LXL04_017382 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_017382

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 147917462-147918607 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1146 bp · LXL04_017382|LXL04_017382|OH1004|cDNA

ATGTCCACCGCCGTCGTATCTTTCCTCACCCTCCTCCTCGTCGCCACCGTCTCCACTGCCCTCACCACCTTCCCATCTGATATTGCCGCTCTGAAAGCCATTAAATCCTCCGTCAACCCCACTACTATACCTTCGTTCACTTGTTTATACTCATGGGACTTCACCTCCGATCCTTGTTCGCCGCCGCATGTAACTCATTTCCTCTGTGGATTGTCCTGCTCCGGCAATCGGGTTACTCAGCTTACCCTTGACCCCGCCGG...

CDS

下载 CDS FASTA

1146 bp · LXL04_017382|LXL04_017382|OH1004|CDS

ATGTCCACCGCCGTCGTATCTTTCCTCACCCTCCTCCTCGTCGCCACCGTCTCCACTGCCCTCACCACCTTCCCATCTGATATTGCCGCTCTGAAAGCCATTAAATCCTCCGTCAACCCCACTACTATACCTTCGTTCACTTGTTTATACTCATGGGACTTCACCTCCGATCCTTGTTCGCCGCCGCATGTAACTCATTTCCTCTGTGGATTGTCCTGCTCCGGCAATCGGGTTACTCAGCTTACCCTTGACCCCGCCGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

381 aa · LXL04_017382|LXL04_017382|OH1004|PROTEIN

MSTAVVSFLTLLLVATVSTALTTFPSDIAALKAIKSSVNPTTIPSFTCLYSWDFTSDPCSPPHVTHFLCGLSCSGNRVTQLTLDPAGYVGTLSPLVSQLTQLITIDLSDNKFSGPIPNSLFFLPNLQTLMLGSNSFSGVIPPSISNLKSLQTLDISRNSLSGSLPKTLTSLTALTRLDLSFNKLTGPIPGLPKNIVQLALKGNSLYGYLLKQSFLGLAQLETVELSENSLTGTIPGWFFLIPSLQQVNLAKNSFTGVEIF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_017382`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_017382

位置 Chr03:147917462-147918607 (-)

描述 Similar to DRT100: DNA damage-repair/toleration protein DRT100

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g12610`	该蛋白能够补偿细菌 recA 突变，但其在植物中的本体功能尚不清楚。	暂无已核实直接文献
`At4g20140`	与GSO2共同参与胚胎和子叶表皮表面发育所需的受体样丝氨酸／苏氨酸激酶。	GASSHO1 and GASSHO2 encoding a putative leucine-rich repeat transmembrane-type receptor kinase are essential for the normal development of the epidermal surface in Arabidopsis embryos.2008 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2007.03395.x The receptor-like kinases GSO1 and GSO2 together regulate root growth in Arabidopsis through control of cell division and cell fate specification.2014 · DOI: 10.1002/dvdy.24066 A peptide hormone required for Casparian strip diffusion barrier formation in Arabidopsis roots.2017 · DOI: 10.1126/science.aai9057
`At3g24240`	与 RGI2、RGI3、RGI4 和 RGI5 一起，作为 RGF 肽（如 RGF1、GLV5/CLEL1/RGF2、GLV7/CLEL3/RGF3、GLV3/RGF4、GLV10/CLEL7/RGF5 和 RGF10/CLELN）的受体，这些肽激素通过调控转录因子 PLETHORA（PLT，例如 PLT1 和 PLT2）的表达水平和模式来维持胚后根干细胞的生态位。	RGF1 INSENSITIVE 1 to 5, a group of LRR receptor-like kinases, are essential for the perception of root meristem growth factor 1 in Arabidopsis thaliana.2016 · DOI: 10.1038/cr.2016.63

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os04g0576900`	在器官发育的早期阶段通过调节细胞分裂速率发挥功能。	XIAO is involved in the control of organ size by contributing to the regulation of signaling and homeostasis of brassinosteroids and cell cycling in rice.2012 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2011.04877.x
`Os07g0568700`	真菌多半乳糖醛酸酶抑制剂。	The OsFOR1 gene encodes a polygalacturonase-inhibiting protein (PGIP) that regulates floral organ number in rice.2003 · DOI: 10.1023/b:plan.0000006940.89955.f1

功能注释来源

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功能注释来源：OH1004 · LXL04_017382 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0009742 brassinosteroid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0090696 post-embryonic plant organ development 生物过程

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0000166 nucleotide binding 分子功能

GO:0004672 protein kinase activity 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G12610

dosa:Os04g0576900

osa:4336741

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞外0.376

排名 1 · LXL04_017382 · OH-1004

细胞膜0.302

排名 2 · LXL04_017382 · OH-1004

内质网0.137

排名 3 · LXL04_017382 · OH-1004

细胞质0.075

排名 4 · LXL04_017382 · OH-1004

质体0.037

排名 5 · LXL04_017382 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23598.2LRR_1491-249 aa

PF13855.13LRR_898-135 aa

PF13855.13LRR_8124-184 aa

PF12799.14LRR_4124-161 aa

PF12799.14LRR_4148-192 aa

PF13855.13LRR_8198-253 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_017382	`PF23598.2`	LRR_14	91	249	1.2e-07	31.6
LXL04_017382	`PF13855.13`	LRR_8	98	135	2.3e-28	98.5
LXL04_017382	`PF13855.13`	LRR_8	124	184	2.3e-28	98.5
LXL04_017382	`PF12799.14`	LRR_4	124	161	2.4e-19	69.6
LXL04_017382	`PF12799.14`	LRR_4	148	192	2.4e-19	69.6
LXL04_017382	`PF13855.13`	LRR_8	198	253	2.3e-28	98.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q00874`	拟南芥	DNA damage-repair/toleration protein DRT100	32.934%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`C0LGQ5`	拟南芥	LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase GSO1	35.943%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LHP4`	拟南芥	LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase RGI1	33.824%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`G9LZD7`	水稻	Probable inactive leucine-rich repeat receptor kinase XIAO	38.168%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q8GT95`	水稻	Polygalacturonase inhibitor 1	35.495%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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