LXL04_017464 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_017464

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 149746097-149751767 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2289 bp · LXL04_017464|LXL04_017464|OH1004|cDNA

ATGGATATCGACTTCTCGGAGTACCGATTACGGTGTCAGCTTCGAGGTCACGAAGACGACGTTCGTGGTATATGTGTATGCGACAACGTTGGAATAGCAACTTCATCAAGAGACCGAACCATTAGGTTATGGTCTTTGGATCAGAGTAACAGCTCTTCGTATACCTCATCAAAGATACTACTTGGGCATACTAGTTTTGTTGGACCACTCGCATGGGTTTCCCCTAATGAACAGTTCCCAGAAGGTGCTCTTATATCTGG...

CDS

下载 CDS FASTA

2289 bp · LXL04_017464|LXL04_017464|OH1004|CDS

ATGGATATCGACTTCTCGGAGTACCGATTACGGTGTCAGCTTCGAGGTCACGAAGACGACGTTCGTGGTATATGTGTATGCGACAACGTTGGAATAGCAACTTCATCAAGAGACCGAACCATTAGGTTATGGTCTTTGGATCAGAGTAACAGCTCTTCGTATACCTCATCAAAGATACTACTTGGGCATACTAGTTTTGTTGGACCACTCGCATGGGTTTCCCCTAATGAACAGTTCCCAGAAGGTGCTCTTATATCTGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

762 aa · LXL04_017464|LXL04_017464|OH1004|PROTEIN

MDIDFSEYRLRCQLRGHEDDVRGICVCDNVGIATSSRDRTIRLWSLDQSNSSSYTSSKILLGHTSFVGPLAWVSPNEQFPEGALISGGMDTLVLVWDLATGEKVQTLKGHKMQVTGVTSDGSDIITSSVDCTLRRWKGEHQVEVWEAHKAPIQAVRTLPSGELITGSTDTTIKLWKGSKCTHTFSGHTDTVRGLAIMPDLGILSASHDGTIRLWAVTGEVLLEMVGHTAIVYSVDAHKSGLVVSGSEDGLAKIWKDGVCV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_017464`
TK1151 ID	TkA02G042430
OH-1004 ID	LXL04_017464
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	98.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`LXL04_017464`
位置	Chr03:149746097-149751767 (-)
描述	Similar to PLAA: Phospholipase A-2-activating protein
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_017464` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006281 DNA repair 生物过程 GO:0006644 phospholipid metabolic process 生物过程 GO:0007165 signal transduction 生物过程 GO:0010992 ubiquitin recycling 生物过程 GO:0016236 macroautophagy 生物过程 GO:0043161 proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程 GO:0043162 ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway 生物过程 GO:0043335 protein unfolding 生物过程 GO:0071222 cellular response to lipopolysaccharide 生物过程 GO:1900045 negative regulation of protein K63-linked ubiquitination 生物过程 GO:0000153 cytoplasmic ubiquitin ligase complex 细胞组分 GO:0005634 nucleus 细胞组分
KEGG 基因交叉引用	hsa:9373 mmu:18786 rno:116645 spo:2541208 xla:443698 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.654

排名 1 · LXL04_017464 · OH-1004

细胞核0.577

排名 2 · LXL04_017464 · OH-1004

线粒体0.047

排名 3 · LXL04_017464 · OH-1004

内质网0.037

排名 4 · LXL04_017464 · OH-1004

细胞膜0.036

排名 5 · LXL04_017464 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF24807.2WD40_CDC20-Fz2-175 aa

PF25175.2Beta-prop_WDR56-138 aa

PF25391.2WD40_Gbeta7-136 aa

PF25173.2Beta-prop_WDR3_1st9-50 aa

PF25047.1Beta-prop_TEP1_2nd11-153 aa

PF00400.39WD4012-45 aa

PF25172.2Beta-prop_WDR3_2nd14-220 aa

PF25168.2Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd15-165 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_017464	`PF24807.2`	WD40_CDC20-Fz	2	175	6.2e-16	59.3
LXL04_017464	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	6	138	3e-44	152.2
LXL04_017464	`PF25391.2`	WD40_Gbeta	7	136	1.3e-19	71.1
LXL04_017464	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	9	50	3.4e-40	138.4
LXL04_017464	`PF25047.1`	Beta-prop_TEP1_2nd	11	153	8.8e-23	81.5
LXL04_017464	`PF00400.39`	WD40	12	45	4e-44	147.9
LXL04_017464	`PF25172.2`	Beta-prop_WDR3_2nd	14	220	4.1e-22	79.5
LXL04_017464	`PF25168.2`	Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd	15	165	3.4e-14	53.6
LXL04_017464	`PF23409.2`	Beta-prop_EML	16	216	1.3e-09	38.7
LXL04_017464	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	27	136	6.8e-32	111.3
LXL04_017464	`PF24017.3`	Beta-prop_SCAP	32	136	1e-15	58.3
LXL04_017464	`PF24105.2`	Beta-prop_CAF1B_HIR1	48	153	8.1e-17	62.0
LXL04_017464	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	56	176	3.4e-40	138.4
LXL04_017464	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	83	143	6.8e-32	111.3
LXL04_017464	`PF24814.2`	WD40_Prp19	83	164	9.4e-29	101.1
LXL04_017464	`PF24817.2`	WD40_WDHD1_1st	83	143	5.2e-21	75.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情