATGGAGCCGCCGGGTAAAAATCCCCTGGCTACCGATTCCGCTCTATCGGAGGAGAAGAAGTGGCCTGGATGGCCTGGGGACTGCGTTTTCCGACTCATTGTGCCGGTGCTTAAAGTCGGGAGTATAATTGGCCGGAAAGGAGATATAAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

479 aa · LXL04_017958|LXL04_017958|OH1004|PROTEIN

MASTIPSGNGTVAVALKSETESATTAIAVSEAALGTEMEPPGKNPLATDSALSEEKKWPGWPGDCVFRLIVPVLKVGSIIGRKGDIIRKMCEDTKARIRVLDAPVGTPDRIVLISGKEETDAPLSPAMDAVIRVFKRINGFPENEGESIASVPFCSIRLLVPSMQAISLIGKQGSTIKSVQESTGCQVRVLSGDDVAAISANSEERIVDMQGEAIKVLKALEAVVGHLRRFLVDRSVLPLFEKTNNVSTPTQEPQVETWA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_017958`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_017958

位置 Chr04:4291862-4293802 (+)

描述 Similar to PEP: RNA-binding KH domain-containing protein PEPPER

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g26000`	调控营养生长和雌蕊发育。	暂无已核实直接文献
`At3g04610`	通过抑制FLC表达及其转录后修饰，正向调控开花。	暂无已核实直接文献
`At4g18375`	含 KH 结构域的蛋白质 At4g18375。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_017958 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000122 negative regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006396 RNA processing 生物过程

GO:0009299 mRNA transcription 生物过程

GO:0009911 positive regulation of flower development 生物过程

GO:0048367 shoot system development 生物过程

GO:0048467 gynoecium development 生物过程

GO:0048577 negative regulation of short-day photoperiodism, flowering 生物过程

GO:0048579 negative regulation of long-day photoperiodism, flowering 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G04610

ath:AT4G18375

ath:AT4G26000

mmu:59093

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.889

排名 1 · LXL04_017958 · OH-1004

细胞质0.219

排名 2 · LXL04_017958 · OH-1004

细胞膜0.029

排名 3 · LXL04_017958 · OH-1004

内质网0.015

排名 4 · LXL04_017958 · OH-1004

溶酶体／液泡0.013

排名 5 · LXL04_017958 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00013.36KH_167-119 aa

PF00013.36KH_1157-224 aa

PF00013.36KH_1337-400 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_017958	`PF00013.36`	KH_1	67	119	2.3e-39	133.7
LXL04_017958	`PF00013.36`	KH_1	157	224	2.3e-39	133.7
LXL04_017958	`PF00013.36`	KH_1	337	400	2.3e-39	133.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SZH4`	拟南芥	RNA-binding KH domain-containing protein PEPPER	49.398%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SR13`	拟南芥	Flowering locus K homology domain	45.330%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`P58223`	拟南芥	KH domain-containing protein At4g18375	27.371%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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