LXL04_017242 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_017242

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 144292395-144294437 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2043 bp · LXL04_017242|LXL04_017242|OH1004|cDNA

ATGTCCAGCTTAACATGCTTCCTTTTCCTTCTCACCTTCACCCCTTATGCTGCTTCGCTTAATTTCAGTTTTCCAACTATTACTCCTGAAAATTACAAGGAGATAGTAACAACAGGTGGTGGAGCATCAATCACTGACGACGGGATCCAGGTGACTCCAGAACTTTATCGTAAATGGTCAGCAGGCAGGGCGACATACTTCAGGCCGCTTCATCTATGGGACAAGAACTCTACTCAGCTAGCCAGCTTCTCTACAAGTTT...

CDS

下载 CDS FASTA

2043 bp · LXL04_017242|LXL04_017242|OH1004|CDS

ATGTCCAGCTTAACATGCTTCCTTTTCCTTCTCACCTTCACCCCTTATGCTGCTTCGCTTAATTTCAGTTTTCCAACTATTACTCCTGAAAATTACAAGGAGATAGTAACAACAGGTGGTGGAGCATCAATCACTGACGACGGGATCCAGGTGACTCCAGAACTTTATCGTAAATGGTCAGCAGGCAGGGCGACATACTTCAGGCCGCTTCATCTATGGGACAAGAACTCTACTCAGCTAGCCAGCTTCTCTACAAGTTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

680 aa · LXL04_017242|LXL04_017242|OH1004|PROTEIN

MSSLTCFLFLLTFTPYAASLNFSFPTITPENYKEIVTTGGGASITDDGIQVTPELYRKWSAGRATYFRPLHLWDKNSTQLASFSTSFTFVIDSYQSDDYGDGLTFFLAENRSMLESNLGDVYGGGALGLPVNQTTNLSNVSFVAVEFDTFYNLQWDPTNHSHVGININNLSSVTYAACPSANISISQEFQVLIKYDSVSKNLSVSFTTDNPYGVGTIHYSIDLREVLPEWVIFGFSAATGFSYQKNNVKSWTFNSSILHV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_017242`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_017242

位置 Chr03:144292395-144294437 (+)

描述 Similar to LECRK91: L-type lectin-domain containing receptor kinase IX.1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g10530`	促进过氧化氢H(2)O(2)的生成和细胞死亡。	暂无已核实直接文献
`At5g65600`	促进过氧化氢H(2)O(2)的生成和细胞死亡。	暂无已核实直接文献
`At5g55830`	参与对病原卵菌马铃薯晚疫病菌和辣椒晚疫病菌的抗性反应。	暂无已核实直接文献
`At3g55550`	参与对病原性卵菌 Phytophthora infestans 和 Phytophthora capsici 以及病原性细菌 Pseudomonas syringae 的抗性反应。	暂无已核实直接文献
`At4g02410`	含L型凝集素结构域的受体激酶 IV.3。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_017242 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0002229 defense response to oomycetes 生物过程

GO:0006468 protein phosphorylation 生物过程

GO:0009626 plant-type hypersensitive response 生物过程

GO:0009862 systemic acquired resistance, salicylic acid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0140426 pathogen-associated molecular pattern receptor signaling pathway 生物过程

GO:1900426 positive regulation of defense response to bacterium 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0004674 protein serine/threonine kinase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G55550

ath:AT4G02410

ath:AT5G10530

ath:AT5G55830

ath:AT5G65600

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.841

排名 1 · LXL04_017242 · OH-1004

内质网0.092

排名 2 · LXL04_017242 · OH-1004

细胞质0.078

排名 3 · LXL04_017242 · OH-1004

细胞核0.042

排名 4 · LXL04_017242 · OH-1004

溶酶体／液泡0.039

排名 5 · LXL04_017242 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00139.27Lectin_legB19-256 aa

PF18483.9Lectin_L-type_dom57-249 aa

PF03388.22Lectin_leg-like71-248 aa

PF00069.32Pkinase358-622 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr358-622 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_017242	`PF00139.27`	Lectin_legB	19	256	1.5e-59	202.3
LXL04_017242	`PF18483.9`	Lectin_L-type_dom	57	249	1.4e-10	42.1
LXL04_017242	`PF03388.22`	Lectin_leg-like	71	248	4.8e-06	26.8
LXL04_017242	`PF00069.32`	Pkinase	358	622	1.1e-49	169.9
LXL04_017242	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	358	622	3.1e-49	168.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LXA5`	拟南芥	L-type lectin-domain containing receptor kinase IX.1	45.942%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LSL5`	拟南芥	L-type lectin-domain containing receptor kinase IX.2	43.281%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FHG4`	拟南芥	Probable L-type lectin-domain containing receptor kinase S.7	39.445%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9M2S4`	拟南芥	L-type lectin-domain containing receptor kinase S.4	38.266%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`O81292`	拟南芥	L-type lectin-domain containing receptor kinase IV.3	37.538%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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