LXL04_017740 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_017740

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 608709-611288 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1875 bp · LXL04_017740|LXL04_017740|OH1004|cDNA

ATGGAGGAGCGCAAAAGTTCCACATATCTTCGTACCCAGGGCATGAATTTGGGGTCGAGGAGATTGCAACCCATCAATAACGAAGTTTATTTGAAAGAATATCTACATTCCGGAAGAAGAAGCGAATTTCCATTATTGATTATTAGAACTACAAAAGCTTCCCCGACACCAGAAAGATCATTTGTTAGAATTTATACAATTTCTCCAATGAAGGCACCCCCAGAAACATGTTTACCACcggccaccaccgccaccacttC...

CDS

下载 CDS FASTA

1875 bp · LXL04_017740|LXL04_017740|OH1004|CDS

ATGGAGGAGCGCAAAAGTTCCACATATCTTCGTACCCAGGGCATGAATTTGGGGTCGAGGAGATTGCAACCCATCAATAACGAAGTTTATTTGAAAGAATATCTACATTCCGGAAGAAGAAGCGAATTTCCATTATTGATTATTAGAACTACAAAAGCTTCCCCGACACCAGAAAGATCATTTGTTAGAATTTATACAATTTCTCCAATGAAGGCACCCCCAGAAACATGTTTACCACCGGCCACCACCGCCACCACTTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

624 aa · LXL04_017740|LXL04_017740|OH1004|PROTEIN

MEERKSSTYLRTQGMNLGSRRLQPINNEVYLKEYLHSGRRSEFPLLIIRTTKASPTPERSFVRIYTISPMKAPPETCLPPATTATTSRKKMSKQVTGKRDDTPLHTASRAGNINAVMEILGDCYCEEELISLLSKQNHAGETPLYVAAEYSYVDLVRLLIDQCDITTASIKANNGFDALHIAAKHGDLDTLKVLMEAHPELSMTVDISNTTALHTAAMQGNIEVMNYLLEIESSLVSIARSNGKTALHSASRNGHVRAVK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_017740`
TK1151 ID	TkA08G053410
OH-1004 ID	LXL04_017740
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 57.944 / OH-1004 19.872 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_017740

位置 Chr04:608709-611288 (-)

描述 Similar to At5g02620: Ankyrin repeat-containing protein At5g02620

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g02620`	含锚蛋白重复序列的蛋白At5g02620。	暂无已核实直接文献
`At3g12360`	参与耐盐胁迫。	ITN1, a novel gene encoding an ankyrin-repeat protein that affects the ABA-mediated production of reactive oxygen species and is involved in salt-stress tolerance in Arabidopsis thaliana.2008 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2008.03614.x
`At2g01680`	含锚蛋白重复的蛋白 At2g01680。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0837000`	参与耐盐胁迫。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_017740 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0051017 actin filament bundle assembly 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0051015 actin filament binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G01680

ath:AT3G12360

ath:AT5G02620

dosa:Os01g0837000

mmu:227357

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.831

排名 1 · LXL04_017740 · OH-1004

细胞质0.094

排名 2 · LXL04_017740 · OH-1004

细胞核0.074

排名 3 · LXL04_017740 · OH-1004

内质网0.067

排名 4 · LXL04_017740 · OH-1004

溶酶体／液泡0.029

排名 5 · LXL04_017740 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12796.14Ank_298-167 aa

PF12796.14Ank_2172-231 aa

PF13857.13Ank_5173-216 aa

PF13637.13Ank_4179-229 aa

PF12796.14Ank_2241-301 aa

PF00023.37Ank242-266 aa

PF24521.3Ank_KRIT1244-354 aa

PF13637.13Ank_4247-294 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_017740	`PF12796.14`	Ank_2	98	167	1.4e-44	151.3
LXL04_017740	`PF12796.14`	Ank_2	172	231	1.4e-44	151.3
LXL04_017740	`PF13857.13`	Ank_5	173	216	3.7e-31	107.6
LXL04_017740	`PF13637.13`	Ank_4	179	229	1e-36	124.9
LXL04_017740	`PF12796.14`	Ank_2	241	301	1.4e-44	151.3
LXL04_017740	`PF00023.37`	Ank	242	266	9.2e-42	139.4
LXL04_017740	`PF24521.3`	Ank_KRIT1	244	354	2.6e-11	44.2
LXL04_017740	`PF13637.13`	Ank_4	247	294	1e-36	124.9
LXL04_017740	`PF13857.13`	Ank_5	272	318	3.7e-31	107.6
LXL04_017740	`PF00023.37`	Ank	277	305	9.2e-42	139.4
LXL04_017740	`PF13637.13`	Ank_4	281	331	1e-36	124.9
LXL04_017740	`PF13857.13`	Ank_5	296	352	3.7e-31	107.6
LXL04_017740	`PF12796.14`	Ank_2	305	365	1.4e-44	151.3
LXL04_017740	`PF00023.37`	Ank	311	337	9.2e-42	139.4
LXL04_017740	`PF13962.12`	PGG	423	538	6.6e-28	97.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q6AWW5`	拟南芥	Ankyrin repeat-containing protein At5g02620	60.887%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9C7A2`	拟南芥	Ankyrin repeat-containing protein ITN1	43.403%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9ZU96`	拟南芥	Ankyrin repeat-containing protein At2g01680	43.888%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`A2CIR5`	水稻	Ankyrin repeat-containing protein NPR4	42.473%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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