LXL04_017584 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_017584

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 154360570-154362512 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1188 bp · LXL04_017584|LXL04_017584|OH1004|cDNA

ATGCCGGATAATCGGCGTGTTCAGAGGAACGGTGGCGTCGCTATCGCTTCTTCAAATTCTTCTGTTCATACCATTGAAGAAGCTGTAAGGCGATTGAGAATCCAAACAGATGGGAAAGACGACGGAACTGCCATGGCCGGTTCGATAGCTTTCCCAGATCGCCCAGGTGAACCGGATTGTATATTCTATTTAAGAACCGGCATGTGTGGATATGGAAACACTTGTAGGTTTAATCATCCAACCCACATTGGGCAGcTCAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1188 bp · LXL04_017584|LXL04_017584|OH1004|CDS

ATGCCGGATAATCGGCGTGTTCAGAGGAACGGTGGCGTCGCTATCGCTTCTTCAAATTCTTCTGTTCATACCATTGAAGAAGCTGTAAGGCGATTGAGAATCCAAACAGATGGGAAAGACGACGGAACTGCCATGGCCGGTTCGATAGCTTTCCCAGATCGCCCAGGTGAACCGGATTGTATATTCTATTTAAGAACCGGCATGTGTGGATATGGAAACACTTGTAGGTTTAATCATCCAACCCACATTGGGCAGCTCAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

395 aa · LXL04_017584|LXL04_017584|OH1004|PROTEIN

MPDNRRVQRNGGVAIASSNSSVHTIEEAVRRLRIQTDGKDDGTAMAGSIAFPDRPGEPDCIFYLRTGMCGYGNTCRFNHPTHIGQLNQHGGGELPERIGEPDCVYFLKTGTCKYGSTCKYNHPRDRRGAGPVVLNMVGLPMRQEEKACAHYIRTGSCKFGVACKFHHPQPSLDGSNTAQLQYTSPPQPPLINGVSPWSLPRATYVSDPLLQTPQTYLPIVQGIGPTQGWSTYMGSLSPVTSGSIYEGGYSLTSSNSNLPE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_017584`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_017584

位置 Chr03:154360570-154362512 (+)

描述 Similar to At1g04990: Zinc finger CCCH domain-containing protein 3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g04990`	体外具有 RNA 结合和核糖核酸酶活性。	暂无已核实直接文献
`At2g32930`	含锌指 CCCH 结构域蛋白 26。	暂无已核实直接文献
`At3g02830`	含锌指CCCH结构域蛋白33。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0917400`	含锌指 CCCH 结构域的蛋白 12。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_017584 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程

GO:0017148 negative regulation of translation 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0003677 DNA binding 分子功能

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

GO:0004518 nuclease activity 分子功能

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

GO:0010313 phytochrome binding 分子功能

GO:0016787 hydrolase activity 分子功能

GO:0048027 mRNA 5'-UTR binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G04990

ath:AT2G32930

ath:AT3G02830

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.826

排名 1 · LXL04_017584 · OH-1004

细胞质0.221

排名 2 · LXL04_017584 · OH-1004

细胞膜0.040

排名 3 · LXL04_017584 · OH-1004

内质网0.021

排名 4 · LXL04_017584 · OH-1004

质体0.014

排名 5 · LXL04_017584 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00642.31zf-CCCH55-80 aa

PF18345.8zf_CCCH_460-79 aa

PF00642.31zf-CCCH100-124 aa

PF25585.2zf-CCCH_DUS3L100-122 aa

PF18345.8zf_CCCH_4103-122 aa

PF00642.31zf-CCCH145-169 aa

PF00642.31zf-CCCH262-288 aa

PF18345.8zf_CCCH_4267-286 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_017584	`PF00642.31`	zf-CCCH	55	80	9.4e-44	147.2
LXL04_017584	`PF18345.8`	zf_CCCH_4	60	79	4.3e-22	78.2
LXL04_017584	`PF00642.31`	zf-CCCH	100	124	9.4e-44	147.2
LXL04_017584	`PF25585.2`	zf-CCCH_DUS3L	100	122	2.4e-15	56.9
LXL04_017584	`PF18345.8`	zf_CCCH_4	103	122	4.3e-22	78.2
LXL04_017584	`PF00642.31`	zf-CCCH	145	169	9.4e-44	147.2
LXL04_017584	`PF00642.31`	zf-CCCH	262	288	9.4e-44	147.2
LXL04_017584	`PF18345.8`	zf_CCCH_4	267	286	4.3e-22	78.2
LXL04_017584	`PF14608.13`	zf-CCCH_2	267	287	2.7e-16	60.1
LXL04_017584	`PF00642.31`	zf-CCCH	305	329	9.4e-44	147.2
LXL04_017584	`PF18345.8`	zf_CCCH_4	309	328	4.3e-22	78.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q94AD9`	拟南芥	Zinc finger CCCH domain-containing protein 3	43.373%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`O48772`	拟南芥	Zinc finger CCCH domain-containing protein 26	44.554%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q8GXX7`	拟南芥	Zinc finger CCCH domain-containing protein 33	41.351%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q5JLB5`	水稻	Zinc finger CCCH domain-containing protein 12	38.303%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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