LXL04_017516 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_017516

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 152350174-152357720 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

5436 bp · LXL04_017516|LXL04_017516|OH1004|cDNA

ATGTCGATCCTTCTctttcttctcttctctagcACAATCGCCACCGTCTCTGCCATCATCGCAACCGCTCCGGCCAAATCTGATTCATTTACACCTCCCGATAACTACCTCCTCGACTGCGGTTCCTCCTCCCAGACGATCCTCCCTGATAGACGCATATTTTCTTCCGATTCCACCTCATCACAGTATCTGCAATACAGTGGCCGTGAAATCTCCGTCGCTGATCAGTCCGCCGATGTGCCTCTCTCGATTTACAAAAC...

CDS

下载 CDS FASTA

5436 bp · LXL04_017516|LXL04_017516|OH1004|CDS

ATGTCGATCCTTCTCTTTCTTCTCTTCTCTAGCACAATCGCCACCGTCTCTGCCATCATCGCAACCGCTCCGGCCAAATCTGATTCATTTACACCTCCCGATAACTACCTCCTCGACTGCGGTTCCTCCTCCCAGACGATCCTCCCTGATAGACGCATATTTTCTTCCGATTCCACCTCATCACAGTATCTGCAATACAGTGGCCGTGAAATCTCCGTCGCTGATCAGTCCGCCGATGTGCCTCTCTCGATTTACAAAAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1811 aa · LXL04_017516|LXL04_017516|OH1004|PROTEIN

MSILLFLLFSSTIATVSAIIATAPAKSDSFTPPDNYLLDCGSSSQTILPDRRIFSSDSTSSQYLQYSGREISVADQSADVPLSIYKTAKVFDCEATYSFRVTKPGWHWLRLHFFPIGNNEFKLQETKFTVVAADTLVLLHRYSPKGLEMQEYIMNVTSERLNLRFCGKKAAPAFVNAIEVVSAPDMIITDTSDALFPVGKKIHGMSKYSYQKMYRLNVGGPTVTPGNDTLGRTWISDEKFLKPPSATKNISLAPNVVTYP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_017516`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_017516

位置 Chr03:152350174-152357720 (+)

描述 Similar to At4g39110: Probable receptor-like protein kinase At4g39110

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g39110`	可能的受体样蛋白激酶 At4g39110。	暂无已核实直接文献
`At2g21480`	可能的受体样蛋白激酶At2g21480。	暂无已核实直接文献
`At2g16390`	染色质重塑复合物的亚基，介导 RNA 聚合酶 IV 和 V招募至染色质。	Atypical RNA polymerase subunits required for RNA-directed DNA methylation.2005 · DOI: 10.1038/ng1580 A SNF2-like protein facilitates dynamic control of DNA methylation.2005 · DOI: 10.1038/sj.embor.7400446 Endogenous targets of RNA-directed DNA methylation and Pol IV in Arabidopsis.2006 · DOI: 10.1038/sj.emboj.7601150 RNAi, DRD1, and histone methylation actively target developmentally important non-CG DNA methylation in arabidopsis.2006 · DOI: 10.1371/journal.pgen.0020083 A structural-maintenance-of-chromosomes hinge domain-containing protein is required for RNA-directed DNA methylation.2008 · DOI: 10.1038/ng.119 Noncoding transcription by RNA polymerase Pol IVb/Pol V mediates transcriptional silencing of overlapping and adjacent genes.2008 · DOI: 10.1016/j.cell.2008.09.035 NRPD4, a protein related to the RPB4 subunit of RNA polymerase II, is a component of RNA polymerases IV and V and is required for RNA-directed DNA methylation.2009 · DOI: 10.1101/gad.1765209 Defining the functional network of epigenetic regulators in Arabidopsis thaliana.2009 · DOI: 10.1093/mp/ssp017 RNA polymerase V functions in Arabidopsis interphase heterochromatin organization independently of the 24-nt siRNA-directed DNA methylation pathway.2009 · DOI: 10.1093/mp/ssp006 The RNA silencing enzyme RNA polymerase v is required for plant immunity.2011 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1002434 RNA polymerase V-dependent small RNAs in Arabidopsis originate from small, intergenic loci including most SINE repeats.2012 · DOI: 10.4161/epi.20290 The Arabidopsis nucleosome remodeler DDM1 allows DNA methyltransferases to access H1-containing heterochromatin.2013 · DOI: 10.1016/j.cell.2013.02.033
`At5g61350`	可能的受体样蛋白激酶 At5g61350。	暂无已核实直接文献
`At5g54380`	营养生长过程中细胞伸长所需的受体样蛋白激酶，主要以油菜素甾醇独立的方式进行。	A receptor-like kinase mediates the response of Arabidopsis cells to the inhibition of cellulose synthesis.2007 · DOI: 10.1016/j.cub.2007.05.018 Three related receptor-like kinases are required for optimal cell elongation in Arabidopsis thaliana.2009 · DOI: 10.1073/pnas.0812346106

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_017516 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006346 DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation 生物过程

GO:0009555 pollen development 生物过程

GO:0009741 response to brassinosteroid 生物过程

GO:0009826 unidimensional cell growth 生物过程

GO:0035563 positive regulation of chromatin binding 生物过程

GO:0040029 epigenetic regulation of gene expression 生物过程

GO:0046777 protein autophosphorylation 生物过程

GO:0050832 defense response to fungus 生物过程

GO:0051924 regulation of calcium ion transport 生物过程

GO:0070828 heterochromatin organization 生物过程

GO:0071360 cellular response to exogenous dsRNA 生物过程

GO:0080092 regulation of pollen tube growth 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G16390

ath:AT2G21480

ath:AT4G39110

ath:AT5G54380

ath:AT5G61350

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.282

排名 1 · LXL04_017516 · OH-1004

细胞膜0.280

排名 2 · LXL04_017516 · OH-1004

内质网0.169

排名 3 · LXL04_017516 · OH-1004

细胞质0.114

排名 4 · LXL04_017516 · OH-1004

高尔基体0.104

排名 5 · LXL04_017516 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12819.14Malectin_like38-387 aa

PF11721.15Malectin304-353 aa

PF00069.32Pkinase504-764 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr505-767 aa

PF04851.22ResIII1264-1441 aa

PF00176.30SNF2-rel_dom1269-1558 aa

PF00271.38Helicase_C1619-1734 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_017516	`PF12819.14`	Malectin_like	38	387	6.5e-23	82.2
LXL04_017516	`PF11721.15`	Malectin	304	353	5e-06	27.4
LXL04_017516	`PF00069.32`	Pkinase	504	764	1.7e-41	143.1
LXL04_017516	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	505	767	7e-46	157.3
LXL04_017516	`PF04851.22`	ResIII	1264	1441	2.1e-08	35.0
LXL04_017516	`PF00176.30`	SNF2-rel_dom	1269	1558	1.1e-24	87.8
LXL04_017516	`PF00271.38`	Helicase_C	1619	1734	6.3e-13	49.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9T020`	拟南芥	Probable receptor-like protein kinase At4g39110	61.825%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9SJT0`	拟南芥	Probable receptor-like protein kinase At2g21480	58.968%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9SIW2`	拟南芥	Protein CHROMATIN REMODELING 35	51.551%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FLJ8`	拟南芥	Probable receptor-like protein kinase At5g61350	55.767%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9LK35`	拟南芥	Receptor-like protein kinase THESEUS 1	47.344%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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