LXL04_017708 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_017708

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 182905-185348 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1140 bp · LXL04_017708|LXL04_017708|OH1004|cDNA

ATGAAGGGCGATGAATCTAAAAGTGGAGGTGGAGGTGAAGGAGCAGTGTTAAAAGGAGTGCCGGCGTACGGCGGCAAATACATTCATTACAACGTACTCGGAAACCTATTCGAGGTTTCTTCCAAATACGTTCCTCCCATTCAACCTGTAGGCCGTGGTGCATACGGCATCGTTTGTTGTGCTAAAGAttctgaaacaaaagaagatgttgCAATCAAGAAAATCGGAAATGCATTTGACAACAGCATCGATGCCAAAAG...

CDS

下载 CDS FASTA

1140 bp · LXL04_017708|LXL04_017708|OH1004|CDS

ATGAAGGGCGATGAATCTAAAAGTGGAGGTGGAGGTGAAGGAGCAGTGTTAAAAGGAGTGCCGGCGTACGGCGGCAAATACATTCATTACAACGTACTCGGAAACCTATTCGAGGTTTCTTCCAAATACGTTCCTCCCATTCAACCTGTAGGCCGTGGTGCATACGGCATCGTTTGTTGTGCTAAAGATTCTGAAACAAAAGAAGATGTTGCAATCAAGAAAATCGGAAATGCATTTGACAACAGCATCGATGCCAAAAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

379 aa · LXL04_017708|LXL04_017708|OH1004|PROTEIN

MKGDESKSGGGGEGAVLKGVPAYGGKYIHYNVLGNLFEVSSKYVPPIQPVGRGAYGIVCCAKDSETKEDVAIKKIGNAFDNSIDAKRTLREIKLLCHMDHENIIKIKDIIRPPDKQKFNDVYIVYELMDTDLHQIIRSSQSLTDDHCQYFLYQLLRGLKYVHSANVLHRDLKPSNLLLNANCDLKICDFGLARTTSETDFMTEYVVTRWYRAPELLLNCSEYTTAIDIWSVGCILMEIALREPLFPGKDYVQQLVLITEL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_017708`
TK1151 ID	TkA08G054460
OH-1004 ID	LXL04_017708
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_017708

位置 Chr04:182905-185348 (+)

描述 Similar to NTF6: Mitogen-activated protein kinase homolog NTF6

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g07880`	MKK6-MPK13模块正向调控侧根形成。	AtMKK6 and AtMPK13 are required for lateral root formation in Arabidopsis.2011 · DOI: 10.4161/psb.6.10.17089
`At4g01370`	ANPs-MKK6-MPK4 模块参与减数分裂和有丝分裂过程中植物胞质分裂的调节。	Arabidopsis map kinase 4 negatively regulates systemic acquired resistance.2000 · DOI: 10.1016/s0092-8674(00)00213-0 The MKK2 pathway mediates cold and salt stress signaling in Arabidopsis.2004 · DOI: 10.1016/j.molcel.2004.06.023 Involvement of MPK4 in osmotic stress response pathways in cell suspensions and plantlets of Arabidopsis thaliana: activation by hypoosmolarity and negative role in hyperosmolarity tolerance.2004 · DOI: 10.1016/j.febslet.2004.08.001 The MAP kinase substrate MKS1 is a regulator of plant defense responses.2005 · DOI: 10.1038/sj.emboj.7600737 Arabidopsis homologs of nucleus- and phragmoplast-localized kinase 2 and 3 and mitogen-activated protein kinase 4 are essential for microtubule organization.2010 · DOI: 10.1105/tpc.109.071746 HINKEL kinesin, ANP MAPKKKs and MKK6/ANQ MAPKK, which phosphorylates and activates MPK4 MAPK, constitute a pathway that is required for cytokinesis in Arabidopsis thaliana.2010 · DOI: 10.1093/pcp/pcq135 The MAP kinase MPK4 is required for cytokinesis in Arabidopsis thaliana.2010 · DOI: 10.1105/tpc.110.077164 AtMPK4 is required for male-specific meiotic cytokinesis in Arabidopsis.2011 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2011.04642.x The MEKK1-MKK1/MKK2-MPK4 kinase cascade negatively regulates immunity mediated by a mitogen-activated protein kinase kinase kinase in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1105/tpc.112.097253 Phosphorylation of trihelix transcriptional repressor ASR3 by MAP KINASE4 negatively regulates Arabidopsis immunity.2015 · DOI: 10.1105/tpc.114.134809 A Dominant Mutation in the HT1 Kinase Uncovers Roles of MAP Kinases and GHR1 in CO2-Induced Stomatal Closure.2016 · DOI: 10.1105/tpc.16.00131

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os10g0533600`	丝裂原活化蛋白激酶 6。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_017708 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000911 cytokinesis by cell plate formation 生物过程

GO:0006468 protein phosphorylation 生物过程

GO:0006972 hyperosmotic response 生物过程

GO:0007112 male meiosis cytokinesis 生物过程

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0009555 pollen development 生物过程

GO:0009611 response to wounding 生物过程

GO:0009620 response to fungus 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0009861 jasmonic acid and ethylene-dependent systemic resistance 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G07880

ath:AT4G01370

dosa:Os10g0533600

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.611

排名 1 · LXL04_017708 · OH-1004

细胞质0.579

排名 2 · LXL04_017708 · OH-1004

细胞膜0.068

排名 3 · LXL04_017708 · OH-1004

线粒体0.044

排名 4 · LXL04_017708 · OH-1004

内质网0.033

排名 5 · LXL04_017708 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00069.32Pkinase48-330 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr48-240 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_017708	`PF00069.32`	Pkinase	48	330	8.1e-69	232.7
LXL04_017708	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	48	240	1.7e-33	116.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LQQ9`	拟南芥	Mitogen-activated protein kinase 13	77.337%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q39024`	拟南芥	Mitogen-activated protein kinase 4	75.335%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q336X9`	水稻	Mitogen-activated protein kinase 6	76.257%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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